### R code from vignette source 'vignettes/flowViz/inst/doc/filters.Rnw'

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### code chunk number 1: loadPackage
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library(flowViz)


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### code chunk number 2: loadData
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library(flowViz)
data(GvHD)
head(pData(GvHD))


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### code chunk number 3: subsetLattice (eval = FALSE)
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## xyplot(`SSC-H` ~ `FSC-H` | Visit, data=GvHD,
##        subset=Patient=="6")


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### code chunk number 4: subsetFlowCore
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GvHD <- GvHD[pData(GvHD)$Patient==6]


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### code chunk number 5: transform
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tf <- transformList(from=colnames(GvHD)[3:7], tfun=asinh)
GvHD <- tf %on% GvHD


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### code chunk number 6: simpleRG
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rgate <- rectangleGate("FSC-H"=c(0, 400),"SSC-H"=c(-50, 300))
print(xyplot(`SSC-H` ~ `FSC-H` | Visit, data=GvHD, filter=rgate))


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### code chunk number 7: threeDRG
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rgate2 <- rgate * rectangleGate("FL1-H"=c(2, 4))
xyplot(`SSC-H` ~ `FSC-H` | Visit, data=GvHD, filter=rgate2)


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### code chunk number 8: nonSmoothScatter
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xyplot(`SSC-H` ~ `FSC-H` | Visit, data=GvHD, filter=rgate, smooth=FALSE)


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### code chunk number 9: hexbinScatter
###################################################
xyplot(`SSC-H` ~ `FSC-H` | Visit, data=GvHD, filter=rgate, smooth=FALSE,xbin=128)


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### code chunk number 10: plotnonSmoothScatter
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print(plot(trellis.last.object()))


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### code chunk number 11: nonSmoothScatterOutline
###################################################
xyplot(`SSC-H` ~ `FSC-H` | Visit, data=GvHD, filter=rgate,
smooth=FALSE, stat=TRUE,pos=0.5,abs=TRUE)


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### code chunk number 12: multi-filters
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recGate1<-rectangleGate("FL4-H"=c(3.3,5.3),"FL2-H"=c(2.5,5))
recGate2<-rectangleGate("FL4-H"=c(4,6),"FL2-H"=c(6,8))
filters1<-filters(list(recGate1,recGate2))
xyplot(`FL2-H` ~ `FL4-H`
	   ,data=GvHD[[1]]
       ,filter=filters1
       ,stat=TRUE
       ,margin=FALSE
       )	


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### code chunk number 13: plotnonSmoothScatterOutline
###################################################
print(plot(trellis.last.object()))


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### code chunk number 14: nonSmoothScatterOutline2
###################################################
xyplot(`SSC-H` ~ `FSC-H` | Visit, data=GvHD, filter=rgate2,
       smooth=FALSE, outline=TRUE)


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### code chunk number 15: plotnonSmoothScatter2
###################################################
print(plot(trellis.last.object()))


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### code chunk number 16: norm2Filter
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n2Filter <- norm2Filter("SSC-H", "FSC-H", scale=2, filterId="Lymphocytes")
n2Filter.results <- filter(GvHD, n2Filter)
xyplot(`SSC-H` ~ `FSC-H` | Visit, data=GvHD, filter=n2Filter.results)


###################################################
### code chunk number 17: plotnorm2Filter
###################################################
print(plot(trellis.last.object()))


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### code chunk number 18: curv2Filter
###################################################
c2f <- curv2Filter("FSC-H", "FL4-H", bwFac=1.8)
c2f.results <- filter(GvHD, c2f)
xyplot(`FL4-H` ~ `FSC-H` | Visit, data=GvHD, filter=c2f.results)


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### code chunk number 19: plotcurv2Filter
###################################################
print(plot(trellis.last.object()))


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### code chunk number 20: densityplots
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densityplot(~ `FSC-H`, GvHD, filter=curv1Filter("FSC-H"))


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### code chunk number 21: plotdensityplots
###################################################
print(plot(trellis.last.object()))


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### code chunk number 22: multDensityplots
###################################################
densityplot(~ ., GvHD, channels=c("FSC-H", "SSC-H", "FL1-H"), 
filter=list(curv1Filter("FSC-H"), NULL, rgate2))


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### code chunk number 23: plotmultDensityplots
###################################################
print(plot(trellis.last.object()))


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### code chunk number 24: Pars1
###################################################
xyplot(`SSC-H` ~ `FSC-H` | Visit, data=GvHD, filter=rgate,
       par.settings=list(gate=list(fill="black", alpha=0.2)))


###################################################
### code chunk number 25: plotPars1
###################################################
print(plot(trellis.last.object()))


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### code chunk number 26: plotPars2 (eval = FALSE)
###################################################
## flowViz.par.set(gate=list(fill="black", alpha=0.2))
## xyplot(`SSC-H` ~ `FSC-H` | Visit, data=GvHD, filter=rgate)


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### code chunk number 27: Pars3
###################################################
xyplot(`SSC-H` ~ `FSC-H` | Visit, data=GvHD, filter=rgate,
       smooth=FALSE, 
       par.settings=list(gate=list(col="orange", alpha=0.04,
                                   pch=20, cex=0.7),
                         flow.symbol=list(alpha=0.04, pch=20, cex=0.7)))


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### code chunk number 28: plotPars3
###################################################
print(plot(trellis.last.object()))


###################################################
### code chunk number 29: Pars4
###################################################
xyplot(`FL4-H` ~ `FSC-H` | Visit, data=GvHD, filter=c2f.results,
par.settings=list(gate=list(fill=rainbow(10), alpha=0.5, col="transparent")))


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### code chunk number 30: plotPars4
###################################################
print(plot(trellis.last.object()))


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### code chunk number 31: norm2FilterNames
###################################################
xyplot(`SSC-H` ~ `FSC-H` | Visit, data=GvHD, filter=n2Filter.results, 
       names=TRUE, 
       par.settings=list(gate=list(fill="black", alpha=0.2, 
                                   col="transparent"),
                         gate.text=list(col="darkred", alpha=0.7, cex=0.6)))


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### code chunk number 32: plotnorm2FilterNames
###################################################
print(plot(trellis.last.object()))


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### code chunk number 33: parCoord
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parallel(~ . | Visit, GvHD, filter=n2Filter.results, alpha = 0.01)


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### code chunk number 34: plotparCoord
###################################################
print(plot(trellis.last.object()))