### R code from vignette source 'vignettes/GGtools/inst/doc/binf09supp.Rnw'

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### code chunk number 1: geta (eval = FALSE)
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## library(GGtools)
## library(GSEABase)
## load(system.file("genesets/hla2set.rda", package="GGtools"))
## hla2set


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### code chunk number 2: aasd (eval = FALSE)
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## library(GGdata)
## hmceuB36 = getSS("GGdata", as.character(1:22))
## hmFou = hmceuB36[, which(hmceuB36$isFounder == TRUE)]


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### code chunk number 3: dorun (eval = FALSE)
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## hla2run = gwSnpTests(hla2set~male, hmFou, snpdepth(250))