### R code from vignette source 'NGScopy-vignette.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: NGScopy-vignette.Rnw:47-48 ################################################### cat(as.character(packageVersion('NGScopy'))) ################################################### ### code chunk number 2: NGScopy-vignette.Rnw:52-53 ################################################### cat(unlist(strsplit(packageDescription('NGScopy')[['Date']],' '))[1]) ################################################### ### code chunk number 3: NGScopy-vignette.Rnw:62-63 ################################################### cat(length(NGScopy::parse_segmtype())) ################################################### ### code chunk number 4: NGScopy-vignette.Rnw:221-224 (eval = FALSE) ################################################### ## ## install NGScopy ## source("http://bioconductor.org/biocLite.R") ## biocLite("NGScopy") ################################################### ### code chunk number 5: NGScopy-vignette.Rnw:227-229 (eval = FALSE) ################################################### ## ## install NGScopyData for example data sets used in this guide ## biocLite("NGScopyData") ################################################### ### code chunk number 6: NGScopy-vignette.Rnw:243-246 ################################################### ## Load R libraries require("NGScopy") require("NGScopyData") ################################################### ### code chunk number 7: NGScopy-vignette.Rnw:249-264 ################################################### ## Create an instance of `NGScopy' class obj <- NGScopy$new( outFpre="ngscopy-case1", # specified directory for output inFpathN=tps_N8.chr6()$bamFpath, # normal sample: tps_90.chr6.sort.bam inFpathT=tps_90.chr6()$bamFpath, # tumor sample: tps_N8.chr6.sort.bam libsizeN=5777087, # the library size of the normal sample libsizeT=4624267, # the library size of the tumor sample mindepth=20, # the minimal depth of reads per window minsize=20000, # the minimal size of a window regions=NULL, # the regions, set to NULL for the entire genome segtype="mean.cusum", # the type of segmentation dsN=1, # the downsampling factor of the normal dsT=1, # the downsampling factor of the tumor pcThreads=1 # the number of processors for computing ) ################################################### ### code chunk number 8: NGScopy-vignette.Rnw:267-270 (eval = FALSE) ################################################### ## ## Compute the relative CNRs and save it ## ## A data.frame will be saved to file `ngscopy_cn.txt' in the output directory ## obj$write_cn() ################################################### ### code chunk number 9: NGScopy-vignette.Rnw:273-276 (eval = FALSE) ################################################### ## ## Compute the segmentation and save it ## ## A data.frame will be saved to file `ngscopy_segm.txt' in the output directory ## obj$write_segm() ################################################### ### code chunk number 10: NGScopy-vignette.Rnw:279-282 (eval = FALSE) ################################################### ## ## Plot he relative CNRs with the segmentation ## ## Figure(s) will be saved to file `ngscopy_out.pdf' in the output directory ## obj$plot_out() ################################################### ### code chunk number 11: NGScopy-vignette.Rnw:310-327 ################################################### require(NGScopy) require(NGScopyData) obj <- NGScopy$new( outFpre="ngscopy-case1", # specified directory for output inFpathN=tps_N8.chr6()$bamFpath, # normal sample: tps_90.chr6.sort.bam inFpathT=tps_90.chr6()$bamFpath, # tumor sample: tps_N8.chr6.sort.bam libsizeN=5777087, # the library size of the normal sample libsizeT=4624267, # the library size of the tumor sample mindepth=20, # the minimal depth of reads per window minsize=20000, # the minimal size of a window regions=read_regions("chr6 41000000 81000000"), # the regions, set to NULL for the entire genome segtype="mean.norm", # the type of segmentation dsN=1, # the downsampling factor of the normal dsT=1, # the downsampling factor of the tumor pcThreads=1 # the number of processors for computing ) ################################################### ### code chunk number 12: NGScopy-vignette.Rnw:330-331 ################################################### obj$show() # print the instance ################################################### ### code chunk number 13: NGScopy-vignette.Rnw:339-342 ################################################### ## Get the input files obj$get_inFpathN() obj$get_inFpathT() ################################################### ### code chunk number 14: NGScopy-vignette.Rnw:345-348 ################################################### ## Get the library sizes obj$get_libsizeN() obj$get_libsizeT() ################################################### ### code chunk number 15: NGScopy-vignette.Rnw:351-354 ################################################### ## Get the windowing parameters obj$get_mindepth() obj$get_minsize() ################################################### ### code chunk number 16: NGScopy-vignette.Rnw:357-359 ################################################### ## Get the regions head(obj$get_regions()) ################################################### ### code chunk number 17: NGScopy-vignette.Rnw:362-364 ################################################### ## Get the segmentation type(s) head(obj$get_segmtype()) ################################################### ### code chunk number 18: NGScopy-vignette.Rnw:367-370 ################################################### ## Get the downsampling factors obj$get_dsN() obj$get_dsT() ################################################### ### code chunk number 19: NGScopy-vignette.Rnw:373-375 ################################################### ## Get the number of processors obj$get_pcThreads() ################################################### ### code chunk number 20: NGScopy-vignette.Rnw:378-380 ################################################### ## Get the chromosome names of the reference genome obj$get_refname() ################################################### ### code chunk number 21: NGScopy-vignette.Rnw:383-385 ################################################### ## Get the chromosome lengths of the reference genome obj$get_reflength() ################################################### ### code chunk number 22: NGScopy-vignette.Rnw:393-394 ################################################### obj$proc_normal() # this may take a while ################################################### ### code chunk number 23: NGScopy-vignette.Rnw:401-402 ################################################### obj$proc_tumor() # this may take a while ################################################### ### code chunk number 24: NGScopy-vignette.Rnw:409-413 (eval = FALSE) ################################################### ## ## A data.frame will be saved to file `ngscopy_cn.txt' in the output directory ## obj$calc_cn() ## obj$proc_cn() ## obj$write_cn() ################################################### ### code chunk number 25: NGScopy-vignette.Rnw:420-424 (eval = FALSE) ################################################### ## ## A data.frame will be saved to file `ngscopy_segm.txt' in the output directory ## obj$calc_segm() ## obj$proc_segm() ## obj$write_segm() ################################################### ### code chunk number 26: NGScopy-vignette.Rnw:431-433 ################################################### ## The NGScopy output is saved as a ngscopy_out.RData file in the output directory obj$saveme() ################################################### ### code chunk number 27: NGScopy-vignette.Rnw:442-445 ################################################### ## Load the output ## (optional if the previous steps have completed in the same R session) obj$loadme() ################################################### ### code chunk number 28: NGScopy-vignette.Rnw:448-450 ################################################### ## Get the output directory obj$get_outFpre() ################################################### ### code chunk number 29: NGScopy-vignette.Rnw:453-455 ################################################### ## Get the windows head(obj$get_windows()) ################################################### ### code chunk number 30: NGScopy-vignette.Rnw:458-460 ################################################### ## Get the window sizes head(obj$get_size()) ################################################### ### code chunk number 31: NGScopy-vignette.Rnw:463-465 ################################################### ## Get the window positions (midpoints of the windows) head(obj$get_pos()) ################################################### ### code chunk number 32: NGScopy-vignette.Rnw:468-470 ################################################### ## Get the number of reads per window in the normal head(obj$get_depthN()) ################################################### ### code chunk number 33: NGScopy-vignette.Rnw:473-475 ################################################### ## Get the number of reads per window in the tumor head(obj$get_depthT()) ################################################### ### code chunk number 34: NGScopy-vignette.Rnw:478-481 ################################################### ## Get the data.frame of copy number calling data.cn <- obj$get_data.cn() head(data.cn) ################################################### ### code chunk number 35: NGScopy-vignette.Rnw:484-486 ################################################### data.segm <- obj$get_data.segm() head(data.segm) ################################################### ### code chunk number 36: NGScopy-vignette.Rnw:505-507 ################################################### ## A figure will be saved to file `ngscopy_cn.pdf' in the output directory obj$plot_out(ylim=c(-3,3)) # reset `ylim' to NULL to allow full-scale display ################################################### ### code chunk number 37: NGScopy-vignette.Rnw:527-542 ################################################### obj <- NGScopy$new( outFpre="ngscopy-case1b", # specified directory for output inFpathN=tps_N8.chr6()$bamFpath, # normal sample: tps_90.chr6.sort.bam inFpathT=tps_90.chr6()$bamFpath, # tumor sample: tps_N8.chr6.sort.bam libsizeN=5777087, # the library size of the normal sample libsizeT=4624267, # the library size of the tumor sample mindepth=20, # the minimal depth of reads per window minsize=20000, # the minimal size of a window regions=read_regions("chr6 0 171115067"), # the regions, set to NULL for the entire genome segtype="mean.norm", # the type of segmentation dsN=1, # the downsampling factor of the normal dsT=1, # the downsampling factor of the tumor pcThreads=1 # the number of processors for computing ) ################################################### ### code chunk number 38: NGScopy-vignette.Rnw:545-547 ################################################### ## Show the regions obj$get_regions() ################################################### ### code chunk number 39: NGScopy-vignette.Rnw:568-569 ################################################### NGScopy::parse_segmtype() ################################################### ### code chunk number 40: NGScopy-vignette.Rnw:576-577 ################################################### ## NGScopy::help_segmtype("mean.norm") ################################################### ### code chunk number 41: NGScopy-vignette.Rnw:584-586 ################################################### require(NGScopy) obj <- NGScopy$new() ################################################### ### code chunk number 42: NGScopy-vignette.Rnw:589-591 ################################################### ## Set segtype with multiple values obj$set_segmtype("mean.norm,meanvar.norm,mean.cusum,var.css") ################################################### ### code chunk number 43: NGScopy-vignette.Rnw:594-596 ################################################### ## Get segtype obj$get_segmtype() ################################################### ### code chunk number 44: NGScopy-vignette.Rnw:623-625 ################################################### require(NGScopy) require(NGScopyData) ################################################### ### code chunk number 45: NGScopy-vignette.Rnw:628-630 ################################################### ## Create an instance of `NGScopy' class obj <- NGScopy$new(pcThreads=1) ################################################### ### code chunk number 46: NGScopy-vignette.Rnw:633-635 ################################################### ## Set the normal sample obj$set_normal(tps_N8.chr6()$bamFpath) ################################################### ### code chunk number 47: NGScopy-vignette.Rnw:638-641 ################################################### ## Set the regions regions <- read_regions("chr6 41000000 81000000") obj$set_regions(regions) ################################################### ### code chunk number 48: NGScopy-vignette.Rnw:644-646 ################################################### ## Set the library size of the normal obj$set_libsizeN(5777087) ################################################### ### code chunk number 49: NGScopy-vignette.Rnw:649-652 ################################################### ## Specify a directory for output ## It will be saved as "ngscopy_normal.RData" in this directory obj$set_outFpre("ngscopy-case2/tps_N8") ################################################### ### code chunk number 50: NGScopy-vignette.Rnw:655-657 ################################################### ## Show the input obj$show() ################################################### ### code chunk number 51: NGScopy-vignette.Rnw:660-662 ################################################### ## Make windows and count reads in the normal obj$proc_normal() ################################################### ### code chunk number 52: NGScopy-vignette.Rnw:665-667 ################################################### ## Save the output of the normal for later usage obj$save_normal() ################################################### ### code chunk number 53: NGScopy-vignette.Rnw:677-679 ################################################### ## Create an instance of `NGScopy' class obj1 <- NGScopy$new(pcThreads=1) ################################################### ### code chunk number 54: NGScopy-vignette.Rnw:682-684 ################################################### ## Load the previously saved output of the normal obj1$load_normal("ngscopy-case2/tps_N8") ################################################### ### code chunk number 55: NGScopy-vignette.Rnw:687-690 ################################################### ## Set a tumor sample (ID: tps_90) and specify a directory for output obj1$set_tumor(tps_90.chr6()$bamFpath) obj1$set_outFpre("ngscopy-case2/tps_90") ################################################### ### code chunk number 56: NGScopy-vignette.Rnw:693-695 ################################################### ## Set the library size of the tumor obj1$set_libsizeT(4624267) ################################################### ### code chunk number 57: NGScopy-vignette.Rnw:698-700 ################################################### ## Show the input obj1$show() ################################################### ### code chunk number 58: NGScopy-vignette.Rnw:703-705 ################################################### ## Process the tumor obj1$proc_tumor() ################################################### ### code chunk number 59: NGScopy-vignette.Rnw:708-710 ################################################### ## Process the copy number obj1$proc_cn() ################################################### ### code chunk number 60: NGScopy-vignette.Rnw:713-715 ################################################### ## Process the segmentation obj1$proc_segm() ################################################### ### code chunk number 61: NGScopy-vignette.Rnw:718-720 ################################################### ## Plot obj1$plot_out(ylim=c(-3,3)) ################################################### ### code chunk number 62: NGScopy-vignette.Rnw:732-734 ################################################### ## Create another instance of `NGScopy' class obj2 <- NGScopy$new(pcThreads=1) ################################################### ### code chunk number 63: NGScopy-vignette.Rnw:737-739 ################################################### ## Load the previously saved output of the normal obj2$load_normal("ngscopy-case2/tps_N8") ################################################### ### code chunk number 64: NGScopy-vignette.Rnw:742-745 ################################################### ## Set a tumor sample (ID: tps_27) and specify a directory for output obj2$set_tumor(tps_27.chr6()$bamFpath) obj2$set_outFpre("ngscopy-case2/tps_27") ################################################### ### code chunk number 65: NGScopy-vignette.Rnw:748-750 ################################################### ## Set the library size of the tumor obj2$set_libsizeT(10220498) ################################################### ### code chunk number 66: NGScopy-vignette.Rnw:753-755 ################################################### ## Show the input obj2$show() ################################################### ### code chunk number 67: NGScopy-vignette.Rnw:758-760 ################################################### ## Process the tumor obj2$proc_tumor() ################################################### ### code chunk number 68: NGScopy-vignette.Rnw:763-765 ################################################### ## Process the copy number obj2$proc_cn() ################################################### ### code chunk number 69: NGScopy-vignette.Rnw:768-770 ################################################### ## Process the segmentation obj2$proc_segm() ################################################### ### code chunk number 70: NGScopy-vignette.Rnw:773-775 ################################################### ## Plot obj2$plot_out(ylim=c(-3,3)) ################################################### ### code chunk number 71: NGScopy-vignette.Rnw:802-804 ################################################### ## Create a new instance of `NGScopy' class obj <- NGScopy$new(pcThreads=1) ################################################### ### code chunk number 72: NGScopy-vignette.Rnw:807-809 ################################################### ## Set the normal sample obj$set_normal(tps_N8.chr6()$bamFpath) ################################################### ### code chunk number 73: NGScopy-vignette.Rnw:812-814 ################################################### ## Read the regions from an external file regions <- Xmisc::get_extdata('NGScopy','hg19_chr6_0_171115067.txt') ################################################### ### code chunk number 74: NGScopy-vignette.Rnw:817-819 ################################################### ## ## Or from a text input as we did before ## regions <- read_regions("chr6 0 171115067") ################################################### ### code chunk number 75: NGScopy-vignette.Rnw:822-824 ################################################### ## Set the regions obj$set_regions(regions) ################################################### ### code chunk number 76: NGScopy-vignette.Rnw:827-829 ################################################### ## Show the regions obj$get_regions() ################################################### ### code chunk number 77: NGScopy-vignette.Rnw:862-863 ################################################### system.file('bin', 'ngscopy', package='NGScopy', mustWork=TRUE) ################################################### ### code chunk number 78: NGScopy-vignette.Rnw:866-868 ################################################### ## Or, Xmisc::get_executable('NGScopy')