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### chunk number 1: 
###################################################
library(DO.db)
help(DO.db)


###################################################
### chunk number 2: 
###################################################
FirstTenDOBimap <- DOTERM[1:10] ##grab thet ten
class(FirstTenDOBimap)
xx <- as.list(FirstTenDOBimap)
DOID(xx[[2]])
        Term(xx[[2]])
        Synonym(xx[[2]])
        Secondary(xx[[2]])


###################################################
### chunk number 3: 
###################################################
xx <- as.list(DOANCESTOR)
# Remove DO IDs that do not have any ancestor
xx <- xx[!is.na(xx)] 
# Display the first 4 DOID's ancestor
xx[1:4]


###################################################
### chunk number 4: 
###################################################
xx <- as.list(DOPARENTS)
# Remove DO IDs that do not have any ancestor
xx <- xx[!is.na(xx)] 
# Display the first 4 DOID's ancestor
xx[1:4]


###################################################
### chunk number 5: 
###################################################
xx <- as.list(DOOFFSPRING)
# Remove DO IDs that do not have any ancestor
xx <- xx[!is.na(xx)] 
# Display the first 4 DOID's ancestor
xx[1]


###################################################
### chunk number 6: 
###################################################
xx <- as.list(DOCHILDREN)
# Remove DO IDs that do not have any ancestor
xx <- xx[!is.na(xx)] 
# Display the first 4 DOID's ancestor
xx[1]


###################################################
### chunk number 7: 
###################################################
DO_dbschema()


###################################################
### chunk number 8: 
###################################################
DOMAPCOUNTS