### R code from vignette source 'DExMA.Rnw'

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### code chunk number 1: style-Sweave
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BiocStyle::latex()


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### code chunk number 2: DExMA.Rnw:48-50
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library(DExMA)
data("DExMAExampleData")


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### code chunk number 3: DExMA.Rnw:83-91
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#List of expression matrices
data("DExMAExampleData")
ls(listMatrixEX)
head(listMatrixEX$Study1)

#List of ExpressionSets
ls(listExpressionSets)
listExpressionSets$Study1


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### code chunk number 4: DExMA.Rnw:96-100
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data("DExMAExampleData")
#Example of a phenodata object
ls(listPhenodatas)
listPhenodatas$Study1


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### code chunk number 5: DExMA.Rnw:115-116
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listPhenodatas$Study1


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### code chunk number 6: DExMA.Rnw:122-123
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listPhenodatas$Study2


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### code chunk number 7: DExMA.Rnw:128-129
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listPhenodatas$Study3


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### code chunk number 8: DExMA.Rnw:136-137
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listPhenodatas$Study4


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### code chunk number 9: DExMA.Rnw:144-149
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phenoGroups = c("condition", "condition", "state", "state")
phenoCases = list(Study1 = "Diseased", Study2 = c("Diseased", "ill"),
                    Study3 = "Diseased", Study4 = "ill")
phenoControls = list(Study1 = "Healthy", Study2 = c("Healthy", "control"),
                    Study3 = "Healthy", Study4 = "control")


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### code chunk number 10: DExMA.Rnw:154-165
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newObjectMA <- createObjectMA(listEX=listMatrixEX,
                                listPheno = listPhenodatas,
                                namePheno=phenoGroups,
                                expGroups=phenoCases, 
                                refGroups = phenoControls)
#Study 1
head(newObjectMA[[1]][[1]])
newObjectMA[[1]][[2]]
#Study 2
head(newObjectMA[[2]][[1]])
newObjectMA[[2]][[2]]


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### code chunk number 11: DExMA.Rnw:187-191
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data("DExMAExampleData")
ExpressionSetStudy5
library(Biobase)
pData(ExpressionSetStudy5)


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### code chunk number 12: DExMA.Rnw:196-202
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newElem <-elementObjectMA(expressionMatrix = ExpressionSetStudy5,
                            groupPheno = "condition",
                            expGroup = c("Diseased", "ill"),
                            refGroup = c("Healthy", "control"))
head(newElem[[1]])
head(newElem[[2]])


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### code chunk number 13: DExMA.Rnw:209-213
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newObjectMA2 <- newObjectMA
newObjectMA2[[5]] <- newElem
head(newObjectMA2[[5]][[1]])
newObjectMA2[[5]][[2]]


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### code chunk number 14: DExMA.Rnw:254-258
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rownames(newObjectMA$Study1$mExpres)[1:20]
rownames(newObjectMA$Study2$mExpres)[1:20]
rownames(newObjectMA$Study3$mExpres)[1:20]
rownames(newObjectMA$Study4$mExpres)[1:20]


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### code chunk number 15: DExMA.Rnw:264-266
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head(avaliableIDs)
avaliableOrganism


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### code chunk number 16: DExMA.Rnw:271-272
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annotations <-  c("Entrez","Entrez", "GeneSymbol", "GeneSymbol")


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### code chunk number 17: DExMA.Rnw:280-286
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newObjectMA <- allSameID(newObjectMA, initialIDs = annotations,
                            finalID="GeneSymbol", organism = "Homo sapiens")
rownames(newObjectMA$Study1$mExpres)[1:20]
rownames(newObjectMA$Study2$mExpres)[1:20]
rownames(newObjectMA$Study3$mExpres)[1:20]
rownames(newObjectMA$Study4$mExpres)[1:20]


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### code chunk number 18: DExMA.Rnw:296-298
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newObjectMA <- dataLog(newObjectMA)
head(newObjectMA[[1]][[1]])


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### code chunk number 19: DExMA.Rnw:312-313
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heterogeneityTest(newObjectMA)


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### code chunk number 20: DExMA.Rnw:339-341
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resultsMA <- metaAnalysisDE(newObjectMA, typeMethod="REM",
                            missAllow=0.3, proportionData=0.75)


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### code chunk number 21: DExMA.Rnw:346-347
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head(resultsMA)


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### code chunk number 22: DExMA.Rnw:367-369
###################################################
resultsES <- metaAnalysisDE(newObjectMA, typeMethod="REM", proportionData=0.5)
head(resultsES)


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### code chunk number 23: DExMA.Rnw:385-387
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resultsPV <- metaAnalysisDE(newObjectMA, typeMethod="maxP", proportionData=0.5)
head(resultsPV)


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### code chunk number 24: DExMA.Rnw:413-415
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makeHeatmap(objectMA=newObjectMA, resMA=resultsMA, scaling = "zscor", 
            regulation = "all", typeMethod="REM", numSig=40)


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### code chunk number 25: DExMA.Rnw:431-433 (eval = FALSE)
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## GEOobjects<- c("GSE4588", "GSE10325")
## dataGEO<-downloadGEOData(GEOobjects)


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### code chunk number 26: DExMA.Rnw:450-451
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seeCov(listMatrixEX$Study2, listPhenodatas$Study2)


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### code chunk number 27: DExMA.Rnw:456-460
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listMatrixEX$Study2 <- batchRemove(listMatrixEX$Study2, listPhenodatas$Study2, 
                                    formula=~gender+race, 
                                    mainCov = "race", nameGroup="condition")
head(listMatrixEX$Study2)


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### code chunk number 28: DExMA.Rnw:468-471
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effects <- calculateES(newObjectMA)
head(effects$ES)
head(effects$Var)


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### code chunk number 29: DExMA.Rnw:478-481
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pvalues <- pvalueIndAnalysis(newObjectMA)
head(pvalues$p)
head(pvalues$FC)


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### code chunk number 30: DExMA.Rnw:486-487
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sessionInfo()