### R code from vignette source 'miRNAtap.Rnw'
### Encoding: UTF-8

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### code chunk number 1: miRNAtap.Rnw:72-74 (eval = FALSE)
###################################################
## source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
## biocLite()


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### code chunk number 2: miRNAtap.Rnw:80-83 (eval = FALSE)
###################################################
## source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
## biocLite("miRNAtap")
## biocLite("miRNAtap.db")


###################################################
### code chunk number 3: miRNAtap.Rnw:98-101 (eval = FALSE)
###################################################
## source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
## biocLite("topGO")
## biocLite("org.Hs.eg.db")


###################################################
### code chunk number 4: miRNAtap.Rnw:106-109
###################################################
library(miRNAtap)
library(topGO)
library(org.Hs.eg.db)


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### code chunk number 5: miRNAtap.Rnw:115-118
###################################################
mir = 'miR-10b'
predictions = getPredictedTargets(mir, species = 'hsa',
                                    method = 'geom', min_src = 2)


###################################################
### code chunk number 6: miRNAtap.Rnw:123-124
###################################################
head(predictions)


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### code chunk number 7: miRNAtap.Rnw:133-136
###################################################
predictions_min = getPredictedTargets(mir, species = 'hsa',
                                    method = 'min', min_src = 2)
head(predictions_min)


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### code chunk number 8: miRNAtap.Rnw:145-147
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predictions_rat = getPredictedTargets(mir, species = 'rno',
                                    method = 'geom', min_src = 2)


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### code chunk number 9: miRNAtap.Rnw:154-162
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rankedGenes = predictions[,'rank_product']
selection = function(x) TRUE 
# we do not want to impose a cut off, instead we are using rank information
allGO2genes = annFUN.org(whichOnto='BP', feasibleGenes = NULL,
                mapping="org.Hs.eg.db", ID = "entrez")
GOdata =  new('topGOdata', ontology = 'BP', allGenes = rankedGenes, 
            annot = annFUN.GO2genes, GO2genes = allGO2genes, 
            geneSel = selection, nodeSize=10)


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### code chunk number 10: miRNAtap.Rnw:168-170
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results.ks = runTest(GOdata, algorithm = "classic", statistic = "ks")
results.ks


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### code chunk number 11: miRNAtap.Rnw:176-178
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allRes = GenTable(GOdata, KS = results.ks, orderBy = "KS", topNodes = 20)
allRes[,c('GO.ID','Term','KS')]


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### code chunk number 12: miRNAtap.Rnw:189-190
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toLatex(sessionInfo())