############################################################################## ############################################################################## ### ### Running command: ### ### /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R CMD build --keep-empty-dirs --no-resave-data GeoTcgaData ### ############################################################################## ############################################################################## * checking for file ‘GeoTcgaData/DESCRIPTION’ ... OK * preparing ‘GeoTcgaData’: * checking DESCRIPTION meta-information ... OK * installing the package to build vignettes * creating vignettes ... ERROR --- re-building ‘GeoTcgaData.Rmd’ using rmarkdown Quitting from lines 101-131 [unnamed-chunk-2] (GeoTcgaData.Rmd) Error: processing vignette 'GeoTcgaData.Rmd' failed with diagnostics: there is no package called 'edgeR' --- failed re-building ‘GeoTcgaData.Rmd’ SUMMARY: processing the following file failed: ‘GeoTcgaData.Rmd’ Error: Vignette re-building failed. Execution halted