### R code from vignette source 'gcatest.Rnw'

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### code chunk number 1: preamble
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library(lfa)
library(gcatest)
dim(sim_geno)
length(sim_trait)


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### code chunk number 2: lfa
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LF = lfa(sim_geno, 3)
dim(LF)


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### code chunk number 3: gcat
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gcat_p = gcat(sim_geno, LF, sim_trait)


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### code chunk number 4: gcat2
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gcat_p[1:5]


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### code chunk number 5: fig1
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library(ggplot2)
dat = data.frame(gcat_p[6:10000])
colnames(dat) = "gcat_p"
ggplot(dat, aes(gcat_p, ..density..)) + geom_histogram(binwidth=1/20) + theme_bw()