### R code from vignette source 'BEclear.Rnw'
### Encoding: UTF-8

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### code chunk number 1: BEclear.Rnw:5-6
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options(width=65)


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### code chunk number 2: BEclear.Rnw:43-49
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library(BEclear)
data(BEclearData)

ex.data[1:10,1:5]

ex.samples[1:10,]


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### code chunk number 3: BEclear.Rnw:70-77
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library(data.table)
samples <- data.table(ex.samples)
data <- data.table(feature=rownames(ex.data), ex.data)
    data <- melt(data = data, id.vars = "feature", variable.name = "sample", 
                 value.name = "beta.value")
    setkey(data, "feature", "sample")
pvals <- calcPvalues(data, samples, adjusted=TRUE, method="fdr")


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### code chunk number 4: BEclear.Rnw:81-82
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pvals[210:220,5:8]


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### code chunk number 5: BEclear.Rnw:101-104
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mdifs <- calcMedians(data, samples)

mdifs[210:220,5:8]


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### code chunk number 6: BEclear.Rnw:113-114
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summary <- calcSummary(medians=mdifs, pvalues=pvals)


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### code chunk number 7: BEclear.Rnw:120-121
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summary[1:10,]


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### code chunk number 8: BEclear.Rnw:129-130
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summary[summary$batch != "b136",]


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### code chunk number 9: BEclear.Rnw:139-142
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score <- calcScore(ex.data, ex.samples, summary, dir=getwd())

score


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### code chunk number 10: BEclear.Rnw:156-159
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makeBoxplot(ex.data, ex.samples, score, bySamples=TRUE,
        col="standard", main="Example data", xlab="Batch",
        ylab="Beta value", scoreCol=TRUE)


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### code chunk number 11: BEclear.Rnw:171-172
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cleared.data <- clearBEgenes(ex.data, ex.samples, summary)


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### code chunk number 12: BEclear.Rnw:179-180
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counted <- countValuesToPredict(cleared.data)


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### code chunk number 13: BEclear.Rnw:190-192 (eval = FALSE)
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## corrected.data <- BEclear(cleared.data, rowBlockSize=60, colBlockSize=60,
##                           epochs=50, outputFormat="RData", dir=getwd())


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### code chunk number 14: BEclear.Rnw:197-200 (eval = FALSE)
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## makeBoxplot(corrected.data, ex.samples, score, bySamples=TRUE,
##         col="standard", main="Corrected example data",
##         xlab="Batch", ylab="Beta value", scoreCol=FALSE)


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### code chunk number 15: BEclear.Rnw:220-224 (eval = FALSE)
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## result <- correctBatchEffect(ex.data, ex.samples,
##         parallel=TRUE, cores=4, adjusted=TRUE,
##         method="fdr", rowBlockSize=60, colBlockSize=60,
##         epochs=50, outputFormat="RData", dir=getwd())