### R code from vignette source 'pwOmics.Rnw'
### Encoding: UTF-8

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### code chunk number 1: mychunk1
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library(pwOmics)
library(AnnotationHub)
ah = AnnotationHub()
#pathway databases
pw = query(ah, "NIH Pathway Interaction Database")
pw[1]
#TF-target databases
chea = query(ah, "ChEA")
chea[1]
pazar = query(ah, "Pazar")
pazar[1]


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### code chunk number 2: mychunk2
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data(OmicsExampleData)
OmicsExampleData


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### code chunk number 3: mychunk3
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head(OmicsExampleData$P[[2]][[1]])


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### code chunk number 4: mychunk4
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data_omics = readOmics(tp_prots = c(0.25, 1, 4, 8, 13, 18, 24), 
                       tp_genes = c(1, 4, 8, 13, 18, 24), 
                       OmicsExampleData,
                       PWdatabase = c("biocarta", "kegg", "nci",
                                      "reactome"),
                       TFtargetdatabase = c("chea", "pazar"))


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### code chunk number 5: mychunk5 (eval = FALSE)
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## getOmicsTimepoints(data_omics)
## head(getOmicsallProteinIDs(data_omics))
## head(getOmicsallGeneIDs(data_omics))
## head(getOmicsDataset(data_omics, writeData = FALSE)[[1]])