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### chunk number 1: 
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options(width = 70)


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### chunk number 2: 
###################################################
require(yeastRNASeq)


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### chunk number 3: 
###################################################
x <- citation(package = "yeastRNASeq")[[1]]
utils:::print.citation(x, bibtex = FALSE)


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### chunk number 4: 
###################################################
citation("yeastRNASeq")


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### chunk number 5: 
###################################################
list.files(file.path(system.file(package = "yeastRNASeq"), "reads"))


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### chunk number 6: 
###################################################
require(ShortRead)
files <- list.files(file.path(system.file(package = "yeastRNASeq"), "reads"),
                    pattern = "bowtie", full.names = TRUE)
names(files) <- gsub("\\.bowtie.*", "", basename(files))
names(files)
aligned <- lapply(files, readAligned, type = "Bowtie")


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### chunk number 7: 
###################################################
data(yeastAligned)
yeastAligned[["mut_1_f"]]


###################################################
### chunk number 8: 
###################################################
round(sapply(aligned, length) / 500000, 2)


###################################################
### chunk number 9: 
###################################################
data(yeastAnno)
dim(yeastAnno)
head(yeastAnno, n = 2)
table(yeastAnno$gene_biotype)


###################################################
### chunk number 10: 
###################################################
data(geneLevelData)
head(geneLevelData, n = 2)