### R code from vignette source 'traseR.Rnw'

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### code chunk number 1: style
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    BiocStyle::latex(use.unsrturl=FALSE)


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### code chunk number 2: traseR.Rnw:112-114 (eval = FALSE)
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## x=traseR(snpdb=taSNPDB,region=Tcell)
## print(x)


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### code chunk number 3: traseR.Rnw:117-118 (eval = FALSE)
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## x=traseR(snpdb=taSNPLDDB,region=Tcell)


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### code chunk number 4: traseR.Rnw:135-140
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library(traseR)
data(taSNPDB)
data(Tcell)
x=traseR(taSNPDB,Tcell)
print(x)


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### code chunk number 5: traseR.Rnw:146-147
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plotContext(snpdb=taSNPDB,region=Tcell,keyword="Autoimmune")


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### code chunk number 6: traseR.Rnw:157-158
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plotPvalue(snpdb=taSNPDB,region=Tcell,keyword="autoimmune",plot.type="densityplot")


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### code chunk number 7: traseR.Rnw:168-169
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plotInterval(snpdb=taSNPDB,data.frame(chr="chrX",start=152633780,end=152737085))


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### code chunk number 8: traseR.Rnw:179-181
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x=queryKeyword(snpdb=taSNPDB,region=Tcell,keyword="autoimmune",returnby="SNP")
head(x)


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### code chunk number 9: traseR.Rnw:186-188
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x=queryGene(snpdb=taSNPDB,genes=c("AGRN","UBE2J2","SSU72"))
x


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### code chunk number 10: traseR.Rnw:193-195
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x=querySNP(snpdb=taSNPDB,snpid=c("rs3766178","rs880051"))
x


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### code chunk number 11: traseR.Rnw:204-205
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sessionInfo()