### R code from vignette source 'vignettes/codelink/inst/doc/CodelinkSet.Rnw'
### Encoding: UTF-8

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### code chunk number 1: readfile1 (eval = FALSE)
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## 
## cset <- readCodelinkSet("targets.txt")
## 


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### code chunk number 2: annotations
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library(codelink)
data(codelink.exprset)
annotation(codelink.exprset)
annotation(codelink.exprset) <- "rwgcod"
annotation(codelink.exprset)



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### code chunk number 3: preprocess
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cset <- codPreprocess(codelink.exprset)



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### code chunk number 4: plot
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codPlot(cset, what = "density")
codPlot(cset, what = "ma")
codPlot(cset, what = "image")



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### code chunk number 5: fit
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# assign example experimental conditions:
cset$Treatment = c("C", "C", "T", "T")
# create and fit model:
design <- model.matrix(~ -1 + factor(cset$Treatment))
fit <- lmFit(cset, design)



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### code chunk number 6: write (eval = FALSE)
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## 
## writeCodelink(codelink.exprset, file = "intensities.txt")
## 


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### code chunk number 7: average (eval = FALSE)
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## 
## foo.avg <- averageProbes(codelink.exprset)
## 


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### code chunk number 8: sessioninfo
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sessionInfo()