### R code from vignette source 'vignettes/Rsubread/inst/doc/Rsubread.Rnw'

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### code chunk number 1: Rsubread.Rnw:67-70
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library(Rsubread)
ref <- system.file("extdata","reference.fa",package="Rsubread")
buildindex(basename="reference_index",reference=ref)


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### code chunk number 2: Rsubread.Rnw:93-95
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reads <- system.file("extdata","reads.txt",package="Rsubread")
align(index="reference_index",readfile1=reads,output_file="alignResults.SAM")


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### code chunk number 3: Rsubread.Rnw:102-106
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reads1 <- system.file("extdata","reads1.txt",package="Rsubread")
reads2 <- system.file("extdata","reads2.txt",package="Rsubread")
align(index="reference_index",readfile1=reads1,readfile2=reads2,
output_file="alignResultsPE.SAM")


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### code chunk number 4: Rsubread.Rnw:123-133
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ann <- data.frame(
GeneID=c("gene1","gene1","gene2","gene2"),
Chr="chr_dummy",
Start=c(100,1000,3000,5000),
End=c(500,1800,4000,5500),
Strand=c("+","+","-","-"),
stringsAsFactors=FALSE)
ann
fc_SE <- featureCounts("alignResults.SAM",annot.ext=ann)
fc_SE


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### code chunk number 5: Rsubread.Rnw:140-142
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fc_PE <- featureCounts("alignResultsPE.SAM",annot.ext=ann,isPairedEnd=TRUE)
fc_PE


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### code chunk number 6: Rsubread.Rnw:162-164
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x <- qualityScores(filename=reads,input_format="FASTQ",offset=64,nreads=1000)
x[1:10,1:10]


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### code chunk number 7: Rsubread.Rnw:173-179
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## Fraction of A,T,G and C bases in all the reads
x <- atgcContent(filename=reads)
x
## Fraction of A,T,G and C bases at each read location
xb <- atgcContent(filename=reads,basewise=TRUE)
xb[,1:5]


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### code chunk number 8: Rsubread.Rnw:188-189
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propmapped("alignResults.SAM")