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### Getting the dataset / Do not run
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library("ArrayExpress")
AEset = ArrayExpress("E-MEXP-886")
save(AEset,file="AEset.RData")


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### Loading the saved dataset
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load("AEset.RData")
AEset
class(AEset)
head(pData(AEset))
colnames(pData(AEset))
fac = grep("Factor", colnames(pData(AEset)), value = TRUE)


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### Quality Assessment on raw data
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library("arrayQualityMetrics")
qaraw = arrayQualityMetrics(expressionset = AEset,
      			    outdir = "QA_EMEXP886_raw",
			    force = TRUE,
			    do.logtransform = TRUE,
			    intgroup = fac,
			    grouprep = TRUE)


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### Quality Assessment on raw data
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AEsetnorm = rma(AEset)
qanorm = arrayQualityMetrics(expressionset = AEsetnorm,
                    	     outdir = "QA_EMEXP886_norm",
			     force = TRUE,
		    	     intgroup = fac,
			     grouprep = TRUE)


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### Customized report
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dataprep = aqm.prepdata(AEsetnorm, do.logtransform = FALSE)
ma = aqm.maplot(dataprep)
bo = aqm.boxplot(AEsetnorm, dataprep)
de = aqm.density(AEsetnorm, dataprep)
he = aqm.heatmap(AEsetnorm, dataprep, intgroup = fac)
affy = aqm.prepaffy(AEset, sN = sampleNames(AEset))
rl = aqm.rle(affy)
nu = aqm.nuse(affy)
qm = list("maplot" = ma,
     	  "boxplot" = bo,
          "density" = de,
          "heatmap" = he,
          "rle" = rl,
          "nuse" = nu)
qacust = aqm.writereport(name = "Customized QA", 
       	 		 expressionset = AEset, 
			 obj = qm)