### R code from vignette source 'Sushi.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: Sushi.Rnw:25-27 ################################################### options(SweaveHooks=list(fig=function() par(mgp=c(3, .4, 0)))) options(continue=" ") ################################################### ### code chunk number 2: Sushi.Rnw:77-159 ################################################### writeLines("@article{encode_integrated_2012, title = {An integrated encyclopedia of {DNA} elements in the human genome}, author = {{The ENCODE Project Consortium}}, journal = {Nature}, year = {2012}, volume = {489}, issn = {1476-4687}, url = {http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22955616}, doi = {10.1038/nature11247}, number = {7414}, month = sep, note = {{PMID:} 22955616}, pages = {57--74}, }, @article{fiveC, title = {The long-range interaction landscape of gene promoters}, volume = {489}, doi = {10.1038/nature11279}, number = {7414}, journal = {Nature}, author = {A Sanyal and BR Lajoie and G Jain and J Dekker}, month = sep, year = {2012}, note = {{PMID:} 22955621}, pages = {109--113}, }, @article{chiapet, title = {Extensive promoter-centered chromatin interactions provide a topological basis for transcription regulation}, volume = {148}, doi = {10.1016/j.cell.2011.12.014}, journal = {Cell}, author = {G Li and X Ruan and RK Auerbach and KS Sandhu and M Zheng and P Wang and HM Poh and Y Goh and J Lim and J Zhang and HS Sim and SQ Peh and FH Mulawadi and CT Ong and YL Orlov and S Hong and Z Zhang and S Landt and D Raha and G Euskirchen and CL Wei and W Ge and H Wang and C Davis and KI Fisher-Aylor and A Mortazavi and M Gerstein and T Gingeras and B Wold and Y Sun and MJ Fullwood and E Cheung and E Liu and WK Sung and M Snyder and Y Ruan}, month = jan, year = {2012}, note = {{PMID:} 22265404}, pages = {84--98}, }, @article{chipexo, title = {Comprehensive genome-wide protein-DNA interactions detected at single-nucleotide resolution}, volume = {147}, doi = {10.1016/j.cell.2011.11.013}, journal = {Cell}, author = {HS Rhee and BF Pugh}, month = dec, year = {2011}, note = {{PMID:} 22153082}, }, @article{dnaseI, title = {An expansive human regulatory lexicon encoded in transcription factor footprints}, volume = {489}, doi = {10.1038/nature11212}, journal = {Nature}, author = {S Neph and J Vierstra and AB Stergachis and AP Reynolds and E Haugen and B Vernot and RE Thurman and S John and R Sandstrom and AK Johnson and MT Maurano and R Humbert and E Rynes and H Wang and S Vong and K Lee and D Bates and M Diegel and V Roach and D Dunn and J Neri and A Schafer and RS Hansen and T Kutyavin and E Giste and M Weaver and T Canfield and P Sabo and M Zhang and G Balasundaram and R Byron and MJ MacCoss and JM Akey and MA Bender and M Groudine and R Kaul and JA Stamatoyannopoulos}, month = sep, year = {2012}, pages = {83-90}, note = {{PMID:} 22955618}, }, @article{GWAS, title = {Genetic variants in novel pathways influence blood pressure and cardiovascular disease risk}, volume = {478}, doi = {10.1038/nature10405}, journal = {Nature}, author = {{International Consortium for Blood Pressure}}, month = sep, year = {2011}, note = {{PMID:} 21909115}, }, @article{HiC, title = {Topological domains in mammalian genomes identified by analysis of chromatin interactions}, volume = {485}, doi = {10.1038/nature11082}, journal = {Nature}, author = {JR Dixon and S Selvaraj and F Yue and A Kim and Y Li and Y Shen and M Hu and JS Liu and B Ren}, month = sep, year = {2012}, note = {{PMID:} 22495300}, }, @online{biomart, author = {Biomart}, url = {http://www.biomart.org/} }", con="Sushi.bib") ################################################### ### code chunk number 3: dataLoading ################################################### library('Sushi') Sushi_data = data(package = 'Sushi') data(list = Sushi_data$results[,3]) ################################################### ### code chunk number 4: dataLoading ################################################### Sushi_data$results[,3] ################################################### ### code chunk number 5: Sushi.Rnw:202-203 ################################################### head(Sushi_DNaseI.bedgraph) ################################################### ### code chunk number 6: Sushi.Rnw:211-215 ################################################### getOption("SweaveHooks")[["fig"]]() chrom = "chr11" chromstart = 1650000 chromend = 2350000 plotBedgraph(Sushi_DNaseI.bedgraph,chrom,chromstart,chromend,colorbycol= SushiColors(5)) ################################################### ### code chunk number 7: Sushi.Rnw:222-223 (eval = FALSE) ################################################### ## labelgenome(chrom,chromstart,chromend,n=4,scale="Mb") ################################################### ### code chunk number 8: Sushi.Rnw:226-231 ################################################### getOption("SweaveHooks")[["fig"]]() chrom = "chr11" chromstart = 1650000 chromend = 2350000 plotBedgraph(Sushi_DNaseI.bedgraph,chrom,chromstart,chromend,colorbycol= SushiColors(5)) labelgenome(chrom,chromstart,chromend,n=4,scale="Mb") ################################################### ### code chunk number 9: Sushi.Rnw:240-242 (eval = FALSE) ################################################### ## mtext("Read Depth",side=2,line=1.75,cex=1,font=2) ## axis(side=2,las=2,tcl=.2) ################################################### ### code chunk number 10: Sushi.Rnw:245-252 ################################################### getOption("SweaveHooks")[["fig"]]() chrom = "chr11" chromstart = 1650000 chromend = 2350000 plotBedgraph(Sushi_DNaseI.bedgraph,chrom,chromstart,chromend,colorbycol= SushiColors(5)) labelgenome(chrom,chromstart,chromend,n=4,scale="Mb") mtext("Read Depth",side=2,line=1.75,cex=1,font=2) axis(side=2,las=2,tcl=.2) ################################################### ### code chunk number 11: Sushi.Rnw:259-268 ################################################### getOption("SweaveHooks")[["fig"]]() chrom = "chr11" chromstart = 1955000 chromend = 1960000 plotBedgraph(Sushi_ChIPSeq_CTCF.bedgraph,chrom,chromstart,chromend, transparency=.50,color=SushiColors(2)(2)[1]) plotBedgraph(Sushi_DNaseI.bedgraph,chrom,chromstart,chromend, transparency=.50,color=SushiColors(2)(2)[2],overlay=TRUE, rescaleoverlay=TRUE) labelgenome(chrom,chromstart,chromend,n=3,scale="Kb") ################################################### ### code chunk number 12: Sushi.Rnw:276-280 (eval = FALSE) ################################################### ## ## legend("topright",inset=0.025,legend=c("DNaseI","ChIP-seq (CTCF)"), ## fill=opaque(SushiColors(2)(2)),border=SushiColors(2)(2),text.font=2, ## cex=1.0) ################################################### ### code chunk number 13: Sushi.Rnw:282-295 ################################################### getOption("SweaveHooks")[["fig"]]() chrom = "chr11" chromstart = 1955000 chromend = 1960000 plotBedgraph(Sushi_ChIPSeq_CTCF.bedgraph,chrom,chromstart,chromend, transparency=.50,color=SushiColors(2)(2)[1]) plotBedgraph(Sushi_DNaseI.bedgraph,chrom,chromstart,chromend, transparency=.50,color=SushiColors(2)(2)[2],overlay=TRUE, rescaleoverlay=TRUE) labelgenome(chrom,chromstart,chromend,n=3,scale="Kb") legend("topright",inset=0.025,legend=c("DNaseI","ChIP-seq (CTCF)"), fill=opaque(SushiColors(2)(2)),border=SushiColors(2)(2),text.font=2, cex=1.0) ################################################### ### code chunk number 14: Sushi.Rnw:303-304 (eval = FALSE) ################################################### ## par(mfrow=c(2,1),mar=c(1,4,1,1)) ################################################### ### code chunk number 15: Sushi.Rnw:311-318 (eval = FALSE) ################################################### ## plotBedgraph(Sushi_ChIPSeq_CTCF.bedgraph,chrom,chromstart,chromend,transparency=.50, ## color=SushiColors(2)(2)[1]) ## axis(side=2,las=2,tcl=.2) ## mtext("Read Depth",side=2,line=1.75,cex=1,font=2) ## legend("topright",inset=0.025,legend=c("DNaseI","ChIP-seq (CTCF)"), ## fill=opaque(SushiColors(2)(2)),border=SushiColors(2)(2),text.font=2, ## cex=1.0) ################################################### ### code chunk number 16: Sushi.Rnw:324-340 ################################################### getOption("SweaveHooks")[["fig"]]() par(mfrow=c(2,1),mar=c(1,4,1,1)) # set the genomic regions chrom = "chr11" chromstart = 1955000 chromend = 1960000 # plot chip-seq data plotBedgraph(Sushi_ChIPSeq_CTCF.bedgraph,chrom,chromstart,chromend,transparency=.50) # add y-axis axis(side=2,las=2,tcl=.2) mtext("Read Depth",side=2,line=1.75,cex=1,font=2) # add legend legend("topright",inset=0.025,legend=c("DNaseI","ChIP-seq (CTCF)"), fill=opaque(SushiColors(2)(2)),border=SushiColors(2)(2),text.font=2) ################################################### ### code chunk number 17: Sushi.Rnw:347-353 (eval = FALSE) ################################################### ## plotBedgraph(Sushi_DNaseI.bedgraph, chrom, chromstart, chromend, ## transparency=.50, flip=TRUE, color=SushiColors(2)(2)[2]) ## labelgenome(chrom,chromstart,chromend,side=3,n=3,scale="Kb") ## axis(side=2,las=2,tcl=.2,at=pretty(par("yaxp")[c(1,2)]), ## labels=-1*pretty(par("yaxp")[c(1,2)])) ## mtext("Read Depth",side=2,line=1.75,cex=1,font=2) ################################################### ### code chunk number 18: Sushi.Rnw:359-388 ################################################### getOption("SweaveHooks")[["fig"]]() par(mfrow=c(2,1),mar=c(1,4,1,1)) # set the genomic regions chrom = "chr11" chromstart = 1955000 chromend = 1960000 # plot chip-seq data plotBedgraph(Sushi_ChIPSeq_CTCF.bedgraph ,chrom, chromstart, chromend, transparency=.50, color=SushiColors(2)(2)[1]) # add y-axis axis(side=2,las=2,tcl=.2) mtext("Read Depth",side=2,line=1.75,cex=1,font=2) # add legend legend("topright",inset=0.025,legend=c("DNaseI","ChIP-seq (CTCF)"), fill=opaque(SushiColors(2)(2)),border=SushiColors(2)(2),text.font=2) # plot dnaseI data plotBedgraph(Sushi_DNaseI.bedgraph,chrom,chromstart,chromend,transparency=.50,flip=TRUE, color=SushiColors(2)(2)[2]) # add y-axis ylabs = axis(side=2,las=2,tcl=.2,at=pretty(par("yaxp")[c(1,2)]), labels=-1*pretty(par("yaxp")[c(1,2)])) mtext("Read Depth",side=2,line=1.75,cex=1,font=2) # add the genome labels labelgenome(chrom,chromstart,chromend,side=3,n=3,scale="Kb") ################################################### ### code chunk number 19: Sushi.Rnw:397-398 ################################################### Sushi_HiC.matrix[100:105,100:105] ################################################### ### code chunk number 20: Sushi.Rnw:405-415 ################################################### getOption("SweaveHooks")[["fig"]]() chrom = "chr11" chromstart = 500000 chromend = 5050000 phic = plotHic(Sushi_HiC.matrix, chrom,chromstart, chromend, max_y = 20, zrange=c(0,28), palette=SushiColors(7)) addlegend(phic[[1]], palette=phic[[2]], title="score", side="right", bottominset=0.4, topinset=0, xoffset=-.035, labelside="left", width=0.025, title.offset=0.035) labelgenome(chrom, chromstart, chromend, n=4, scale="Mb", edgeblankfraction=0.20) ################################################### ### code chunk number 21: Sushi.Rnw:427-438 ################################################### getOption("SweaveHooks")[["fig"]]() chrom = "chr11" chromstart = 500000 chromend = 5050000 phic = plotHic(Sushi_HiC.matrix,chrom,chromstart,chromend,max_y = 20, zrange=c(0,28),flip=TRUE,palette=topo.colors) addlegend(phic[[1]],palette=phic[[2]],title="score",side="left",bottominset=0.1, topinset=0.5,xoffset=-.035,labelside="right",width=0.025,title.offset=0.035) labelgenome(chrom,chromstart,chromend,side=3,n=4,scale="Mb",edgeblankfraction=0.20) ################################################### ### code chunk number 22: Sushi.Rnw:448-449 ################################################### head(Sushi_5C.bedpe) ################################################### ### code chunk number 23: Sushi.Rnw:456-468 ################################################### getOption("SweaveHooks")[["fig"]]() chrom = "chr11" chromstart = 1650000 chromend = 2350000 pbpe = plotBedpe(Sushi_5C.bedpe,chrom,chromstart,chromend, heights = Sushi_5C.bedpe$score,plottype="loops", colorby=Sushi_5C.bedpe$samplenumber, colorbycol=SushiColors(3)) labelgenome(chrom, chromstart,chromend,n=3,scale="Mb") legend("topright",inset =0.01,legend=c("K562","HeLa","GM12878"), col=SushiColors(3)(3),pch=19,bty='n',text.font=2) axis(side=2,las=2,tcl=.2) mtext("Z-score",side=2,line=1.75,cex=.75,font=2) ################################################### ### code chunk number 24: Sushi.Rnw:476-485 ################################################### getOption("SweaveHooks")[["fig"]]() chrom = "chr11" chromstart = 1650000 chromend = 2350000 pbpe = plotBedpe(Sushi_5C.bedpe,chrom,chromstart,chromend,flip=TRUE, plottype="lines",colorby=Sushi_5C.bedpe$score, colorbycol=SushiColors(5)) labelgenome(chrom, chromstart,chromend,side=3,n=3,scale="Mb") addlegend(pbpe[[1]],palette=pbpe[[2]],title="Z-score",side="right",bottominset=0.05, topinset=0.05,xoffset=-.035,labelside="right",width=0.025,title.offset=0.045) ################################################### ### code chunk number 25: Sushi.Rnw:495-496 ################################################### head(Sushi_ChIPSeq_pol2.bed) ################################################### ### code chunk number 26: Sushi.Rnw:502-514 ################################################### getOption("SweaveHooks")[["fig"]]() chrom = "chr11" chromstart = 2281200 chromend = 2282200 plotBed(beddata = Sushi_ChIPSeq_pol2.bed,chrom = chrom,chromstart = chromstart, chromend =chromend,colorby = Sushi_ChIPSeq_pol2.bed$strand, colorbycol = SushiColors(2),row = "auto",wiggle=0.001) labelgenome(chrom,chromstart,chromend,n=2,scale="Kb") legend("topright",inset=0,legend=c("reverse","forward"),fill=SushiColors(2)(2), border=SushiColors(2)(2),text.font=2,cex=0.75) ################################################### ### code chunk number 27: Sushi.Rnw:521-533 ################################################### getOption("SweaveHooks")[["fig"]]() chrom = "chr11" chromstart = 2281200 chromend = 2282200 plotBed(beddata = Sushi_ChIPSeq_pol2.bed,chrom = chrom,chromstart = chromstart, chromend =chromend,colorby = Sushi_ChIPSeq_pol2.bed$strand, colorbycol = SushiColors(2),row = "auto",wiggle=0.001,splitstrand=TRUE) labelgenome(chrom,chromstart,chromend,n=2,scale="Kb") legend("topright",inset=0,legend=c("reverse","forward"),fill=SushiColors(2)(2), border=SushiColors(2)(2),text.font=2,cex=0.75) ################################################### ### code chunk number 28: Sushi.Rnw:540-543 ################################################### Sushi_ChIPSeq_severalfactors.bed$color = maptocolors(Sushi_ChIPSeq_severalfactors.bed$row, col=SushiColors(6)) ################################################### ### code chunk number 29: Sushi.Rnw:550-568 ################################################### getOption("SweaveHooks")[["fig"]]() chrom = "chr15" chromstart = 72800000 chromend = 73100000 Sushi_ChIPSeq_severalfactors.bed$color = maptocolors(Sushi_ChIPSeq_severalfactors.bed$row, col=SushiColors(6)) plotBed(beddata = Sushi_ChIPSeq_severalfactors.bed,chrom = chrom, chromstart = chromstart,chromend =chromend, rownumber = Sushi_ChIPSeq_severalfactors.bed$row, type = "circles", color=Sushi_ChIPSeq_severalfactors.bed$color,row="given", plotbg="grey95",rowlabels=unique(Sushi_ChIPSeq_severalfactors.bed$name), rowlabelcol=unique(Sushi_ChIPSeq_severalfactors.bed$color),rowlabelcex=0.75) labelgenome(chrom,chromstart,chromend,n=3,scale="Mb") mtext("ChIP-seq",side=3, adj=-0.065,line=0.5,font=2) ################################################### ### code chunk number 30: Sushi.Rnw:574-588 ################################################### chrom = "chr15" chromstart = 72800000 chromend = 73100000 plotBed(beddata = Sushi_ChIPSeq_severalfactors.bed,chrom = chrom, chromstart = chromstart,chromend =chromend, rownumber = Sushi_ChIPSeq_severalfactors.bed$row, type = "circles", color=Sushi_ChIPSeq_severalfactors.bed$color,row="given", plotbg="grey95",rowlabels=unique(Sushi_ChIPSeq_severalfactors.bed$name), rowlabelcol=unique(Sushi_ChIPSeq_severalfactors.bed$color),rowlabelcex=0.75) labelgenome(chrom,chromstart,chromend,n=3,scale="Mb") mtext("ChIP-seq",side=3, adj=-0.065,line=0.5,font=2) ################################################### ### code chunk number 31: Sushi.Rnw:595-605 ################################################### plotBed(beddata = Sushi_ChIPSeq_severalfactors.bed,chrom = chrom, chromstart = chromstart,chromend =chromend, rownumber = Sushi_ChIPSeq_severalfactors.bed$row, type = "region", color=Sushi_ChIPSeq_severalfactors.bed$color,row="given", plotbg="grey95",rowlabels=unique(Sushi_ChIPSeq_severalfactors.bed$name), rowlabelcol=unique(Sushi_ChIPSeq_severalfactors.bed$color),rowlabelcex=0.75) labelgenome(chrom,chromstart,chromend,n=3,scale="Mb") mtext("ChIP-seq",side=3, adj=-0.065,line=0.5,font=2) ################################################### ### code chunk number 32: Sushi.Rnw:610-628 ################################################### getOption("SweaveHooks")[["fig"]]() chrom = "chr15" chromstart = 72800000 chromend = 73100000 Sushi_ChIPSeq_severalfactors.bed$color = maptocolors(Sushi_ChIPSeq_severalfactors.bed$row, col=SushiColors(6)) plotBed(beddata = Sushi_ChIPSeq_severalfactors.bed,chrom = chrom, chromstart = chromstart,chromend =chromend, rownumber = Sushi_ChIPSeq_severalfactors.bed$row, type = "region", color=Sushi_ChIPSeq_severalfactors.bed$color,row="given", plotbg="grey95",rowlabels=unique(Sushi_ChIPSeq_severalfactors.bed$name), rowlabelcol=unique(Sushi_ChIPSeq_severalfactors.bed$color),rowlabelcex=0.75) labelgenome(chrom,chromstart,chromend,n=3,scale="Mb") mtext("ChIP-seq",side=3, adj=-0.065,line=0.5,font=2) ################################################### ### code chunk number 33: Sushi.Rnw:635-648 ################################################### chrom = "chr15" chromstart = 60000000 chromend = 80000000 chrom_biomart = gsub("chr","",chrom) mart=useMart(host='may2009.archive.ensembl.org', biomart='ENSEMBL_MART_ENSEMBL', dataset='hsapiens_gene_ensembl') geneinfobed = getBM(attributes = c("chromosome_name","start_position","end_position"), filters= c("chromosome_name","start","end"), values=list(chrom_biomart,chromstart,chromend),mart=mart) geneinfobed[,1] = paste("chr",geneinfobed[,1],sep="") ################################################### ### code chunk number 34: Sushi.Rnw:655-656 ################################################### head (geneinfobed) ################################################### ### code chunk number 35: Sushi.Rnw:664-671 ################################################### plotBed(beddata = geneinfobed[!duplicated(geneinfobed),],chrom = chrom, chromstart = chromstart,chromend =chromend,row='supplied', palettes = list(SushiColors(7)), type = "density") labelgenome(chrom, chromstart, chromend, n=4,scale="Mb",edgeblankfraction=0.10) mtext("Gene Density",side=3, adj=0,line=0.20,font=2) ################################################### ### code chunk number 36: Sushi.Rnw:676-698 ################################################### getOption("SweaveHooks")[["fig"]]() par(mar=c(3,1,3,1)) chrom = "chr15" chromstart = 60000000 chromend = 80000000 chrom_biomart = gsub("chr","",chrom) mart=useMart(host='may2009.archive.ensembl.org', biomart='ENSEMBL_MART_ENSEMBL', dataset='hsapiens_gene_ensembl') geneinfobed = getBM(attributes = c("chromosome_name","start_position","end_position"), filters= c("chromosome_name","start","end"), values=list(chrom_biomart,chromstart,chromend),mart=mart) geneinfobed[,1] = paste("chr",geneinfobed[,1],sep="") plotBed(beddata = geneinfobed[!duplicated(geneinfobed),],chrom = chrom, chromstart = chromstart,chromend =chromend,row='supplied', palettes = list(SushiColors(7)), type = "density") labelgenome(chrom, chromstart, chromend, n=4,scale="Mb",edgeblankfraction=0.10) mtext("Gene Density",side=3, adj=0,line=0.20,font=2) ################################################### ### code chunk number 37: Sushi.Rnw:711-712 ################################################### head(Sushi_GWAS.bed) ################################################### ### code chunk number 38: Sushi.Rnw:717-718 ################################################### head(Sushi_hg18_genome) ################################################### ### code chunk number 39: Sushi.Rnw:724-731 ################################################### plotManhattan(bedfile=Sushi_GWAS.bed,pvalues=Sushi_GWAS.bed[,5], col=SushiColors(6),genome=Sushi_hg18_genome,cex=0.75) labelgenome(genome=Sushi_hg18_genome,n=4,scale="Mb", edgeblankfraction=0.20,cex.axis=.5) axis(side=2,las=2,tcl=.2) mtext("log10(P)",side=2,line=1.75,cex=1,font=2) mtext("chromosome",side=1,line=1.75,cex=1,font=2) ################################################### ### code chunk number 40: GWAS1 ################################################### png('GWAS1.png',height=600,width=800 ) plotManhattan(bedfile=Sushi_GWAS.bed,pvalues=Sushi_GWAS.bed[,5], col=SushiColors(6),genome=Sushi_hg18_genome,cex=0.75) labelgenome(genome=Sushi_hg18_genome,n=4,scale="Mb", edgeblankfraction=0.20,cex.axis=.5) axis(side=2,las=2,tcl=.2) mtext("log10(P)",side=2,line=1.75,cex=1,font=2) mtext("chromosome",side=1,line=1.75,cex=1,font=2) dev.off() ################################################### ### code chunk number 41: Sushi.Rnw:755-756 ################################################### head(Sushi_genes.bed) ################################################### ### code chunk number 42: Sushi.Rnw:761-772 ################################################### getOption("SweaveHooks")[["fig"]]() chrom = "chr15" chromstart = 72998000 chromend = 73020000 pg = plotGenes(Sushi_genes.bed,chrom,chromstart,chromend , types=Sushi_genes.bed$type,maxrows=1,bheight=0.2, plotgenetype="arrow",bentline=FALSE, labeloffset=.4,fontsize=1.2,arrowlength = 0.025, labeltext=TRUE) labelgenome( chrom, chromstart,chromend,n=3,scale="Mb") ################################################### ### code chunk number 43: Sushi.Rnw:778-779 ################################################### Sushi_transcripts.bed[1:20,] ################################################### ### code chunk number 44: Sushi.Rnw:786-802 ################################################### getOption("SweaveHooks")[["fig"]]() chrom = "chr15" chromstart = 72965000 chromend = 72990000 pg = plotGenes(Sushi_transcripts.bed,chrom,chromstart,chromend , types = Sushi_transcripts.bed$type, colorby=log10(Sushi_transcripts.bed$score+0.001), colorbycol= SushiColors(5),colorbyrange=c(0,1.0), labeltext=TRUE,maxrows=50,height=0.4,plotgenetype="box") labelgenome( chrom, chromstart,chromend,n=3,scale="Mb") addlegend(pg[[1]],palette=pg[[2]],title="log10(FPKM)",side="right", bottominset=0.4,topinset=0,xoffset=-.035,labelside="left", width=0.025,title.offset=0.055) ################################################### ### code chunk number 45: Sushi.Rnw:816-818 (eval = FALSE) ################################################### ## layout(matrix(c(1,1,2,3),2, 2, byrow = TRUE)) ## par(mar=c(3,4,1,1)) ################################################### ### code chunk number 46: Sushi.Rnw:823-835 (eval = FALSE) ################################################### ## chrom = "chr11" ## chromstart = 1900000 ## chromend = 2350000 ## ## plotBedgraph(Sushi_DNaseI.bedgraph,chrom,chromstart=chromstart, ## chromend=chromend,colorbycol= SushiColors(5)) ## ## labelgenome(chrom,chromstart=chromstart,chromend=chromend,n=4, ## scale="Mb") ## ## mtext("Read Depth",side=2,line=1.75,cex=1,font=2) ## axis(side=2,las=2,tcl=.2) ################################################### ### code chunk number 47: Sushi.Rnw:840-851 ################################################### getOption("SweaveHooks")[["fig"]]() layout(matrix(c(1,1,2,3),2, 2, byrow = TRUE)) par(mar=c(3,4,1,1)) chrom = "chr11" chromstart = 1900000 chromend = 2350000 plotBedgraph(Sushi_DNaseI.bedgraph,chrom,chromstart=chromstart, chromend=chromend,colorbycol= SushiColors(5)) labelgenome(chrom,chromstart=chromstart,chromend=chromend,n=4, scale="Mb") mtext("Read Depth",side=2,line=1.75,cex=1,font=2) axis(side=2,las=2,tcl=.2) ################################################### ### code chunk number 48: Sushi.Rnw:857-864 (eval = FALSE) ################################################### ## zoomregion1 = c(1955000,1960000) ## zoomregion2 = c(2279000,2284000) ## ## zoomsregion(zoomregion1,extend=c(0.01,0.13),wideextend=0.05, ## offsets=c(0,0.580)) ## zoomsregion(zoomregion2,extend=c(0.01,0.13),wideextend=0.05, ## offsets=c(0.580,0)) ################################################### ### code chunk number 49: Sushi.Rnw:868-887 ################################################### getOption("SweaveHooks")[["fig"]]() layout(matrix(c(1,1,2,3),2, 2, byrow = TRUE)) par(mar=c(3,4,1,1)) chrom = "chr11" chromstart = 1900000 chromend = 2350000 plotBedgraph(Sushi_DNaseI.bedgraph,chrom,chromstart=chromstart, chromend=chromend,colorbycol= SushiColors(5)) labelgenome(chrom,chromstart=chromstart,chromend=chromend,n=4,scale="Mb") mtext("Read Depth",side=2,line=1.75,cex=1,font=2) axis(side=2,las=2,tcl=.2) zoomregion1 = c(1955000,1960000) zoomregion2 = c(2279000,2284000) zoomsregion(zoomregion1,extend=c(0.01,0.13),wideextend=0.05,offsets=c(0,0.580)) zoomsregion(zoomregion2,extend=c(0.01,0.13),wideextend=0.05,offsets=c(0.580,0)) ################################################### ### code chunk number 50: Sushi.Rnw:893-910 (eval = FALSE) ################################################### ## plotBedgraph(Sushi_DNaseI.bedgraph,chrom,chromstart=zoomregion1[1], ## chromend=zoomregion1[2],colorbycol= SushiColors(5)) ## ## labelgenome(chrom,chromstart=zoomregion1[1],chromend=zoomregion1[2], ## n=4,scale="Kb",edgeblankfraction=0.2,cex.axis=.75) ## zoombox() ## mtext("Read Depth",side=2,line=1.75,cex=1,font=2) ## axis(side=2,las=2,tcl=.2) ## ## plotBedgraph(Sushi_DNaseI.bedgraph,chrom,chromstart=zoomregion2[1], ## chromend=zoomregion2[2],colorbycol= SushiColors(5)) ## ## labelgenome(chrom,chromstart=zoomregion2[1],chromend=zoomregion2[2], ## n=4,scale="Kb",edgeblankfraction=0.2,cex.axis=.75) ## zoombox() ## mtext("Read Depth",side=2,line=1.75,cex=1,font=2) ## axis(side=2,las=2,tcl=.2) ################################################### ### code chunk number 51: Sushi.Rnw:915-958 ################################################### getOption("SweaveHooks")[["fig"]]() layout(matrix(c(1,1,2,3),2, 2, byrow = TRUE)) par(mar=c(3,4,1,1)) chrom = "chr11" chromstart = 1900000 chromend = 2350000 plotBedgraph(Sushi_DNaseI.bedgraph,chrom,chromstart=chromstart, chromend=chromend,colorbycol= SushiColors(5)) labelgenome(chrom,chromstart=chromstart,chromend=chromend,n=4, scale="Mb") mtext("Read Depth",side=2,line=1.75,cex=1,font=2) axis(side=2,las=2,tcl=.2) zoomregion1 = c(1955000,1960000) zoomregion2 = c(2279000,2284000) zoomsregion(zoomregion1,extend=c(0.01,0.13),wideextend=0.05, offsets=c(0,0.580)) zoomsregion(zoomregion2,extend=c(0.01,0.13),wideextend=0.05, offsets=c(0.580,0)) plotBedgraph(Sushi_DNaseI.bedgraph,chrom,chromstart=zoomregion1[1], chromend=zoomregion1[2],colorbycol= SushiColors(5)) labelgenome(chrom,chromstart=zoomregion1[1],chromend=zoomregion1[2], n=4,scale="Kb",edgeblankfraction=0.2,cex.axis=.75) zoombox() mtext("Read Depth",side=2,line=1.75,cex=1,font=2) axis(side=2,las=2,tcl=.2) plotBedgraph(Sushi_DNaseI.bedgraph,chrom,chromstart=zoomregion2[1], chromend=zoomregion2[2],colorbycol= SushiColors(5)) labelgenome(chrom,chromstart=zoomregion2[1],chromend=zoomregion2[2], n=4,scale="Kb",edgeblankfraction=0.2,cex.axis=.75) zoombox() mtext("Read Depth",side=2,line=1.75,cex=1,font=2) axis(side=2,las=2,tcl=.2) ################################################### ### code chunk number 52: Sushi.Rnw:975-976 ################################################### SushiColors(palette='list') ################################################### ### code chunk number 53: Sushi.Rnw:981-996 ################################################### getOption("SweaveHooks")[["fig"]]() plot(1,xlab='',xaxt='n',ylab='',yaxt='n',xlim=c(0.5,7.5), ylim=c(2,7.5),type='n') for (i in (2:7)) { for (j in (1:i)) { rect(j-.5,i,j+.5,i+.5,col=SushiColors(i)(i)[j]) } } axis(side=2,at=(2:7),labels=(2:7),las=2) axis(side=1,at=(1:7),labels=(1:7)) mtext("SushiColors",side=3,font=2, line=1, cex=1.5) mtext("colors",side=1,font=2, line=2) mtext("palette",side=2,font=2, line=2) ################################################### ### code chunk number 54: Sushi.Rnw:1003-1017 ################################################### getOption("SweaveHooks")[["fig"]]() plot(1,xlab='',xaxt='n',ylab='',yaxt='n',bty='n',type='n', xlim=c(-.15,1.05),ylim=c(-1,2)) for (i in seq(0,1,by=0.1)) { rect(i-.05,-1,i+.05,1,col=opaque("red",transparency=i)) rect(i-.05,0,i+.05,2,col=opaque("blue",transparency=1-i)) } axis(side=1,at=seq(0,1,by=0.1),labels=seq(0,1,by=0.1)) mtext("red transparency",side=1,font=2, line=2) axis(side=3,at=seq(0,1,by=0.1),labels=seq(1,0,by=-0.1)) mtext("blue transparency",side=3,font=2, line=2) text(-0.075,1.5,labels="blue",font=2,adj=1) text(-0.075,0.5,labels="overlap",font=2,adj=1) text(-0.075,-.5,labels="red",font=2,adj=1) ################################################### ### code chunk number 55: Sushi.Rnw:1024-1032 ################################################### getOption("SweaveHooks")[["fig"]]() set.seed(3) values = rnorm((1:10)) colorpalette = SushiColors(5) plot(x=(1:10),y=values,col=maptocolors(values,colorpalette), pch=19,cex=4,xlab="data points",yaxt='n',ylim=range(values)*1.2) addlegend(range(values),title="key",palette=colorpalette, side='left',xoffset = -0.125,width=0.03,bottominset = 0.5, topinset = 0.025) axis(side=2,las=2) ################################################### ### code chunk number 56: Sushi.Rnw:1043-1053 ################################################### getOption("SweaveHooks")[["fig"]]() par(mar=c(8,3,3,1),mgp=c(3, .3, 0)) plotBedgraph(Sushi_DNaseI.bedgraph,chrom="chr11",chromstart=1650000, chromend=2350000,colorbycol=SushiColors(7)) labelgenome(chrom="chr11",chromstart=1650000,chromend=2350000, side=1,n=4,scale="Mb",line=.25) labelgenome(chrom="chr11",chromstart=1650000,chromend=2350000, side=1,n=3,scale="Kb",line=2) labelgenome(chrom="chr11",chromstart=1650000,chromend=2350000, side=1,n=1,scale="bp",line=4) ################################################### ### code chunk number 57: Sushi.Rnw:1060-1068 ################################################### plotManhattan(bedfile=Sushi_GWAS.bed,pvalues=Sushi_GWAS.bed[,5], col=SushiColors(6),genome=Sushi_hg18_genome, cex=0.75,space=0.05) labelgenome(genome=Sushi_hg18_genome,n=4,scale="Mb", edgeblankfraction=0.20,cex.axis=.5,space=0.05) axis(side=2,las=2,tcl=.2) mtext("log10(P)",side=2,line=1.75,cex=1,font=2) mtext("chromosome",side=1,line=1.75,cex=1,font=2) ################################################### ### code chunk number 58: GWAS2 ################################################### png('GWAS2.png',height=600,width=900 ) plotManhattan(bedfile=Sushi_GWAS.bed,pvalues=Sushi_GWAS.bed[,5], col=SushiColors(6),genome=Sushi_hg18_genome, cex=0.75,space=0.05) labelgenome(genome=Sushi_hg18_genome,n=4,scale="Mb", edgeblankfraction=0.20,cex.axis=.5,space=0.05) axis(side=2,las=2,tcl=.2) mtext("log10(P)",side=2,line=1.75,cex=1,font=2) mtext("chromosome",side=1,line=1.75,cex=1,font=2) dev.off() ################################################### ### code chunk number 59: Sushi.Rnw:1092-1093 ################################################### labelplot("A) ","Manhattan Plot") ################################################### ### code chunk number 60: Sushi.Rnw:1097-1106 ################################################### plotManhattan(bedfile=Sushi_GWAS.bed,pvalues=Sushi_GWAS.bed[,5], col=SushiColors(6),genome=Sushi_hg18_genome, cex=0.75,space=0.05) labelgenome(genome=Sushi_hg18_genome,n=4,scale="Mb" ,edgeblankfraction=0.20,cex.axis=.5,space=0.05) axis(side=2,las=2,tcl=.2) mtext("log10(P)",side=2,line=1.75,cex=1,font=2) mtext("chromosome",side=1,line=1.75,cex=1,font=2) labelplot("A) ","Manhattan Plot") ################################################### ### code chunk number 61: GWAS3 ################################################### png('GWAS3.png',height=600,width=900 ) plotManhattan(bedfile=Sushi_GWAS.bed,pvalues=Sushi_GWAS.bed[,5], col=SushiColors(6),genome=Sushi_hg18_genome, cex=0.75,space=0.05) labelgenome(genome=Sushi_hg18_genome,n=4,scale="Mb" ,edgeblankfraction=0.20,cex.axis=.5,space=0.05) axis(side=2,las=2,tcl=.2) mtext("log10(P)",side=2,line=1.75,cex=1,font=2) mtext("chromosome",side=1,line=1.75,cex=1,font=2) labelplot("A) ","Manhattan Plot") dev.off() ################################################### ### code chunk number 62: Sushi.Rnw:1126-1130 ################################################### if (file.exists("Rplots.pdf")) { file.remove("Rplots.pdf") } ################################################### ### code chunk number 63: Sushi.Rnw:1160-1161 (eval = FALSE) ################################################### ## read.table(file="reads.bed",sep="\t")