### R code from vignette source 'vignettes/chopsticks/inst/doc/pca-vignette.Rnw'

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### code chunk number 1: get-data
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require(chopsticks)
data(for.exercise)
controls <- rownames(subject.support)[subject.support$cc==0]
use <- seq(1, ncol(snps.10), 10)
ctl.10 <- snps.10[controls,use]


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### code chunk number 2: xxt-matrix
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xxmat <- xxt(ctl.10, correct.for.missing=FALSE)


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### code chunk number 3: eigen
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evv <- eigen(xxmat, symmetric=TRUE)
pcs <- evv$vectors[,1:5]
evals <- evv$values[1:5]
evals


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### code chunk number 4: pc-one
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pop <- subject.support[controls,"stratum"]
par(mfrow=c(1,2))
boxplot(pcs[,1]~pop)
boxplot(pcs[,2]~pop)


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### code chunk number 5: pre-multiply
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btr <- snp.pre.multiply(ctl.10, diag(1/sqrt(evals)) %*% t(pcs))


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### code chunk number 6: post-multiply
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pcs <- snp.post.multiply(snps.10[,use], t(btr))


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### code chunk number 7: testing
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cc <- subject.support$cc
uncorrected <- single.snp.tests(cc, snp.data=snps.10)
corrected <- snp.rhs.tests(cc~pcs[,1], snp.data=snps.10)
par(mfrow=c(1,2),cex.sub=0.85)
qq.chisq(chi.squared(uncorrected,1), df=1)
qq.chisq(chi.squared(corrected), df=1)