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### chunk number 1: read
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library(rsbml)
doc <- rsbml_read(system.file("sbml", "GlycolysisLayout.xml", package = "rsbml"), dom = FALSE)


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### chunk number 2: dom
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dom <- rsbml_dom(doc)


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### chunk number 3: ids
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sapply(species(model(dom)), id)


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### chunk number 4: graph
###################################################
g <- rsbml_graph(doc)
graph::nodes(g)


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### chunk number 5: check
###################################################
rsbml_check(doc)


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### chunk number 6: problems
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tryCatch(rsbml_read("non-existent-file.xml"), 
         error = function(err) err$msg)


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### chunk number 7: xml
###################################################
xml <- rsbml_xml(doc)