### R code from vignette source 'vignettes/r3Cseq/inst/doc/r3Cseq.Rnw'

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### code chunk number 1: setup
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options(width = 60)
olocale=Sys.setlocale(locale="C")


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### code chunk number 2: r3Cseq.Rnw:151-152
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library(r3Cseq)


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### code chunk number 3: r3Cseq.Rnw:155-159
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Aligned3CseqMybFetalBrain<-system.file("extdata",
		"alignedReads.fetal.brain.subset.bam",package="r3Cseq")
Aligned3CseqMybFetalLiver<-system.file("extdata",
		"alignedReads.fetal.liver.subset.bam",package="r3Cseq")


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### code chunk number 4: r3Cseq.Rnw:185-187
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expFile<-Aligned3CseqMybFetalLiver
contrFile<-Aligned3CseqMybFetalBrain


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### code chunk number 5: r3Cseq.Rnw:190-194
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my3Cseq.obj<-new("r3Cseq",organismName='mm9',alignedReadsBamExpFile=expFile,
		alignedReadsBamContrFile=contrFile,isControlInvolved=TRUE,
		isBamInputFile=TRUE,expLabel="fetal_liver",
		contrLabel="fetal_brain",restrictionEnzyme='HindIII')


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### code chunk number 6: r3Cseq.Rnw:200-201
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my3Cseq.obj	


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### code chunk number 7: r3Cseq.Rnw:206-207
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getReadCountPerRestrictionFragment(my3Cseq.obj)


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### code chunk number 8: r3Cseq.Rnw:216-217
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calculateRPM(my3Cseq.obj)	


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### code chunk number 9: r3Cseq.Rnw:222-223
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getInteractions(my3Cseq.obj)	


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### code chunk number 10: r3Cseq.Rnw:228-230
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fetal.liver.interactions <-expInteractionRegions(my3Cseq.obj)
fetal.liver.interactions


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### code chunk number 11: r3Cseq.Rnw:233-235
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fetal.brain.interactions <-	contrInteractionRegions(my3Cseq.obj)
fetal.brain.interactions


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### code chunk number 12: r3Cseq.Rnw:241-243
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viewpoint<-getViewpoint(my3Cseq.obj)
viewpoint


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### code chunk number 13: plotOverviewInteractions
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plotOverviewInteractions(my3Cseq.obj)	


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### code chunk number 14: plot3Cecdf
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plot3Cecdf(my3Cseq.obj)	


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### code chunk number 15: plotInteractionsNearViewpoint
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plotInteractionsNearViewpoint(my3Cseq.obj)	


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### code chunk number 16: plotInteractionsPerChromosome
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plotInteractionsPerChromosome(my3Cseq.obj,"chr10")	


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### code chunk number 17: r3Cseq.Rnw:303-304
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export3Cseq2bedGraph(my3Cseq.obj)	


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### code chunk number 18: r3Cseq.Rnw:311-312
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generate3CseqReport(my3Cseq.obj)	


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### code chunk number 19: r3Cseq.Rnw:317-318
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sessionInfo()