### R code from vignette source 'ChAMP.Rnw'

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### code chunk number 1: InstallLibraries (eval = FALSE)
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## source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
## biocLite(c('minfi', 'DNAcopy', 'impute', 'marray', 'limma', 'preprocessCore', 
## 'RPMM', 'sva', 'IlluminaHumanMethylation450kmanifest','wateRmelon'))


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### code chunk number 2: loadChAMPLibrary
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library(ChAMP)


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### code chunk number 3: loadTest
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testDir=system.file("extdata",package="ChAMPdata")


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### code chunk number 4: loadTest2
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data(testDataSet)
myLoad=testDataSet


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### code chunk number 5: processFunctionIDAT (eval = FALSE)
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## champ.process(directory = testDir)


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### code chunk number 6: processSAVE (eval = FALSE)
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## save(myLoad,file="currentStudyloadedData.RData")
## load("currentStudyloadedData.RData")
## champ.process(fromIDAT=FALSE)


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### code chunk number 7: processSTEPbySTEP (eval = FALSE)
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## myLoad=champ.load(directory = testDir)
## myNorm=champ.norm()
## champ.SVD()
## batchNorm=champ.runCombat()
## limma=champ.MVP()
## lasso=champ.lasso(fromFile =TRUE, limma=limma)
## champ.CNA()


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### code chunk number 8: SampleSheet
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myLoad$pd


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### code chunk number 9: combatFunction (eval = FALSE)
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## myLoad=champ.load(directory = testDir, filterBeads=TRUE)


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### code chunk number 10: loadFunction
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myLoad = champ.load(directory=testDir)


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### code chunk number 11: normFunction
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myNorm=champ.norm()


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### code chunk number 12: svdFunction
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champ.SVD()


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### code chunk number 13: combatFunction (eval = FALSE)
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## batchNorm=champ.runCombat()


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### code chunk number 14: mvpFunction (eval = FALSE)
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## limma=champ.MVP()
## head(limma)


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### code chunk number 15: lassoFunction (eval = FALSE)
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## lasso=champ.lasso(fromFile=TRUE, limma=limma, image=FALSE,bedFile=FALSE)
## if(!is.null(lasso))
## {
## head(lasso)
## }


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### code chunk number 16: cnaFunction (eval = FALSE)
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## CNA=champ.CNA()