### R code from vignette source 'vignettes/maSigPro/inst/doc/maSigPro-tutorial.Rnw'

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### code chunk number 1: maSigPro-tutorial.Rnw:63-64
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library(maSigPro) # load maSigPro library


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### code chunk number 2: maSigPro-tutorial.Rnw:104-106
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data(data.abiotic)
data(edesign.abiotic)


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### code chunk number 3: maSigPro-tutorial.Rnw:109-110
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edesign.abiotic


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### code chunk number 4: maSigPro-tutorial.Rnw:138-139
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design <- make.design.matrix(edesign.abiotic, degree = 2)


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### code chunk number 5: maSigPro-tutorial.Rnw:146-147
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design$groups.vector


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### code chunk number 6: maSigPro-tutorial.Rnw:158-159
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fit <- p.vector(data.abiotic, design, Q = 0.05, MT.adjust = "BH", min.obs = 20)


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### code chunk number 7: maSigPro-tutorial.Rnw:177-178
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tstep <- T.fit(fit, step.method = "backward", alfa = 0.05)


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### code chunk number 8: maSigPro-tutorial.Rnw:218-220
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sigs <- get.siggenes(tstep, rsq = 0.6, vars = "groups")
sigs$summary


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### code chunk number 9: maSigPro-tutorial.Rnw:225-227
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names(sigs$sig.genes)
names(sigs$sig.genes$ColdvsControl)


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### code chunk number 10: maSigPro-tutorial.Rnw:238-239 (eval = FALSE)
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## suma2Venn(sigs$summary[, c(2:4)])


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### code chunk number 11: maSigPro-tutorial.Rnw:253-254
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STMDE66 <- data.abiotic[rownames(data.abiotic)=="STMDE66", ]


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### code chunk number 12: maSigPro-tutorial.Rnw:257-258 (eval = FALSE)
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## PlotGroups (STMDE66, edesign = edesign.abiotic)


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### code chunk number 13: maSigPro-tutorial.Rnw:262-264 (eval = FALSE)
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## PlotGroups (STMDE66, edesign = edesign.abiotic, show.fit = T, 
##             dis = design$dis, groups.vector = design$groups.vector)


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### code chunk number 14: maSigPro-tutorial.Rnw:427-429 (eval = FALSE)
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## NGS.p <- p.vector(data, design, family=negative.binomial(2))
## NGS.t <- t.fit(NGS.p)