### R code from vignette source 'vignettes/biomaRt/inst/doc/biomaRt.Rnw'

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### code chunk number 1: annotate
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## library("annotate")
options(width=120)


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### code chunk number 2: biomaRt
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library("biomaRt")
listMarts()


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### code chunk number 3: ensembl1
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ensembl=useMart("ensembl")


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### code chunk number 4: listDatasets
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listDatasets(ensembl)


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### code chunk number 5: ensembl2
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ensembl = useMart("ensembl",dataset="hsapiens_gene_ensembl")


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### code chunk number 6: filters
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filters = listFilters(ensembl)
filters[1:5,]


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### code chunk number 7: attributes
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attributes = listAttributes(ensembl)
attributes[1:5,]


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### code chunk number 8: biomaRt.Rnw:114-116 (eval = FALSE)
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## affyids=c("202763_at","209310_s_at","207500_at")
## getBM(attributes=c('affy_hg_u133_plus_2', 'entrezgene'), filters = 'affy_hg_u133_plus_2', values = affyids, mart = ensembl)


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### code chunk number 9: biomaRt.Rnw:134-137 (eval = FALSE)
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## affyids=c("202763_at","209310_s_at","207500_at")
## getBM(attributes=c('affy_hg_u133_plus_2', 'hgnc_symbol', 'chromosome_name','start_position','end_position', 'band'),
##  filters = 'affy_hg_u133_plus_2', values = affyids, mart = ensembl)


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### code chunk number 10: biomaRt.Rnw:152-155 (eval = FALSE)
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## entrez=c("673","837")
## goids = getBM(attributes=c('entrezgene','go_id'), filters='entrezgene', values=entrez, mart=ensembl)
## head(goids)


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### code chunk number 11: biomaRt.Rnw:195-197 (eval = FALSE)
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## refseqids = c("NM_005359","NM_000546")
## ipro = getBM(attributes=c("refseq_dna","interpro","interpro_description"), filters="refseq_dna",values=refseqids, mart=ensembl)


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### code chunk number 12: biomaRt.Rnw:219-221
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getBM(c('affy_hg_u133_plus_2','ensembl_gene_id'), filters = c('chromosome_name','start','end'),
 values=list(16,1100000,1250000), mart=ensembl)


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### code chunk number 13: biomaRt.Rnw:228-229 (eval = FALSE)
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## getBM(c('entrezgene','hgnc_symbol'), filters='go', values='GO:0004707', mart=ensembl)


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### code chunk number 14: biomaRt.Rnw:250-252 (eval = FALSE)
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## entrez=c("673","7157","837")
## getSequence(id = entrez, type="entrezgene",seqType="coding_gene_flank",upstream=100, mart=ensembl) 


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### code chunk number 15: biomaRt.Rnw:260-263 (eval = FALSE)
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## utr5 = getSequence(chromosome=3, start=185514033, end=185535839,
##                       type="entrezgene",seqType="5utr", mart=ensembl)
## utr5


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### code chunk number 16: biomaRt.Rnw:280-283 (eval = FALSE)
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## protein = getSequence(id=c(100, 5728),type="entrezgene",
##                         seqType="peptide", mart=ensembl)
## protein


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### code chunk number 17: biomaRt.Rnw:299-300 (eval = FALSE)
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## snpmart = useMart("snp", dataset="hsapiens_snp")


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### code chunk number 18: biomaRt.Rnw:307-308 (eval = FALSE)
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## getBM(c('refsnp_id','allele','chrom_start','chrom_strand'), filters = c('chr_name','chrom_start','chrom_end'), values = list(8,148350,148612), mart = snpmart)


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### code chunk number 19: biomaRt.Rnw:361-362
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listMarts(archive=TRUE)


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### code chunk number 20: biomaRt.Rnw:367-368 (eval = FALSE)
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## ensembl = useMart("ensembl_mart_46", dataset="hsapiens_gene_ensembl", archive = TRUE)


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### code chunk number 21: biomaRt.Rnw:379-382 (eval = FALSE)
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## listMarts(host='may2009.archive.ensembl.org')
## ensembl54=useMart(host='may2009.archive.ensembl.org', biomart='ENSEMBL_MART_ENSEMBL')
## ensembl54=useMart(host='may2009.archive.ensembl.org', biomart='ENSEMBL_MART_ENSEMBL', dataset='hsapiens_gene_ensembl')


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### code chunk number 22: biomaRt.Rnw:391-398 (eval = FALSE)
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## wormbase=useMart("wormbase_current",dataset="wormbase_gene")
## listFilters(wormbase)
## listAttributes(wormbase)
## getBM(attributes=c("name","rnai","rnai_phenotype","phenotype_desc"),
##                      filters="gene_name", values=c("unc-26","his-33"),
##                      mart=wormbase)
##      


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### code chunk number 23: biomaRt.Rnw:453-454
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filterType("with_affy_hg_u133_plus_2",ensembl)


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### code chunk number 24: biomaRt.Rnw:463-464
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filterOptions("biotype",ensembl)


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### code chunk number 25: biomaRt.Rnw:479-481
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pages = attributePages(ensembl)
pages


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### code chunk number 26: biomaRt.Rnw:488-489
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listAttributes(ensembl, page="feature_page")


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### code chunk number 27: biomaRt.Rnw:512-514
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sessionInfo()
warnings()