### R code from vignette source 'vignettes/PING/inst/doc/PING.Rnw'

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### code chunk number 1: Loading PING
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library(PING)


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### code chunk number 2: Reading the data
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path<- system.file("extdata",package="PING")
#Read the experiment : 
dataIP<-read.table(file.path(path,"GSM351492_R4_chr1.bed"),header=TRUE)
dataIP<-as(dataIP,"RangedData")
dataIP<-as(dataIP,"GenomeData")



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### code chunk number 3: Cluster initialization (eval = FALSE)
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## library(snowfall)
## sfInit(parallel=TRUE,cpus=2)
## sfLibrary(PING)


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### code chunk number 4: Genome segmentation
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seg<-segmentReads(dataIP,  minReads=NULL, maxLregion=1200,minLregion=80, jitter=T)


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### code chunk number 5: PING analysis
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ping<-PING(seg)


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### code chunk number 6: Post-process PING result
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PS=postPING(ping, seg)


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### code chunk number 7: stop cluster (eval = FALSE)
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## sfStop()