### R code from vignette source 'vignettes/gwascat/inst/doc/gwascat.Rnw'

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### code chunk number 1: getlib
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library(gwascat)


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### code chunk number 2: lk1
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if (length(grep("gwascat", search()))>0) detach("package:gwascat")


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### code chunk number 3: lk2
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library(gwascat)
objects("package:gwascat")


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### code chunk number 4: lkgr
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gwrngs


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### code chunk number 5: lktr
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topTraits(gwrngs)


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### code chunk number 6: lklocs
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subsetByTraits(gwrngs, tr="LDL cholesterol")[1:3]


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### code chunk number 7: dobig (eval = FALSE)
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## library(pd.genomewidesnp.6)
## con = pd.genomewidesnp.6@getdb()
## locon6 = dbGetQuery(con, 
##    "select dbsnp_rs_id, chrom, physical_pos from featureSet limit 10000")


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### code chunk number 8: doloc
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data(locon6)
rson6 = as.character(locon6[[1]])
rson6[1:5]


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### code chunk number 9: lkdtab
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intr = gwrngs[ intersect(getRsids(gwrngs), rson6) ]
sort(table(getTraits(intr)), decreasing=TRUE)[1:10]


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### code chunk number 10: lkexp
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gr6.0 = GRanges(seqnames=ifelse(is.na(locon6$chrom),0,locon6$chrom), 
       IRanges(ifelse(is.na(locon6$phys),1,locon6$phys), width=1))
elementMetadata(gr6.0)$rsid = as.character(locon6$dbsnp_rs_id)
seqlevels(gr6.0) = paste("chr", seqlevels(gr6.0), sep="")


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### code chunk number 11: dosub
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ag = function(x) as(x, "GRanges")
ovraw = subsetByOverlaps(ag(gwrngs), gr6.0)
length(ovraw)
ovaug = subsetByOverlaps(ag(gwrngs+500), gr6.0)
length(ovaug)


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### code chunk number 12: dosub
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rawrs = elementMetadata(ovraw)$SNPs
augrs = elementMetadata(ovaug)$SNPs
gwrngs[augrs]


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### code chunk number 13: lkrelax
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setdiff( getTraits(gwrngs[augrs]), getTraits(gwrngs[rawrs]) )


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### code chunk number 14: lkcout
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data(gg17N) # translated from GGdata chr 17 calls using ABmat2nuc
gg17N[1:5,1:5]


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### code chunk number 15: dorun
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h17 = riskyAlleleCount(gg17N, matIsAB=FALSE, chr="ch17")
h17[1:5,1:5]
table(as.numeric(h17))


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### code chunk number 16: domo
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gwr = gwrngs
gwr = gwr[colnames(h17),]
elementMetadata(gwr) = cbind(elementMetadata(gwr), DataFrame(t(h17)))
sn = rownames(h17)
gwr[,c("Disease.Trait", sn[1:4])]


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### code chunk number 17: getbase
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data(low17)
low17


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### code chunk number 18: lkggd
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data(g17SM)
g17SM


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### code chunk number 19: dog
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data(gw6.rs_17)
g17SM = g17SM[, intersect(colnames(g17SM), gw6.rs_17)]
dim(g17SM)


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### code chunk number 20: lkrul
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data(rules_6.0_1kg_17)
rules_6.0_1kg_17[1:5,]


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### code chunk number 21: lksum
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summary(rules_6.0_1kg_17)


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### code chunk number 22: lkov
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length(intersect(colnames(g17SM), values(gwrngs)$SNPs))


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### code chunk number 23: doimp
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exg17 = impute.snps(rules_6.0_1kg_17, g17SM)


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### code chunk number 24: lkl
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length(intersect(colnames(exg17), values(gwrngs)$SNPs))


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### code chunk number 25: getdo
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library(DO.db)
DO()


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### code chunk number 26: getallt
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alltob = unlist(mget(mappedkeys(DOTERM), DOTERM))
allt = sapply(alltob, Term)
allt[1:5]


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### code chunk number 27: dohit
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cattra = elementMetadata(gwrngs)$Disease.Trait
mat = match(tolower(cattra), tolower(allt))
catDO = names(allt)[mat]
catDO[1:50]
mean(is.na(catDO))


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### code chunk number 28: dogr
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unique(cattra[is.na(catDO)])[1:20]
nomatch = cattra[is.na(catDO)]


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### code chunk number 29: getrs
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if ("SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20110815" %in% installed.packages()[,1])
suppressWarnings(chklocs("20"))