### R code from vignette source 'networkBMA.Rnw'

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### code chunk number 1: vignette.data
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library(networkBMA)
data(vignette)

dim(timeSeries)
dim(reg.prob)
dim(brem.data)
reg.known


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### code chunk number 2: yeastScanBMA
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edges.ScanBMA <- networkBMA(data = timeSeries[,-(1:2)], 
                    nTimePoints = length(unique(timeSeries$time)), 
                    prior.prob = reg.prob,
                    nvar = 50,
                    ordering = "bic1+prior", diff100 = TRUE, diff0 = TRUE)
edges.ScanBMA[1:9,]


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### code chunk number 3: yeastiBMA
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tsVar <- which(names(timeSeries) %in%
               unique(c(reg.known$Regulator, reg.known$TargetGene)))
timeSeriesData <- timeSeries[,tsVar]
timeSeriesProbs <- reg.prob[tsVar-2,tsVar-2]
edges.iBMA <- networkBMA(data = timeSeriesData, 
                          nTimePoints = length(unique(timeSeries$time)), 
                          prior.prob = timeSeriesProbs, known = reg.known,
                          nvar = 50, control = iBMAcontrolLM(),
                          ordering = "bic1+prior", diff100 = FALSE,
                          diff0 = FALSE)
edges.iBMA[1:9,]


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### code chunk number 4: contingency.tables
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ctables <- contabs.netwBMA( edges.ScanBMA, referencePairs, reg.known, 
                              thresh=c(.5,.75,.9))
ctables


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### code chunk number 5: scores
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scores( ctables, what = c("FDR", "precision", "recall"))


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### code chunk number 6: rocANDprc
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## Not run
## roc( contabs.netwBMA( edges.ScanBMA, referencePairs), plotit = TRUE)
## title("ROC")

## prc( contabs.netwBMA( edges.ScanBMA, referencePairs), plotit = TRUE)
## title("Precision-Recall")


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### code chunk number 7: ScanBMA
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gene <- "YNL037C"
variables <- which(rownames(brem.data) != gene)

control <- ScanBMAcontrol(OR = 20, useg = TRUE,
                          gCtrl = gControl(optimize = FALSE, g0 = 20))

ScanBMAmodel.YNL037C <- ScanBMA(x = t(brem.data[variables,]),
                                y = unlist(brem.data[gene,]),
                                prior.prob = 0.1, control = control)


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### code chunk number 8: probne0
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ScanBMAmodel.YNL037C$probne0[ScanBMAmodel.YNL037C$probne0 > 0]