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### chunk number 1: 
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library(GOSemSim)
goSim("GO:0004022", "GO:0005515", ont="MF", measure="Wang")


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### chunk number 2: 
###################################################
go1 = c("GO:0004022","GO:0004024","GO:0004174")
go2 = c("GO:0009055","GO:0005515")

mgoSim(go1, go2, ont="MF", measure="Wang", combine="rcmax.avg")


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### chunk number 3: 
###################################################
geneSim("241", "251", ont="MF", organism="human", measure="Wang", combine="rcmax.avg")


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### chunk number 4: 
###################################################
sim <- mgeneSim(as.character(100:200), ont="MF", organism="human", measure="Wang", combine="rcmax.avg")
sim[1:5, 1:5]
library(cluster)
pamCluster <- pam(as.dist(1-sim[complete.cases(sim), complete.cases(sim)]), 5)
pamCluster$clustering


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### chunk number 5: 
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g <- pamCluster$clustering
cluster1 <- names(g[g==1])
cluster2 <- names(g[g==2])
cluster3 <- names(g[g==3])
clusters <- list(a=cluster1, b=cluster2, c=cluster3)
clusterSim(cluster1, cluster2, ont="MF", organism="human", measure="Wang", combine="rcmax.avg")
clusters <- list(a=cluster1, b=cluster2, c=cluster3)
mclusterSim(clusters, ont="MF", organism="human", measure="Wang", combine="rcmax.avg")