### R code from vignette source 'vignettes/genomes/inst/doc/genome-tables.Rnw'

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### code chunk number 1: setup
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library(genomes)
options(warn=-1, width=75, digits=2, scipen=3,  "prompt" = "R> ", "continue" = " ")
options(SweaveHooks=list(fig=function() par(mar=c(5,4.2,1,1))))


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### code chunk number 2: proks
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data(proks)
proks
summary(proks)
plot(proks, log='y', las=1)



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### code chunk number 3: update (eval = FALSE)
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## update(proks)


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### code chunk number 4: table2
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spp<-species(proks$name)
table2(spp)


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### code chunk number 5: yersinia
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## Yersinia pestis
yp<-subset(proks, name %like% 'Yersinia pestis*' & year(released)<2012 )
plotby(yp, labels=TRUE, cex=.5, lbty='n', curdate=FALSE)