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### chunk number 1: load
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library(BCRANK) 


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### chunk number 2: loadFasta
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fastaFile <- system.file("Exfiles/USF1_small.fa", package="BCRANK")


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### chunk number 3: loadResult
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data(BCRANKout)


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### chunk number 4: viewBCRANKresult
###################################################
BCRANKout


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### chunk number 5: viewTopMotif
###################################################
topMotif <- toptable(BCRANKout,1)
topMotif


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### chunk number 6: viewWM
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weightMatrix <- pwm(topMotif, normalize=FALSE)
weightMatrix


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### chunk number 7: fig1
###################################################
weightMatrixNormalized <- pwm(topMotif, normalize=TRUE)
library(seqLogo)
seqLogo(weightMatrixNormalized)


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### chunk number 8: fig2
###################################################
plot(topMotif)


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### chunk number 9: reportSites
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topConsensus <- as.character(toptable(BCRANKout)[1,"Consensus"])
print(topConsensus)
bindingSites <- matchingSites(fastaFile,topConsensus)
nrSites <- nrow(bindingSites)
cat("Number predicted binding sites:",nrSites,"\n")
print(bindingSites[1:15,])