### R code from vignette source 'methylationAnalysis.Rnw'

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### code chunk number 1: <style-Sweave
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BiocStyle::latex()


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### code chunk number 2: methylationAnalysis.Rnw:30-31
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  library(segmentSeq)


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### code chunk number 3: methylationAnalysis.Rnw:36-43
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if(FALSE)  # set to FALSE if you don't want parallelisation
{
    numCores <- min(8, detectCores())
    cl <- makeCluster(numCores)
} else {
    cl <- NULL
}


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### code chunk number 4: methylationAnalysis.Rnw:46-47 (eval = FALSE)
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## cl <- NULL


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### code chunk number 5: methylationAnalysis.Rnw:52-61
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datadir <- system.file("extdata", package = "segmentSeq")
files <- c("short_18B_C24_C24_trim.fastq_CG_methCalls.gz",
"short_Sample_17A_trimmed.fastq_CG_methCalls.gz",
"short_13_C24_col_trim.fastq_CG_methCalls.gz",
"short_Sample_28_trimmed.fastq_CG_methCalls.gz")

mD <- readMeths(files = files, dir = datadir,
libnames = c("A1", "A2", "B1", "B2"), replicates = c("A","A","B","B"),
nonconversion = c(0.004777, 0.005903, 0.016514, 0.006134))


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### code chunk number 6: methDist
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par(mfrow = c(2,1))
dists <- plotMethDistribution(mD, main = "Distributions of methylation", chr = "Chr1")
plotMethDistribution(mD, 
                     subtract = rowMeans(sapply(dists, function(x) x[,2])), 
                     main = "Differences between distributions", chr = "Chr1")


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### code chunk number 7: figMethDist
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par(mfrow = c(2,1))
dists <- plotMethDistribution(mD, main = "Distributions of methylation", chr = "Chr1")
plotMethDistribution(mD, 
                     subtract = rowMeans(sapply(dists, function(x) x[,2])), 
                     main = "Differences between distributions", chr = "Chr1")


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### code chunk number 8: methylationAnalysis.Rnw:89-90
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sD <- processAD(mD, cl = cl)


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### code chunk number 9: methylationAnalysis.Rnw:93-94
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if(nrow(sD) != 249271) stop("sD object is the wrong size (should have 249271 rows). Failure.")


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### code chunk number 10: methylationAnalysis.Rnw:103-106
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thresh = 0.2
hS <- heuristicSeg(sD = sD, aD = mD, prop = thresh, cl = cl, gap = 100, getLikes = FALSE)
hS


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### code chunk number 11: methylationAnalysis.Rnw:109-110
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if(nrow(hS) != 2955) stop("hS object is the wrong size (should have 2955 rows). Failure.")


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### code chunk number 12: methylationAnalysis.Rnw:116-117
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hS <- mergeMethSegs(hS, mD, gap = 5000, cl = cl)


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### code chunk number 13: methylationAnalysis.Rnw:122-123 (eval = FALSE)
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## hSL <- lociLikelihoods(hS, mD, cl = cl)


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### code chunk number 14: methylationAnalysis.Rnw:126-127
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data(hSL)


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### code chunk number 15: plotMeth
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plotMeth(mD, hSL, chr = "Chr1", limits = c(1, 50000), cap = 10)


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### code chunk number 16: figplotMeth
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plotMeth(mD, hSL, chr = "Chr1", limits = c(1, 50000), cap = 10)


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### code chunk number 17: methylationAnalysis.Rnw:166-167
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groups(hSL) <- list(NDE = c(1,1,1,1), DE = c("A", "A", "B", "B"))


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### code chunk number 18: methylationAnalysis.Rnw:171-172
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hSL <- methObservables(hSL)


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### code chunk number 19: methylationAnalysis.Rnw:176-177
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densityFunction(hSL) <- bbNCDist


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### code chunk number 20: methylationAnalysis.Rnw:181-182
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hSL <- getPriors(hSL, cl = cl)


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### code chunk number 21: methylationAnalysis.Rnw:187-188
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hSL <- getLikelihoods(hSL, cl = cl)


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### code chunk number 22: methylationAnalysis.Rnw:193-194
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topCounts(hSL, "DE")


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### code chunk number 23: <stopCluster
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if(!is.null(cl))
    stopCluster(cl)


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### code chunk number 24: methylationAnalysis.Rnw:207-208
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sessionInfo()