See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2024-09-03 04:41:34 -0400 (Tue, 03 Sep 2024).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 75

1BiocVersion (60005)
2GenomeInfoDb (58312)
3BiocGenerics (57035)
4S4Vectors (56916)
5zlibbioc (53113)
6IRanges (52515)
7XVector (49077)
8Biobase (48556)
9Biostrings (47371)
10GenomicRanges (44170)
11DelayedArray (42402)
12BiocParallel (41850)
13MatrixGenerics (39945)
14SummarizedExperiment (39016)
15S4Arrays (38743)
16KEGGREST (37033)
17AnnotationDbi (36480)
18SparseArray (33037)
19limma (32383)
20BiocFileCache (26537)
21Rhtslib (25065)
22Rhdf5lib (24393)
23GenomicAlignments (24379)
24Rsamtools (23929)
25biomaRt (23711)
26edgeR (23470)
27DESeq2 (21745)
28rtracklayer (21641)
29ggtree (20908)
30GenomicFeatures (20236)
31rhdf5 (20040)
32treeio (20024)
33BiocIO (19983)
34rhdf5filters (19397)
35graph (18943)
36clusterProfiler (18700)
37DOSE (18340)
38annotate (18029)
39enrichplot (17867)
40qvalue (17557)
41GOSemSim (17389)
42fgsea (17202)
43BSgenome (16702)
44DelayedMatrixStats (16287)
45beachmat (15753)
46sparseMatrixStats (15611)
47SingleCellExperiment (15346)
48ComplexHeatmap (14800)
49preprocessCore (14253)
50HDF5Array (13799)
51genefilter (12720)
52multtest (12651)
53BiocSingular (12457)
54VariantAnnotation (12351)
55ScaledMatrix (12301)
56ProtGenerics (11977)
57AnnotationHub (11715)
58UCSC.utils (11677)
59AnnotationFilter (10993)
60BiocNeighbors (10757)
61impute (10628)
62ensembldb (10209)
63Rgraphviz (9918)
64scuttle (9816)
65RBGL (9505)
66GEOquery (9483)
67interactiveDisplayBase (8971)
68GSEABase (8971)
69affyio (8354)
70affy (8310)
71ExperimentHub (7619)
72sva (7400)
73scater (7196)
74GSVA (6453)
75ShortRead (6338)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

0

00TABLE (1)

1

1imma (1)

5

54vectors (1)

A

a4 (95)
a4Base (161)
a4Classif (125)
a4Core (175)
a4Preproc (183)
a4Reporting (123)
aads.rnai (1)
ABAData (1)
ABAEnrichment (15)
abaenrichment (0)
ABarray (93)
abc (1)
abc.data (1)
abe (0)
abif (1)
abind (2)
abseqR (63)
ABSOLUTE (0)
ABSSeq (126)
acde (71)
ACE (94)
ace.fma (1)
acepack (2)
aCGH (226)
ACME (98)
ACTIONet (1)
ActivePathways (1)
actuar (1)
ada (1)
adabag (1)
ADaCGH2 (84)
ADAM (170)
ADAMgui (99)
adaptest (7)
AdaptGauss (1)
adductData (1)
adductomicsR (62)
ade4 (4)
adegenet (1)
adegraphics (1)
adehabitat (1)
adephylo (1)
ADGofTest (1)
ADImpute (75)
aditools (1)
adjustedCurves (1)
admiral (2)
admiral.test (1)
admiraldev (1)
admisc (14)
admixtools (0)
ADMM (1)
adSplit (83)
adverSCarial (41)
AER (1)
afex (1)
affio (0)
AffiXcan (61)
affxparser (1630)
affy (8310)
affycomp (104)
AffyCompatible (33)
affyContam (129)
affycoretools (400)
affydata (3)
AffyExpress (23)
affyILM (90)
affyio (8354)
affylmGUI (100)
affyPara (25)
affypdnn (23)
affyPLM (1132)
affyplm (0)
affyQCReport (29)
AffyRNADegradation (71)
AffyTiling (15)
AGDEX (74)
aggregateBioVar (75)
aggregation (0)
AGHmatrix (0)
Agi4x44PreProcess (8)
agilp (99)
AgiMicroRna (143)
agricolae (9)
AHMassBank (55)
AICcmodavg (1)
aigoraFitMini (1)
AIMS (421)
AIPW (1)
airpart (68)
airr (1)
airway (1)
akima (1)
alabama (1)
alabaster (52)
alabaster.base (1312)
alabaster.bumpy (92)
alabaster.files (45)
alabaster.mae (96)
alabaster.matrix (1286)
alabaster.ranges (1251)
alabaster.sce (474)
alabaster.schemas (1147)
alabaster.se (1190)
alabaster.spatial (91)
alabaster.string (107)
alabaster.vcf (99)
alakazam (1)
ald (0)
ALDEx2 (1197)
aldvmm (1)
alembic (0)
alevinQC (87)
AlgDesign (3)
alkahest.generic (0)
ALL (11)
AllelicImbalance (108)
alluvial (1)
almanac (0)
AlphaBeta (58)
alphahull (1)
AlphaMissenseR (29)
alphashape3d (1)
alphavantager (1)
alpine (37)
ALPS (6)
AlpsNMR (70)
alr3 (1)
alr4 (1)
alsace (18)
altair (1)
altcdfenvs (128)
amap (1)
AMARETTO (170)
ambient (1)
Amelia (1)
AmesHousing (1)
amgen.okta.client (1)
amgsafetyvis (1)
amlogger (1)
AMOUNTAIN (100)
amplican (90)
ampliQueso (15)
AnalysisPageServer (11)
anamiR (9)
Anaquin (62)
ANCOMBC (1242)
AneuFinder (94)
aneufinder (1)
AneuFinderData (0)
aneufinderdata (1)
ANF (57)
angrycell (1)
animalcules (173)
animation (2)
annaffy (277)
AnnBuilder (5)
annbuilder (0)
anndata (1)
annmap (119)
AnnoProbe (1)
annotate (18029)
annotation (0)
AnnotationDbi (36480)
annotationdbi (1)
AnnotationFilter (10993)
AnnotationForge (2321)
AnnotationFuncs (24)
AnnotationHub (11715)
annotationhub (1)
AnnotationHubData (371)
annotationTools (136)
annotatr (480)
anota (95)
anota2seq (83)
anRichment (0)
anticlust (1)
antiProfiles (71)
AnVIL (566)
AnVILAz (4)
AnVILBase (9)
AnVILBilling (54)
AnVILGCP (3)
AnVILPublish (63)
AnVILWorkflow (47)
anytime (6)
aod (2)
APAlyzer (76)
apcluster (1)
apComplex (78)
APCtools (1)
ape (43)
apeglm (3567)
apexcharter (1)
APL (171)
apLCMS (1)
aplot (50)
appgen (1)
applera (2)
appreci8R (97)
aqp (1)
archive (1)
ArchR (0)
argparse (12)
argparser (1)
argus.DS.Credentials (3)
argusDS.apc.utils (3)
argusDS.backtesting.engine (3)
argusDS.data (3)
argusDS.data.engineering (1)
argusDS.data.preparation (2)
argusDS.data.preparation2 (4)
argusDS.data.visualisation (1)
argusDS.database (2)
argusDS.DataValidation (1)
argusDS.DB.manager.utilities (2)
argusDS.distributions (1)
argusDS.driver.importance (3)
argusDS.FCUtilities (2)
argusDS.FZ.SourceData (1)
argusDS.FZ.utils (1)
argusDS.gamboostLSS (1)
argusDS.gamlss.distributions (1)
argusDS.gamlss.forecast (3)
argusDS.gamlss.modelling (3)
argusDS.gamlss.smoothers (1)
argusDS.gamlss.testing (3)
argusDS.gamlss.utils (2)
argusDS.GlobalSettings (1)
argusDS.model.testing (1)
argusDS.model.tools (3)
argusDS.model.validation (1)
argusDS.modeldb (1)
argusDS.possibility.curves.daily (1)
argusDS.PossibilityCurves.db.utils (2)
argusDS.PossibilityCurves.utils (1)
argusDS.S3 (1)
argusDS.shiny.utils (2)
argusDS.signal.dataprep (1)
argusDS.smoothers (1)
argusDS.spread.trading.utils (3)
argusDS.Studio.APC (1)
argusDS.Studio.FC (1)
argusDS.studio.ml (1)
argusDS.studio.model.utils (1)
argusDS.Studio.MyStudio (2)
argusDS.Studio.permissions (2)
argusDS.Studio.utils (3)
argusDS.tabulator (2)
argusDS.trading.optimization (1)
argusDS.trading.performance (2)
argusDS.TradingSignals (1)
argusDS.UI (2)
argusDS.utilities (1)
aricode (1)
arm (4)
aroma.affymetrix (8)
aroma.apd (9)
aroma.core (9)
aroma.light (2004)
ArrayExpress (444)
arrayexpress (1)
ArrayExpressHTS (24)
arrayhelpers (1)
arrayMagic (4)
arrayMvout (74)
arrayop (1)
arrayQCplot (2)
arrayQuality (139)
arrayQualityMetrics (485)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (26)
ArrayTV (21)
ARRmData (1)
ARRmNormalization (72)
arrow (21)
arsenal (2)
artMS (84)
arules (3)
ArvadosR (1)
ASAFE (59)
ASCAT (0)
ascii (1)
asciicast (1)
ASEB (71)
ASExtras4 (0)
AsgntDAMacro (1)
ASGSCA (66)
ash (6)
ashr (2)
asht (1)
ASICS (94)
AsioHeaders (5)
askpass (180)
ASMap (1)
asmn (5)
asnipe (0)
ASpediaFI (9)
ASpli (108)
asremlPlus (0)
assert (1)
assertive (1)
assertive.base (1)
assertive.code (1)
assertive.data (1)
assertive.data.uk (1)
assertive.data.us (1)
assertive.datetimes (1)
assertive.files (1)
assertive.matrices (1)
assertive.models (1)
assertive.numbers (1)
assertive.properties (10)
assertive.reflection (1)
assertive.sets (1)
assertive.strings (1)
assertive.types (11)
assertr (2)
assertthat (2)
AssessORF (114)
ASSET (114)
ASSIGN (123)
AssotesteR (0)
astsa (1)
ASURAT (66)
ATACCoGAPS (49)
ATACseqQC (376)
ATACseqTFEA (66)
ATE (1)
atena (113)
AtlasRDF (11)
ATR (1)
atSNP (82)
attachment (3)
attempt (1)
attract (86)
AUC (1)
AUCell (2348)
audio (1)
audited (1)
auth0 (1)
autonomics (57)
Autotuner (8)
av (1)
ava2 (1)
AWFisher (65)
aws (1)
aws.ec2metadata (1)
aws.s3 (6)
aws.signature (6)
awsMethods (1)
awst (54)
azcore (1)
Azimuth (0)
AzureAuth (1)
AzureGraph (5)
AzureRMR (6)
AzureStor (1)

B

b64 (1)
BaalChIP (66)
babelgene (6)
babelmixr2 (1)
babelwhale (0)
babynames (1)
BAC (22)
backports (91)
bacon (111)
bacr (0)
BADER (71)
badger (0)
badminton (1)
BadRegionFinder (64)
BAGS (77)
baguette (1)
bain (1)
BalancedSampling (0)
ballgown (662)
bambu (281)
bamsignals (1079)
BANDITS (117)
bandle (62)
Banksy (60)
banocc (85)
barcodetrackR (58)
BART (1)
bartMachine (1)
bartMachineJARs (1)
base (1)
base2grob (1)
base64 (3)
base64enc (2)
base64url (1)
basecallQC (72)
basefun (1)
basemaps (1)
BaseSpaceR (73)
Basic4Cseq (75)
BASiCS (165)
BASiCStan (87)
BasicSTARRseq (63)
basilisk (4228)
basilisk.utils (3890)
batchelor (3949)
BatchJobs (1)
BatchQC (110)
batchtools (1)
battenberg (1)
BayesFactor (2)
BayesFM (1)
BayesianTools (0)
BayesKnockdown (61)
bayesm (9)
bayesmeta (1)
BayesPeak (23)
bayespeak (0)
BayesPen (0)
bayesplot (12)
BayesPostEst (1)
bayesQR (1)
BayesSpace (241)
bayestestR (9)
BayesX (1)
bayNorm (87)
baySeq (463)
bayseq (1)
BB (1)
BBCAnalyzer (65)
BBmisc (1)
bbmle (13)
bbotk (1)
bbr (1)
bbr.bayes (1)
bccaEndometrial (1)
BCEE (0)
bcellViper (1)
bcp (1)
BCRANK (82)
bcSeq (65)
BDgraph (0)
BDMMAcorrect (31)
bdsmatrix (13)
BE (1)
beachmat (15753)
beachmat.hdf5 (78)
beadarray (732)
beadarraySNP (53)
BeadDataPackR (640)
BeadExplorer (3)
beanplot (1)
BEARscc (60)
BEAT (69)
beaver (1)
BEclear (77)
bedr (0)
beepr (1)
beer (60)
beeswarm (1)
bench (1)
benchdamic (85)
benchmarkme (1)
benchmarkmeData (1)
benchr (1)
BentoBox (0)
berryFunctions (1)
BERT (23)
Bessel (1)
bestglm (1)
bestNormalize (2)
betaHMM (22)
betareg (1)
betr (16)
bettermc (1)
bettr (20)
BeviMed (0)
bezier (1)
BFpack (1)
BG2 (53)
bgafun (19)
BgeeCall (50)
BgeeDB (134)
BGLR (1)
BGmix (22)
bgs.hephaistos (1)
bgs.hermes (1)
bgx (77)
BH (212)
BHC (85)
BIApylon (1)
BiasedUrn (14)
BIAutils (1)
bib2df (1)
bibtex (2)
BicARE (143)
biclust (0)
BIEN (1)
bife (1)
BiFET (63)
biganalytics (0)
bigassertr (1)
bigD (1)
bigdist (0)
BiGGR (75)
BIGL (1)
biglasso (1)
biglm (2)
biglmm (1)
bigmelon (71)
bigmemory (2)
bigmemory.sri (2)
bigmemoryExtras (19)
bigparallelr (1)
bigPint (24)
bigreadr (0)
bigrquery (15)
bigsnpr (0)
bigsparser (0)
bigstatsr (1)
bigutils (0)
bigutilsr (1)
billboarder (10)
bim (2)
BiMax (0)
binb (1)
BindingSiteFinder (63)
bindr (1)
bindrcpp (1)
binGroup (1)
binman (2)
binom (1)
binr (0)
bio3d (4)
bioassayR (81)
biobank (1)
Biobase (48556)
biobase (1)
BioBase (1)
biobroom (211)
biobtreeR (53)
bioc::GenomeInfoDbData (0)
bioCancer (79)
BioCartaImage (42)
BiocBaseUtils (6209)
BiocBook (53)
BiocBookDemo (3)
BiocCaseStudies (23)
BiocCheck (1649)
biocDatasets (4)
BiocDockerManager (13)
BiocFHIR (51)
BiocFileCache (26537)
BiocFileCaches (1)
BiocGenerics (57035)
BioCGenerics (0)
biocGraph (218)
BiocHail (39)
BiocHubsShiny (84)
BiocInstaller (381)
biocinstaller (2)
BiocInstallerf (0)
BiocIO (19983)
BiocManager (285)
biocmanager (1)
BiocNeighbors (10757)
biocneighbors (1)
BiocOncoTK (80)
Bioconductor (1)
bioconductor (1)
bioconductor-geomxtools (0)
BioCor (84)
BiocParallel (41850)
BiocPkgTools (154)
biocroxytest (31)
BiocSet (290)
BiocSingular (12457)
BiocSklearn (76)
BiocStyle (6243)
biocthis (248)
BiocVersion (60005)
Biocversion (1)
biocversion (1)
biocViews (4337)
BiocWorkflowTools (176)
biodb (191)
biodbChebi (88)
biodbExpasy (53)
biodbHmdb (67)
biodbKegg (71)
biodbLipidmaps (42)
biodbMirbase (27)
biodbNcbi (54)
biodbNci (62)
biodbUniprot (53)
bioDist (263)
BiodiversityR (1)
BioGA (2)
Biogenerics (1)
BioGenerics (1)
biom (0)
biomanager (1)
biomaRt (23711)
biomart (0)
biomartr (1)
BioMedR (4)
biomformat (5590)
BioMM (15)
biomod2 (1)
BioMVCClass (71)
biomvRCNS (72)
BioNAR (70)
BioNERO (308)
BioNet (284)
BioNetStat (84)
BioPlex (5)
BioQC (125)
BioSeqClass (22)
biosigner (98)
biostat3 (1)
biostatR (0)
biostatUtil (0)
Biostring (1)
Biostrings (47371)
biostrings (1)
biosvd (19)
BioTIP (77)
biotmle (64)
biotools (1)
BioVersion (1)
biovizBase (5510)
BiplotML (1)
BiRewire (130)
birta (22)
birte (9)
biscuiteer (73)
biscuiteerData (1)
BiSeq (151)
bit (55)
bit64 (11)
bitops (31)
BitSeq (28)
bizdays (2)
bkbutils (1)
blacksheepr (71)
bladderbatch (1)
BlakerCI (1)
blastula (1)
blavaan (1)
blima (64)
BLMA (76)
blme (6)
blob (75)
blockcluster (1)
blockCV (1)
blockForest (1)
blockmodeling (1)
blogdown (0)
BloodGen3Module (155)
bluster (5373)
BlythStillCasellaCI (1)
BMA (1)
bmcite.SeuratData (1)
BMisc (1)
BMix (1)
bmp (1)
bmspal (1)
bnbc (174)
bnem (65)
bnlearn (2)
BOBaFIT (61)
BOIN (1)
bold (1)
bookdown (37)
Boom (1)
boomer (1)
BoomSpikeSlab (1)
boot (66)
bootstrap (1)
borealis (58)
Boruta (0)
botor (0)
box (11)
box.linters (1)
BPCells (1)
bpcp (1)
BPRMeth (104)
BPSC (1)
bRacatus (1)
BradleyTerry2 (1)
BRAIN (125)
brainflowprobes (46)
brainImageR (3)
BrainSABER (10)
BrainStars (20)
branchpointer (86)
brave (1)
breakpointR (65)
breakpointRdata (1)
brendaDb (57)
brew (65)
BREW3R.r (19)
BRGenomics (131)
brglm (1)
brglm2 (1)
bricks (0)
brickster (0)
bridge (23)
BridgeDbR (83)
bridgedist (0)
bridgesampling (1)
brio (134)
brms (1)
brmsmargins (1)
broadSeq (4)
Brobdingnag (1)
broman (1)
broom (104)
broom.helpers (10)
broom.mixed (1)
broomExtra (1)
BrowserViz (174)
BrowserVizDemo (4)
bs4Dash (11)
BSgenome (16702)
bsgenome (0)
BSGenome (0)
BSgenome.Celegans.UCSC.ce2 (1)
BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam3 (6)
BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3 (1)
BSgenome.Drerio.UCSC.danRer11 (1)
BSgenome.Ggallus.ENSEMBL.galGal6 (0)
BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5 (1)
BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38 (1)
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 (7)
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38 (12)
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38.dbSNP151.major (1)
BSgenome.Mmul10.SIVmac251 (1)
BSgenome.Mmulatta.NCBI.mmul10.tmp (0)
BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10 (7)
BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm39 (0)
BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9 (0)
BSgenome.Oaries.ENSEMBL.RambV2 (1)
BSgenome.Omela.CUSTOM.oenMel1.1 (0)
BSgenome.Sscrofa.UCSC.susScr3 (1)
BSgenomeForge (126)
BSgenomes (1)
bsicons (3)
bslib (337)
bsplus (1)
bsseq (1469)
bst (0)
bsts (1)
btergm (1)
BubbleTree (79)
BuenColors (1)
BufferedMatrix (100)
BufferedMatrixMethods (71)
bugsigdbr (161)
BUMHMM (86)
bumphunter (2833)
BumpyMatrix (556)
BUS (67)
BUScorrect (57)
BUSpaRse (210)
BUSseq (58)
butcher (3)
bvls (1)
BWStest (2)

C

C50 (1)
ca (5)
CAbiNet (1)
cache (1)
cachem (253)
CaDrA (41)
CAEN (48)
CAFE (81)
CAGEfightR (218)
cageminer (65)
CAGEr (185)
cAIC4 (1)
Cairo (14)
CALIB (24)
calib (0)
calibrate (1)
callr (220)
callthat (0)
calm (47)
CAM (1)
CAMERA (506)
campsis (1)
campsismod (1)
CAMTHC (5)
CaMutQC (20)
canceR (100)
cancerclass (155)
CancerInSilico (21)
CancerMutationAnalysis (22)
CancerSubtypes (90)
CAnD (14)
candisc (1)
canvasXpress (1)
caOmicsV (10)
caper (1)
capsidr (1)
capushe (1)
car (30)
carData (3)
cardelino (66)
Cardinal (191)
CardinalIO (153)
caret (26)
caretEnsemble (8)
CARNIVAL (146)
carrier (1)
CARTools (1)
casebase (1)
casper (70)
castor (2)
CATALYST (558)
catboost (1)
catdata (1)
Category (1876)
category (1)
categoryCompare (82)
caTools (5)
CATT (0)
causaldata (1)
CausalGPS (1)
CausalR (68)
cba (1)
cbaf (68)
CBDD (1)
CBEA (121)
cBioPortalData (436)
CBNplot (143)
cbpManager (56)
CBPS (1)
ccaPP (1)
ccdata (10)
ccdrAlgorithm (1)
ccDSM (1)
ccfindR (96)
ccImpute (55)
ccmap (84)
CCPlotR (57)
CCPROMISE (68)
ccrepe (107)
ccube (0)
CDI (40)
cdip.datastore (1)
CDr (0)
celaref (75)
celda (731)
CellaRepertorium (45)
CellBarcode (69)
cellbaseR (84)
CellBench (131)
CellChat (1)
celldex (3)
cellGrowth (18)
cellHTS (16)
cellHTS2 (228)
CelliD (243)
cellity (69)
CellMapper (69)
cellmigRation (51)
CellMixS (81)
CellNOptR (197)
cellnoptr (0)
cellranger (1)
cellscape (54)
CellScore (59)
CellTrails (61)
cellTree (17)
cellxgene.census (1)
cellxgenedp (98)
cem (1)
CEMiTool (142)
censcyt (60)
censored (1)
censReg (1)
Cepo (199)
ceRNAnetsim (51)
CeTF (86)
CexoR (73)
CFAssay (56)
cfdnakit (54)
cfDNAPro (75)
cfTools (51)
cgam (1)
cgdsr (0)
CGEN (70)
CGHbase (436)
CGHcall (398)
cghFLasso (0)
cghMCR (80)
CGHnormaliter (78)
CGHregions (94)
ChAMP (613)
chAMP (1)
ChAMPdata (1)
changepoint (1)
chanmetab (1)
CHARGE (8)
charm (24)
checkmate (216)
checkr (1)
ChemmineOB (318)
ChemmineR (830)
chemometrics (1)
CHETAH (98)
chevron (1)
ChIC (17)
Chicago (96)
chihaya (70)
chimera (25)
chimeraviz (113)
ChIPanalyser (69)
ChIPComp (70)
chipenrich (165)
ChIPexoQual (73)
ChIPpeakAnno (1039)
chippeakanno (0)
ChIPQC (366)
ChIPseeker (1843)
chipseeker (1)
chipseq (640)
ChIPseqR (95)
ChIPSeqSpike (12)
ChIPsim (91)
ChIPXpress (95)
chk (6)
chopsticks (100)
CHORD (0)
choroplethr (1)
chroGPS (20)
chromDraw (63)
ChromHeatMap (132)
chromoMap (1)
chromote (8)
ChromoViz (4)
chromPlot (192)
ChromSCape (67)
chromstaR (94)
chromstaRData (1)
chromswitch (22)
chromVAR (1150)
chron (4)
CHRONOS (67)
cibersort (0)
cicero (218)
CIMICE (55)
CINdex (73)
cindex (0)
circlesize (0)
circlize (43)
circRNAprofiler (78)
CircSeqAlignTk (58)
circular (0)
cisPath (62)
CiteFuse (88)
citril (1)
Ckmeans.1d.dp (0)
clarabel (1)
clariomdhumancdf (1)
class (44)
ClassDiscovery (1)
ClassifyR (345)
classInt (36)
cleanrmd (1)
cleanUpdTSeq (113)
CleanUpRNAseq (2)
cleaver (211)
clevRvis (61)
cli (315)
CLIFF (1)
clinfun (1)
ClinicalQc (0)
clinPK (0)
ClinViz (1)
clippda (74)
clipper (103)
clipr (19)
cliProfiler (53)
cliqueMS (128)
clisymbols (1)
clock (15)
Clomial (62)
Clonality (29)
clonotypeR (24)
clst (98)
clstutils (65)
clubSandwich (1)
clue (45)
CluMSID (70)
ClustAll (27)
clustComp (68)
cluster (83)
clusterCrit (1)
clusterExperiment (344)
clusterexperiment (1)
ClusterFoldSimilarity (22)
clusterGeneration (3)
ClusterJudge (62)
clustermq (3)
clusterprofielr (0)
clusterProfiler (18700)
clusterprofiler (1)
ClusterProfiler (1)
ClusterR (1)
clusterRepro (0)
clusterSeq (62)
ClusterSignificance (62)
clusterSim (1)
clusterStab (89)
ClusterTools (1)
clusthaplo (0)
clustifyr (148)
ClustIRR (51)
clustMixType (1)
ClustOfVar (1)
clustree (2)
clv (1)
clValid (1)
CMA (124)
cmapR (405)
CMAverse (1)
cmdstanr (1)
CMplot (0)
cmprsk (4)
CmsAnalytics (1)
cn.farms (71)
cn.mops (266)
CNAnorm (73)
CNAqc (0)
CNEr (3424)
CNORdt (72)
CNORfeeder (79)
CNORfuzzy (77)
cNORM (0)
CNORode (96)
CNPBayes (9)
CNTools (141)
cntools (1)
CNVfilteR (65)
CNVgears (31)
cnvGSA (75)
CNViz (59)
CNVMetrics (55)
CNVPanelizer (68)
CNVRanger (122)
CNVrd2 (71)
CNVtools (18)
coastr (1)
cobalt (2)
cobindR (19)
cobs (1)
CoCiteStats (67)
COCOA (80)
coda (20)
coda.base (1)
codelink (87)
codetools (67)
CODEX (115)
coexnet (15)
CoGAPS (315)
cogena (90)
cogeqc (71)
Cogito (50)
coGPS (66)
COHCAP (54)
coin (2)
cola (129)
collapse (1)
collections (1)
CollessLike (0)
colMeans (1)
coloc (20)
colorfulVennPlot (1)
colorRamps (11)
colorspace (74)
colortools (1)
colourpicker (9)
colourvalues (1)
cols4all (1)
comapr (61)
ComBatFamQC (1)
combi (91)
combinat (1)
coMET (85)
coMethDMR (68)
ComICS (0)
commentr (1)
common (1)
CommonJavaJars (1)
commonmark (208)
compareDF (1)
compareGroups (1)
compartmap (34)
COMPASS (87)
compcodeR (89)
compEpiTools (77)
CompGO (17)
compiler (1)
ComplexHeatmap (14800)
complexheatmap (1)
complexHeatmap (1)
ComplexUpset (1)
compositions (2)
CompoundDb (266)
CompQuadForm (1)
ComPrAn (56)
compSPOT (36)
compute.es (1)
concaveman (1)
conclus (7)
concordexR (73)
concrete (1)
condcomp (4)
condiments (95)
conditionz (1)
condMVNorm (1)
coneproj (1)
conf.design (1)
CONFESS (80)
config (28)
configr (1)
confintr (1)
conflicted (14)
confoundr (1)
connectapi (1)
connectwidgets (1)
conquer (3)
consensus (54)
ConsensusClusterPlus (3056)
consensusClustR (1)
consensusDE (71)
consensusOV (124)
consensusSeekeR (103)
consICA (159)
consort (1)
ConsRank (1)
CONSTANd (52)
contentid (1)
contfrac (1)
contiBAIT (49)
conumee (165)
convert (153)
coop (1)
CoordinateCleaner (1)
copa (68)
COPDSexualDimorphism (4)
copula (3)
CopyhelpeR (1)
copykat (1)
copynumber (133)
CopyNumber450k (9)
CopyNumberPlots (160)
CopywriteR (30)
coRanking (1)
coRdon (183)
CoRegFlux (4)
CoRegNet (41)
CoreGx (369)
Cormotif (75)
CorMut (18)
coRNAi (17)
corncob (1)
coro (1)
corpcor (2)
corpora (1)
corral (81)
correlation (4)
CORREP (49)
corrplot (6)
corrr (1)
coseq (147)
COSG (1)
CoSIA (54)
cosmiq (112)
cosmo (5)
cosmoGUI (6)
cosmosR (76)
COSNet (58)
COTAN (85)
CountClust (15)
countrycode (11)
countsimQC (239)
covEB (56)
coveffectsplot (1)
CoverageView (74)
coverageview (1)
covr (24)
covRNA (63)
CovSel (0)
cowplot (89)
coxme (1)
coxphf (1)
CoxPhLb (1)
coxphw (1)
cplm (1)
cpm (1)
cpp11 (193)
cpvSNP (65)
cqn (302)
cranlogs (1)
crayon (137)
crch (1)
createKEGGdb (1)
creatr (1)
credentials (46)
crew (3)
crew.cluster (1)
CRImage (90)
CRISPR.shinyapp (0)
CRISPRball (37)
crisprBase (163)
crisprBowtie (157)
crisprBwa (60)
crisprDesign (142)
crisprDesignData (1)
crisprScore (169)
CRISPRseek (167)
crisprseekplus (31)
crisprShiny (23)
CrispRVariants (140)
crisprVerse (83)
crisprViz (122)
crlmm (287)
cronR (1)
crop (1)
crossdes (1)
CrossICC (3)
crossmatch (1)
crossmeta (180)
crosstable (1)
crosstalk (124)
crrri (0)
crrry (0)
crul (78)
CSAR (86)
csar (1)
csaw (594)
csawBook (4)
csdR (49)
csSAM (0)
CSSP (24)
CSSQ (52)
csv (1)
ctc (284)
CTdata (47)
CTDquerier (60)
CTexploreR (23)
ctgGEM (7)
ctmle (0)
cTRAP (74)
ctree (0)
ctsGE (64)
CTSV (61)
cubature (1)
cubelyr (0)
Cubist (1)
cummeRbund (237)
cummerbund (1)
CuratedAtlasQueryR (62)
curatedMetagenomicData (0)
curatedTCGAData (1)
curl (404)
customCMPdb (70)
customProDB (96)
cutoff (1)
cvar (1)
cvAUC (1)
CVE (9)
cvms (1)
CVST (1)
cvTools (1)
CVXR (1)
cxAnalysis (0)
cyanoFilter (56)
cycle (72)
cyclocomp (23)
cydar (96)
cyphr (1)
cypress (19)
CytoDx (80)
cytofast (6)
cytofit (1)
cytofkit (24)
CyTOFpower (54)
cytofQC (64)
CytoGLMM (98)
cytoKernel (65)
cytolib (2776)
cytomapper (330)
CytoMDS (20)
cytoMEM (98)
CytoML (459)
CytoPipeline (100)
CytoPipelineGUI (39)
CytoTRACE (1)
CytoTree (15)
Cytotree (1)
cytoviewer (103)

D

D0.db (0)
D2C (1)
d3Network (0)
d3r (1)
d3treeR (1)
dada2 (2268)
dae (0)
daff (1)
dagitty (1)
dagLogo (92)
DAISIE (1)
DALEX (1)
DALEX2 (1)
daMA (66)
DAMEfinder (63)
DaMiRseq (126)
Damsel (11)
DAPAR (142)
dapr (1)
dar (22)
DARAtools (1)
DART (71)
DASC (2)
DASiR (11)
dasnormalize.iomel (1)
dasper (13)
dastools (1)
data.table (301)
data.tree (13)
DatabaseConnector (1)
DataEditR (0)
DataExplorer (1)
dataMaid (1)
datamods (10)
DataOmnio (1)
datapasta (1)
datapipeline (1)
datasets (1)
DataVisualizations (1)
datawizard (12)
date (1)
DAVIDQuery (10)
dbaccess (1)
dbarts (2)
DBChIP (23)
DBI (315)
DBItest (1)
dblplyr (1)
dbplyr (202)
dbscan (6)
dbx (8)
dcanr (146)
dcat (1)
DCATS (62)
DCchoice (1)
dcdatr (1)
dce (71)
dcGSA (57)
DChIPRep (13)
ddalpha (1)
DDCompanion (1)
ddCt (99)
ddgraph (15)
ddpcr (1)
ddPCRclust (78)
DDRTree (1)
deal (0)
dearseq (210)
debCAM (64)
debrowser (176)
debugme (1)
DECENT (1)
DECIPHER (2891)
decipher (1)
DecisionCurve (1)
deco (12)
DEComplexDisease (13)
decompTumor2Sig (137)
deconfectHelpers (1)
DeconRNASeq (244)
deconstructSigs (1)
decontam (1708)
decontX (141)
deconvR (70)
decor (1)
decoupleR (1059)
decoupler (1)
DEDS (20)
Deducer (1)
deEndometrial (1)
DeepBlueR (39)
DeepPINCS (84)
deepregression (1)
deepSNV (165)
DeepTarget (4)
deeptime (1)
DEFormats (254)
DegCre (20)
DegNorm (59)
DEGraph (72)
degraph (1)
degreenet (1)
DEGreport (614)
DEGseq (164)
degseq (1)
Delaporte (1)
DelayedArray (42402)
DelayedDataFrame (68)
DelayedMatrixStats (16287)
DelayedRandomArray (92)
DelayedTensor (53)
deldir (49)
DELocal (77)
deltaCaptureC (56)
deltaGseg (63)
DeMAND (54)
DeMixT (100)
demuxmix (244)
demuxSNP (47)
dendextend (20)
dendroextras (1)
DendSer (1)
dendsort (0)
densEstBayes (8)
densityClust (1)
densvis (2419)
DEoptim (1)
DEoptimR (25)
DEP (514)
dep (1)
DepecheR (71)
DepInfeR (49)
depmap (1)
DeProViR (23)
DEqMS (234)
derfinder (578)
derfinderHelper (576)
derfinderPlot (153)
Deriv (1)
desc (124)
DEScan2 (73)
descr (1)
descsuppR (1)
DescTools (18)
DESeq (182)
deseq (0)
DESEQ (1)
DESeq2 (21745)
deseq2 (1)
designmatch (1)
DEsingle (250)
deSolve (16)
DESpace (62)
destiny (681)
DEsubs (63)
devEMF (1)
devtools (34)
devutils (1)
DEWSeq (63)
DEXICA (0)
DExMA (66)
DEXSeq (1517)
dexus (24)
dfidx (1)
dfoptim (1)
DFP (73)
DHARMa (1)
diagram (1)
DiagrammeR (3)
DiagrammeRsvg (1)
DIAlignR (57)
dials (15)
DiceDesign (12)
DiceKriging (1)
diceR (1)
dichromat (3)
did (1)
DiffBind (1083)
diffcoexp (211)
diffcyt (422)
diffdf (1)
DifferentialRegulation (59)
diffGeneAnalysis (65)
diffHic (112)
DiffLogo (71)
diffloop (30)
diffobj (4)
diffuStats (76)
diffUTR (58)
diffviewer (1)
digest (388)
diggit (60)
digitalDLSorteR (1)
dimRed (1)
Dino (60)
dinoR (19)
diptest (3)
dir.expiry (3899)
directlabels (3)
Director (49)
DirichletMultinomial (4794)
discordant (86)
DiscoRhythm (68)
discretecdAlgorithm (1)
DiscriMiner (0)
disk.frame (1)
dismo (1)
distances (1)
distill (1)
distillery (0)
distinct (264)
distory (1)
distr (1)
distr6 (1)
distrEx (0)
distributional (16)
DistributionUtils (3)
distro (1)
dittodb (0)
dittoSeq (1458)
DiurnalMRI (1)
divergence (49)
diveRsity (0)
djvdj (0)
dks (58)
dlm (1)
dlookr (1)
dlstats (0)
dm (1)
DMCFB (56)
DMCHMM (58)
DMRcaller (89)
DMRcate (932)
DMRcatedata (1)
DMRforPairs (27)
DMRScan (52)
dmrseq (212)
DMwR (1)
DNABarcodeCompatibility (49)
DNABarcodes (170)
DNAcopy (5169)
dnacopy (1)
DNAfusion (54)
DNaseR (6)
DNAshapeR (82)
dndscv (0)
dnet (1)
do (1)
DO.db (9)
doBy (4)
dockerfiler (1)
docopt (6)
DoE.base (1)
DoEstRare (0)
doFuture (1)
domainsignatures (18)
doMC (2)
DominoEffect (65)
doMPI (1)
doParallel (11)
doppelgangR (180)
DOQTL (13)
doRedis (1)
doRNG (4)
dorothea (1)
Doscheda (67)
DOSE (18340)
Dose (0)
dose (1)
DoseFinding (1)
doseR (55)
doSNOW (1)
dotCall64 (8)
dotplot (1)
dotwhisker (1)
DoubletFinder (1)
doubletrouble (69)
downlit (92)
downloader (1)
downloadthis (1)
dparser (1)
DPClust (0)
dpclust3p (0)
dpeak (21)
dplyr (229)
dplyrb (1)
dqrng (54)
dr (0)
drake (9)
drat (1)
drawProteins (211)
drc (1)
DRDID (1)
dream (0)
dreamerr (1)
dreamlet (67)
drgee (1)
DRIMSeq (309)
DriverNet (64)
DropletUtils (2612)
drosophila2probe (1)
DRR (1)
drugfindR (1)
drugTargetInteractions (62)
DrugVsDisease (144)
dsb (1)
dSimer (9)
dslabs (1)
dsr (3)
DSS (877)
dStruct (51)
DT (198)
DTA (89)
dtangle (0)
dtplyr (33)
DTRreg (0)
dttr2 (1)
dtw (1)
dtwclust (1)
dualKS (24)
duckdb (3)
duct.tape (1)
dummies (0)
Dune (49)
dunn.test (1)
DupChecker (8)
dupRadar (119)
dv.teal (1)
dwrPlus (1)
dyebias (71)
dygraphs (1)
dynamicTreeCut (1)
DynDoc (1307)
dynfeature (0)
dynlm (1)
dynplot (0)
dynpred (1)
dynsbm (1)
DynTxRegime (1)
dynwrap (0)

E

e1071 (56)
earth (3)
easier (139)
EasyABC (0)
easyalluvial (1)
EasyCellType (64)
easyENTIM (1)
easylift (46)
easypackages (1)
easypar (0)
EasyqpcR (19)
easyreporting (57)
easyRNASeq (194)
easystats (3)
ebal (1)
EBarrays (226)
EBcoexpress (83)
EBImage (2719)
ebimage (1)
EBSEA (56)
EBSeq (394)
EBSeqHMM (43)
Ecdat (1)
Ecfun (1)
echarts4r (9)
ecodist (1)
ecolitk (77)
ECOSolveR (1)
ecospat (1)
Ecume (1)
EDASeq (1805)
edd (7)
EDDA (20)
edge (105)
edgeR (23470)
edger (1)
EDIRquery (42)
eds (384)
eegc (87)
effects (1)
effectsize (8)
EGAD (70)
egg (6)
egor (1)
EGSEA (189)
eha (1)
eiR (73)
eisa (22)
eisaR (116)
elasticsearchr (1)
ELBOW (18)
ellipse (24)
ellipsis (14)
elliptic (1)
ELMER (180)
ELMER.data (1)
EMAtools (1)
emayili (2)
embed (1)
EMD (1)
emdbook (12)
emdist (1)
EMDomics (77)
emmeans (81)
EMMREML (1)
emoa (1)
EmpiricalBrownsMethod (137)
emstreeR (1)
emulator (1)
EMVS (1)
enc (0)
encode (1)
ENCODExplorer (12)
encryptr (0)
energy (1)
engitix.singlecell.db (1)
engitomixmk2 (0)
english (1)
EnhancedVolcano (4509)
enhancedvolcano (0)
enhancerHomologSearch (58)
EnMCB (63)
ENmix (239)
enmSdmX (1)
ENMTools (1)
EnrichedHeatmap (575)
EnrichmentBrowser (591)
enrichplot (17867)
enrichPlot (1)
enrichR (1)
enrichTF (63)
enrichViewNet (51)
enrichwith (1)
EnsDb.Hsapiens.v75 (6)
EnsDb.Hsapiens.v79 (6)
EnsDb.Hsapiens.v86 (8)
EnsDb.Mmusculus.v79 (1)
ensembldb (10209)
ensemblVEP (166)
ensurer (1)
entropy (1)
envalysis (1)
ENVISIONQuery (18)
EnvStats (1)
Epi (3)
epialleleR (62)
EpiCluster (0)
EpiCompare (39)
epidecodeR (51)
EpiDISH (631)
epigenomix (70)
epigraHMM (65)
epihet (11)
EpiMix (54)
epimutacions (64)
epiNEM (153)
EpiNow2 (3)
epiR (3)
epiregulon (23)
epiregulon.extra (21)
epistack (54)
epistasisGA (47)
EpiStats (0)
epitools (1)
EpiTxDb (84)
epivizr (138)
epivizrChart (66)
epivizrData (139)
epivizrServer (147)
epivizrStandalone (68)
epuRate (1)
eq5d (1)
equatags (1)
equate (1)
equivalence (1)
erccdashboard (83)
ergm (1)
ergm.count (0)
ergm.multi (1)
erify (1)
erma (103)
errorlocate (1)
ERSSA (63)
esATAC (94)
escape (421)
escheR (122)
esetVis (75)
esquisse (5)
estimability (26)
estimatr (1)
estmeansd (1)
etm (1)
eudysbiome (54)
eulerr (1)
europepmc (1)
evaluate (389)
EValue (2)
evaluomeR (60)
evd (3)
EventPointer (73)
eventPrediction (1)
eventTrack (1)
EVMS (1)
EWCE (197)
ewfutils (1)
Exact (1)
exact2x2 (1)
exactci (1)
exactextractr (1)
exactRankTests (2)
excelR (1)
ExCluster (48)
ExiMiR (68)
exomeCopy (285)
ExomeDepth (1)
exomePeak (23)
exomePeak2 (93)
exonfindR (0)
exonmap (6)
ExperimentHub (7619)
ExperimentHubData (298)
ExperimentSubset (73)
expint (1)
explorase (19)
explore (1)
ExploreModelMatrix (170)
ExplorOMICS (1)
expm (19)
ExpressionAtlas (210)
ExpressionView (23)
exprExternal (1)
expsmooth (0)
expss (3)
externalVector (6)
extraChIPs (85)
extraDistr (8)
extrafont (2)
extrafontdb (1)
extraInserts (0)
extraoperators (1)
extraTrees (0)
extRemes (0)

F

faahKO (1)
fabia (191)
fable (1)
fabletools (3)
facets (0)
facopy (8)
factDesign (72)
factoextra (6)
FactoInvestigate (1)
FactoMineR (24)
Factoshiny (1)
factR (57)
faers (30)
fail (0)
fairhub.metadata (1)
fairhub.r.client (1)
fakepackage (1)
FamAgg (81)
famat (62)
fANCOVA (3)
fansi (241)
faraway (1)
farms (46)
farver (112)
fastcluster (5)
fastDummies (20)
fasterize (1)
fastGHQuad (1)
fastICA (18)
fastLiquidAssociation (63)
fastmap (171)
fastmatch (24)
fastmatrix (1)
FastqCleaner (87)
fastqcr (1)
fastreeR (77)
fastseg (768)
fastshap (1)
fasttime (1)
fastverse (1)
faux (1)
fauxpas (1)
fBasics (3)
fbat (5)
FCBF (44)
fCCAC (63)
fCI (59)
fcoex (69)
fcScan (67)
FD (1)
fda (11)
FDb.InfiniumMethylation.hg19 (6)
fdrame (69)
fdrtool (3)
fds (6)
FEAST (117)
feasts (3)
feather (1)
FeatSeekR (43)
feature (7)
FedData (0)
fedup (53)
feisr (1)
FELLA (133)
FEM (24)
fenr (46)
fExtremes (6)
ff (16)
ffbase (0)
FField (0)
ffpe (79)
fftw (1)
fftwtools (1)
fGarch (5)
fgga (53)
FGNet (119)
fgsea (17202)
fido (1)
fields (6)
filehash (1)
filelock (70)
filesstrings (1)
FilterFFPE (62)
finalfit (1)
findIPs (24)
FindIT2 (58)
FindMyFriends (15)
findpython (12)
fineimp (1)
finetune (1)
fingerprint (1)
FISHalyseR (56)
fishHook (0)
fishMod (0)
fishpond (258)
fit.models (1)
fitdistrplus (23)
FitHiC (73)
fixest (1)
flagme (64)
flair (1)
FLAMES (79)
flashClust (1)
flexclust (1)
flexdashboard (2)
flexmix (2)
flexsurv (1)
flexsurvcure (1)
flextable (27)
flipflop (18)
float (1)
flock (1)
flowAI (559)
flowBeads (71)
flowBin (74)
flowcatchR (74)
flowCHIC (66)
flowCL (23)
flowClean (206)
flowClust (825)
flowclust (0)
flowCore (2888)
flowcore (0)
FlowCore (0)
flowCut (108)
flowCyBar (60)
flowDensity (271)
flower (1)
flowFit (20)
flowFlowJo (11)
flowFP (169)
flowGate (79)
flowGraph (53)
flowMap (46)
flowMatch (77)
flowMeans (164)
flowMerge (148)
flowPeaks (184)
flowPhyto (8)
flowPloidy (70)
flowPlots (65)
flowQ (16)
flowQB (23)
FlowRepositoryR (14)
FlowSOM (1111)
FlowSorted.Blood.450k (1)
FlowSorted.Blood.EPIC (10)
FlowSorted.CordBloodCombined.450k (10)
flowSpecs (80)
flowSpy (5)
flowStats (515)
flowTime (69)
flowTrans (97)
flowType (21)
flowUtils (45)
flowViz (1050)
flowVS (105)
flowWorkspace (1270)
flowworkspace (1)
flowWorkspaceData (1)
flux (1)
fma (0)
fmcsR (276)
FME (1)
fmrs (124)
fmsb (1)
FMStable (1)
fmtr (1)
FNN (133)
fobitools (62)
focalCall (10)
foghorn (1)
FoldGO (33)
fontawesome (101)
fontBitstreamVera (1)
fontcm (1)
fontLiberation (1)
fontquiver (1)
forcats (23)
foreach (7)
forecast (10)
foreign (62)
forestmodel (1)
forestplot (1)
forestploter (1)
fork (1)
formatR (32)
formattable (1)
formatters (5)
Formula (16)
formula.tools (1)
forrester.metadata (0)
fortunes (1)
fossil (0)
FourCSeq (14)
fpc (58)
fpp (0)
fracdiff (5)
FragPipeAnalystR (1)
frailtypack (3)
FRASER (117)
freetypeharfbuzz (1)
frenchFISH (45)
fresh (10)
FrF2 (1)
FRGEpistasis (63)
frictionless (1)
frma (154)
frmaTools (86)
fs (207)
FSA (1)
FScanR (21)
fst (1)
fstcore (1)
ftExtra (1)
fTrading (1)
FunChIP (53)
FunciSNP (20)
fungible (1)
fUnitRoots (1)
funkyheatmap (1)
funOmics (4)
funtooNorm (67)
furniture (1)
furrr (14)
FuseSOM (55)
futile.logger (1)
futile.options (1)
future (185)
future.apply (166)
future.batchtools (1)
future.callr (4)
fuzzyjoin (1)
fuzzySim (1)
fwb (1)

G

g3viz (1)
GA (91)
GA4GHclient (115)
ga4ghclient (0)
GA4GHshiny (71)
gada (0)
gaga (115)
gage (834)
gageData (1)
gaggle (49)
gaia (28)
gam (12)
GAMBLR.results (1)
GAMBoost (1)
gamboostLSS (2)
gameofthrones (1)
gamlss (3)
gamlss.add (2)
gamlss.data (2)
gamlss.dist (4)
gamlss.tr (0)
gamm4 (1)
gap (1)
gap.datasets (1)
gapfill (0)
GAPGOM (11)
gapminder (1)
GAprediction (64)
garfield (62)
gargle (53)
GARS (65)
gaston (1)
GastrographPackage (1)
GateFinder (66)
gatom (46)
gaucho (15)
gausscov (1)
gbm (92)
gbRd (1)
GBScleanR (75)
gbutils (1)
gcapc (61)
gcatest (73)
gclus (1)
gCMAP (21)
gCMAPWeb (18)
gCrisprTools (66)
gcrma (1334)
GCS (1)
GCSConnection (6)
GCSFilesystem (7)
GCSscore (20)
gdata (20)
GDCRNATools (307)
gdistance (0)
gDNAx (60)
gDR (43)
gDRcore (88)
gDRimport (91)
gDRstyle (79)
gDRutils (109)
GDSArray (192)
gdsfmt (2065)
gdsx (1)
gdtools (100)
GeDi (30)
gee (1)
geeasy (2)
geecc (13)
geepack (6)
geigen (1)
geiger (0)
GEM (62)
gemini (55)
gemma.R (67)
gemtc (1)
GenABEL (2)
GenABEL.data (2)
genArise (66)
genbankr (100)
GENE.E (15)
gene2pathway (7)
GeneAccord (11)
GeneAnswers (28)
geneAttribution (69)
GeneBreak (70)
geneClassifiers (54)
GeneExpressionSignature (90)
genefilter (12720)
genefu (423)
GeneGA (57)
GeneGeneInteR (61)
GeneGroupAnalysis (4)
geneLenDataBase (10)
GeneMeta (112)
GeneNet (0)
GeneNetworkBuilder (84)
GeneNMF (1)
GeneOverlap (484)
geneoverlap (1)
geneplast (108)
geneplotter (6255)
GeneR (8)
GeneralizedHyperbolic (2)
geneRecommender (66)
GeneRegionScan (74)
GeneRfold (4)
generics (22)
geneRxCluster (71)
GeneSelectMMD (113)
GeneSelector (20)
GENESIS (358)
genesis (0)
GeneSpring (6)
GeneStructureTools (88)
geNetClassifier (154)
genetclassifier (1)
genetics (1)
GeneticsBase (5)
geneticsbase (0)
GeneticsDesign (20)
GeneticsPed (108)
GeneTonic (315)
GeneTraffic (5)
GeneTS (4)
geneXtendeR (113)
GENIE3 (1202)
genoCN (62)
GenoGAM (14)
genomation (673)
genomationdata (1)
genomationData (1)
GenomAutomorphism (43)
GenomeBase (2)
GenomeGraphs (28)
GenomeInfoDb (58312)
GenomeInfoDB (1)
GenomeInfoDbData (20)
genomeinfodbdata (1)
genomeIntervals (188)
GenomelnfoDb (0)
genomes (82)
GenomicAlignments (24379)
genomicalignments (1)
GenomicDataCommons (1157)
GenomicDistributions (103)
GenomicDistributionsData (1)
GenomicFeatures (20236)
genomicfeatures (1)
GenomicFiles (1333)
genomicInstability (60)
GenomicInteractionNodes (51)
GenomicInteractions (395)
GenomicOZone (78)
GenomicPlot (68)
GenomicRanges (44170)
genomicranges (0)
genomicRanges (1)
GenomicScores (708)
GenomicSuperSignature (67)
GenomicTools (0)
GenomicTuples (59)
Genominator (24)
GenOrd (1)
genoset (27)
genotypeeval (20)
GenoView (3)
genphen (12)
GenProSeq (45)
GenRank (8)
GenSA (2)
GenVisR (277)
geobr (1)
geodata (1)
GeoDiff (76)
geodiv (1)
GEOexplorer (65)
GEOfastq (81)
geohashTools (1)
geojson (1)
geojsonio (1)
geojsonlint (1)
geojsonsf (1)
GEOmap (8)
GEOmetadb (255)
geometadb (0)
geometries (21)
geometry (1)
geomorph (1)
geomtextpath (1)
GeomxTools (413)
GEOquery (9483)
geoquery (1)
GEoquery (0)
geoR (1)
geos (1)
GEOsearch (5)
geosphere (12)
GEOsubmission (73)
GeoTcgaData (120)
gep2pep (59)
gert (96)
gespeR (89)
gestalt (7)
gestate (1)
getDEE2 (53)
getip (1)
getopt (27)
GetoptLong (3)
getPass (3)
getSVCNVperGene0.94 (0)
gettz (1)
geva (50)
GEWIST (57)
gff3Plotter (2)
gfonts (1)
gg4way (45)
ggalluvial (1)
GGally (20)
ggalt (1)
gganimate (1)
GGBase (27)
ggbeeswarm (4)
ggbio (2152)
ggbiploti (1)
ggbreak (1)
ggchicklet (1)
ggcorrplot (2)
ggcyto (890)
ggdag (1)
ggdendro (15)
ggdensity (1)
ggdist (7)
gge (1)
ggeasy (1)
ggedit (1)
ggeffects (4)
ggExtra (5)
ggfittext (2)
ggforce (33)
ggforestplot (0)
ggformula (31)
ggfortify (2)
ggfun (59)
gggenes (0)
ggh4x (2)
gghalves (1)
gghighlight (1)
ggimage (1)
gginnards (1)
ggiraph (7)
ggiraphExtra (1)
ggkegg (321)
ggm (1)
ggmanh (197)
ggmap (10)
ggmosaic (1)
ggmsa (526)
ggnetwork (1)
ggnewscale (44)
ggnewscales (0)
gGnome (1)
ggokabeito (1)
GGPA (50)
ggpattern (1)
ggplot (1)
ggplot2 (345)
ggplot2movies (1)
ggplotify (29)
ggpmisc (6)
ggPMX (1)
ggpointdensity (7)
ggpp (7)
ggprism (1)
ggpubr (25)
ggRandomForests (0)
ggrap2 (1)
ggraph (27)
ggraph2 (1)
ggrastr (7)
ggrepel (241)
ggridges (36)
ggsankey (1)
ggsc (63)
ggsci (59)
ggseqalign (4)
ggseqlogo (16)
ggside (5)
ggsignif (11)
ggspavis (171)
ggstance (2)
ggstats (5)
ggstatsplot (3)
ggsurvfir (0)
ggsurvfit (2)
ggtern (62)
ggtext (4)
ggthemes (13)
GGtools (29)
ggtree (20908)
ggtreeDendro (62)
ggtreeExtra (1050)
ggtreeSpace (20)
ggupset (1)
ggvegan (1)
ggvenn (1)
ggVennDiagram (2)
ggvis (1)
ggwordcloud (1)
gh (116)
ghpm (1)
ghql (0)
gifski (1)
GIGSEA (50)
GillespieSSA (0)
gimme (1)
ginmappeR (22)
gINTomics (13)
Giotto (0)
girafe (101)
GISPA (41)
git2r (18)
gitcreds (22)
gitlabr (1)
GLAD (224)
GladiaTOX (54)
glasso (0)
glassoFast (1)
glca (1)
gld (1)
Glimma (1184)
gllvm (0)
glmGamPoi (4404)
GLMMadaptive (1)
glmmADMB (0)
glmmML (1)
glmmTMB (2)
glmnet (23)
glmnetUtils (11)
glmperm (1)
glmSparseNet (191)
glmx (1)
GlobalAncova (1120)
GlobalOptions (1)
globals (52)
globals, (0)
globalSeq (58)
globaltest (1915)
GloScope (47)
glpgStyle (0)
glpgTesteR (0)
glpkAPI (1)
glue (163)
gmailr (2)
gmapR (181)
gMCP (1)
GmicR (68)
Gmisc (1)
gmm (1)
gmnl (1)
gmodels (2)
gmoviz (57)
gmp (17)
GMRP (60)
gmthemes (1)
GNET2 (54)
gnm (1)
gnomAD (1)
GNOSIS (54)
GO.db (15)
goCluster (1)
GOdb (1)
godmode (1)
GOexpress (90)
goftest (1)
GOfuncR (337)
GOFunction (22)
golem (7)
golubEsets (1)
gomms (0)
gongs (1)
goodpractice (1)
googleAuthR (3)
googleCloudStorageR (1)
googledrive (41)
GoogleGenomics (8)
googlesheets (1)
googlesheets4 (49)
googleVis (2)
GOplot (0)
GOpro (160)
goProfiles (135)
GOSemSim (17389)
goseq (1290)
goshawk (1)
GOSim (109)
goSorensen (65)
goSTAG (68)
GOstats (1705)
gostats (1)
GOsummaries (49)
GOTHiC (85)
goTools (73)
gower (16)
GPA (54)
GPArotation (13)
gpart (18)
GPfit (1)
gplots (118)
gpls (223)
gprege (19)
gprofiler2 (2)
gpuMagic (56)
gQTLBase (17)
gQTLstats (16)
GrafGen (20)
grafify (1)
gRain (1)
gralarkivar (1)
gramm4R (5)
GRaNIE (135)
granny (0)
granulator (121)
graper (55)
grapg (1)
graph (18943)
GraphAlignment (66)
GraphAT (77)
graphat (1)
GraphGallery (1)
graphics (1)
graphiQs (1)
graphite (3068)
graphlayouts (48)
GraphPAC (110)
graphql (1)
grates (1)
gRbase (1)
grDevices (1)
greekLetters (1)
Greg (1)
GRENITS (64)
greybox (1)
GreyListChIP (1017)
grf (1)
grid (1)
gridBase (1)
gridExtra (1)
gridGraphics (1)
gridpattern (1)
gridSVG (1)
gridtext (3)
grImport (1)
grImport2 (1)
GRmetrics (90)
groHMM (81)
groupdata2 (1)
grpreg (1)
grr (1)
GRridge (16)
GSA (1)
gsalib (0)
GSALightning (56)
GSAR (105)
gsbDesign (1)
GSCA (67)
gscounts (1)
gscreend (48)
gsDesign (1)
GSEABase (8971)
gseabase (0)
GSEAbase (1)
GSEABenchmarkeR (86)
GSEAlm (89)
GSEAmining (69)
gsean (66)
GSgalgoR (53)
gsignal (1)
gsl (3)
gsmoothr (6)
gson (5)
gsrc (0)
GSReg (70)
GSRI (71)
gss (4)
gstat (1)
gsubfn (1)
GSVA (6453)
GSVAdata (1)
gsw (0)
gt (20)
gtable (188)
gtExtras (1)
gto (1)
gtools (48)
gtrellis (135)
gtsummary (3)
gtx (0)
gubraqsar (0)
GUIDEseq (86)
Guitar (134)
GUniFrac (2)
gupio (1)
gUtils (0)
GUTS (0)
Gviz (3882)
GWAS.BAYES (60)
gwascat (652)
GWASExactHW (6)
gwasglue (1)
gwasrapidd (1)
GWASTools (610)
gwasurvivr (96)
gwasvcf (1)
GWENA (238)
gWidgets (1)
gWidgets2tcltk (0)
gWidgetstcltk (1)
gypsum (983)

H

h2o (4)
h5vc (97)
HAC (1)
hahmmr (1)
hal9001 (1)
HandTill2001 (1)
hapFabia (67)
haplo.stats (1)
HaploBlocker (1)
HaploSim (0)
haplotrackR (1)
hardhat (51)
HardyWeinberg (1)
Harman (178)
HarmonizR (56)
harmony (7)
Harshlight (82)
hash (2)
haven (89)
hca (64)
HCABrowser (6)
HCAExplorer (5)
HCAMatrixBrowser (3)
HCsnip (14)
HDCytoData (1)
hdf4r (1)
hdf5 (1)
HDF5Array (13799)
hdf5r (9)
hdi (1)
HDInterval (12)
HDLSSkST (1)
hdm (0)
hdnom (1)
HDO.db (7)
hdrcde (6)
HDTD (53)
hdxmsqc (8)
heatmap.plus (0)
heatmap3 (0)
heatmaply (17)
heatmaps (291)
Heatplus (455)
heemod (0)
HelloRanges (138)
HELP (66)
helperMut (0)
HEM (66)
heplots (1)
here (2)
hermes (148)
HERON (40)
Herper (148)
hexbin (24)
hexSticker (1)
hexView (1)
HGC (68)
HGNChelper (1)
hgu133a.db (2)
hgu133plus2.db (8)
hgu133plus2cdf (1)
hgu219.db (0)
hgu95a.db (1)
hgu95av2.db (2)
hgu95av2cdf (1)
hgug4112a.db (0)
hiAnnotator (114)
HIBAG (128)
HicAggR (18)
HiCBricks (151)
hicbricks (0)
HiCcompare (277)
HiCDCPlus (87)
HiCDOC (107)
HiCExperiment (154)
HiClimR (0)
HiContacts (106)
HiCool (68)
hicrep (12)
hicVennDiagram (46)
hierfstat (0)
hierGWAS (66)
hierinf (47)
highcharter (1)
highlight (0)
highr (118)
highs (1)
HilbertCurve (98)
HilbertVis (189)
HilbertVisGUI (45)
HiLDA (76)
hipathia (178)
HIPPO (51)
hiReadsProcessor (72)
HIREewas (54)
HiTC (142)
HiTME (1)
hmdbQuery (78)
Hmisc (36)
HMMcopy (293)
hms (69)
hoardr (1)
HoloFoodR (3)
Homo.sapiens (6)
hoodscanR (59)
Hoover (1)
hopach (342)
HPAanalyze (130)
hpar (275)
HPAStainR (11)
HPC.R.Utilities (1)
HPiP (55)
hrbrthemes (2)
HSAUR (1)
HSAUR2 (1)
HSAUR3 (1)
hsm (0)
HSMMSingleCell (2)
htmlTable (30)
htmltools (358)
htmlwidgets (195)
HTqPCR (148)
HTSanalyzeR (24)
HTSeqGenie (59)
htSeqTools (22)
HTSFilter (222)
htslib (0)
httpcode (1)
httpgd (2)
httptest (3)
httptest2 (1)
httput (1)
httpuv (323)
httr (151)
httr2 (130)
HubPub (117)
huge (1)
hugene10sttranscriptcluster.db (2)
HumanTranscriptomeCompendium (53)
hummingbird (49)
hunspell (12)
huxtable (3)
hwriter (2)
HWxtest (0)
HybridExpress (35)
HybridMTest (136)
hydroPSO (1)
hypeR (96)
hyperdraw (123)
hypergate (1)
hypergeo (1)
hypergraph (172)
hyperSpec (1)
hypred (1)

I

IAPWS95 (1)
iASeq (59)
iasva (69)
iatlasGraphQLClient (1)
iBBiG (128)
ibh (62)
iBMQ (53)
iBreakDown (1)
iC10 (1)
iC10TrainingData (1)
ica (3)
iCARE (144)
icenReg (1)
Icens (480)
icetea (60)
iCheck (62)
iChip (66)
ichorCNA (0)
iCiteR (1)
iCluster (1)
iClusterPlus (379)
iCNV (66)
iCOBRA (214)
ICS (1)
ICSNP (1)
ICSOutlier (1)
IDEAFilter (1)
ideal (104)
IdeoViz (74)
ideoviz (1)
idiogram (71)
IdMappingAnalysis (17)
IdMappingRetrieval (20)
idorsiaQC (1)
IDPmisc (3)
idpr (69)
idr (0)
idr2d (58)
ids (1)
ieugwasr (0)
IFAA (50)
iFlow (4)
ifultools (1)
iGasso (0)
iGC (63)
IgGeneUsage (53)
igraph (170)
igraphdata (1)
igvR (119)
igvShiny (24)
iheatmapr (4)
IHW (702)
ijtiff (1)
Illumina450ProbeVariants.db (1)
IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19 (7)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (6)
IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19 (6)
IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19 (6)
IlluminaHumanMethylationEPICmanifest (6)
IlluminaHumanMethylationEPICv2manifest (1)
illuminaHumanv1.db (1)
illuminaio (3009)
ILoReg (47)
imageHTS (30)
imager (2)
imagerExtra (0)
IMAS (64)
imbalance (1)
imcRtools (226)
Imetagene (11)
iml (1)
IMMAN (55)
immunarch (1)
ImmuneSpaceR (56)
immunoClust (73)
immunogenViewer (2)
immunotation (54)
IMPCdata (53)
impmap (1)
import (2)
ImpulseDE (8)
ImpulseDE2 (15)
impute (10628)
imputeTS (1)
IncDTW (1)
incidence (3)
incidence2 (1)
IncidencePrevalence (1)
INDEED (48)
ineq (0)
iNETgrate (49)
iNEXT (1)
infer (16)
infercnv (1094)
inferCNV (0)
infinityFlow (79)
influenceR (1)
InformationValue (1)
Informeasure (44)
infotheo (1)
ingredients (1)
ini (1)
InkblotAnalytics (9)
INLA (0)
inline (1)
inlinedocs (1)
InPAS (74)
INPower (69)
InraeThemes (1)
insight (17)
inSilicoDb (16)
inSilicoMerging (17)
INSPEcT (75)
installr (1)
INTACT (50)
InTAD (61)
intamap (1)
intansv (87)
interacCircos (64)
InteractionSet (1940)
InteractiveComplexHeatmap (411)
interactiveDisplay (109)
interactiveDisplayBase (8971)
interactomes (1)
InterCellar (76)
IntEREst (78)
intergraph (1)
InterMineR (93)
interp (15)
interpretR (0)
interval (1)
intervals (6)
IntOMICS (28)
IntramiRExploreR (56)
inum (4)
inveRsion (19)
invgamma (1)
IONiseR (81)
iontree (17)
iotools (1)
iPAC (138)
ipaddress (1)
iPath (45)
IPCAPS (1)
ipcwswitch (1)
ipdDb (160)
IPDfromKM (1)
ipmisc (0)
IPO (159)
IPPD (19)
ipred (29)
ips (2)
iptmnetr (1)
ipw (1)
iq (1)
irace (0)
IRanges (52515)
iranges (1)
iRanges (1)
IRdisplay (1)
IRISFGM (72)
IrisSpatialFeatures (5)
IRkernel (0)
irlba (18)
irr (1)
ISAnalytics (60)
iSEE (471)
iSEEde (64)
iSEEfier (21)
iSEEhex (146)
iSEEhub (163)
iSEEindex (53)
iSEEpathways (51)
iSEEtree (4)
iSEEu (114)
iSeq (59)
ISLET (53)
ISLR (1)
iSNetwork (3)
Iso (1)
isoband (45)
isobar (91)
IsoBayes (41)
ISOcodes (1)
IsoCorrectoR (118)
IsoCorrectoRGUI (62)
IsoformSwitchAnalyzeR (265)
IsoGeneGUI (22)
ISoLDE (49)
isomiRs (174)
iSPlot (3)
isva (6)
ISwR (1)
ITALICS (70)
ITALICSData (1)
iterativeBMA (70)
iterativeBMAsurv (61)
iterativebmasurv (0)
iterators (7)
iterClust (43)
iteremoval (11)
itertools (1)
ITKR (1)
itsadug (1)
IVAS (85)
ivpack (0)
ivprobit (1)
ivreg (1)
ivs (1)
ivygapSE (57)
IWTomics (72)

J

JADE (1)
jagsUI (1)
janeaustenr (4)
janitor (5)
JASPAR2016 (0)
JASPAR2018 (3)
JASPAR2020 (7)
JavaGD (1)
JBrowseR (1)
JBTools (0)
jcolors (1)
JGR (1)
jiebaR (0)
jiebaRD (0)
JM (1)
JMbayes (1)
jmosaics (10)
jnjtemplates (1)
job (1)
joda (18)
Johnson (1)
joineRML (1)
jomo (1)
jonasrscripts (1)
jose (1)
jpeg (15)
jqr (9)
jquerylib (2)
js (1)
jskm (1)
jsonify (1)
jsonlite (224)
jsonvalidate (1)
jsTreeR (1)
jtools (1)
juicyjuice (1)
JuliaCall (0)
JunctionSeq (16)

K

kableExtra (19)
kangar00 (1)
karyoploteR (858)
KaryoploteR (0)
karyoploter (1)
katdetectr (68)
katex (1)
KBoost (45)
KCsmart (72)
kebabs (151)
kedd (0)
KEGG.db (1)
KEGGgraph (5610)
kegggraph (0)
KEGGlincs (75)
keggorth (4)
keggorthology (198)
KEGGprofile (28)
KEGGREST (37033)
keggrest (1)
KEGGSOAP (11)
keggsvg (1)
Kendall (1)
keras (8)
KernelKnn (1)
kernlab (18)
KernSmooth (73)
keyring (6)
KFAS (1)
khroma (1)
kimod (8)
kinship2 (1)
KinSwingR (58)
kissDE (67)
kit (1)
kknn (1)
klaR (3)
km.ci (2)
kmcut (2)
kmed (1)
kmknn (0)
kml (1)
kml3d (1)
kmlShape (1)
KMsurv (1)
knitr (302)
knitrdata (1)
knockoff (1)
KnowSeq (62)
knowYourCG (17)
KODAMA (0)
kohonen (1)
kpmt (0)
kriging (1)
ks (7)
kSamples (2)
ktplots (0)
kutils (1)
kyotil (1)

L

l2p (1)
labdsv (1)
labeling (160)
labelled (12)
LACE (163)
laeken (2)
Lahman (1)
lambda.r (1)
lambdr (1)
LambertW (3)
lamW (3)
landscapemetrics (1)
languageserver (1)
LaplacesDemon (1)
lapmix (63)
lars (1)
lasso2 (1)
lastdose (1)
latentnet (1)
later (168)
latex2exp (1)
lattice (197)
latticeExtra (10)
lava (53)
lavaan (23)
lavaSearch2 (1)
lazy (1)
lazyeval (11)
lbaQcCheck (1)
LBE (227)
lbfgs (1)
lbfgsb3c (1)
lcopula (1)
lda (1)
ldap (1)
ldblock (92)
LDheatmap (1)
LDlinkR (1)
LDplots (1)
LEA (527)
leafcutter (0)
leafem (2)
leaflegend (3)
leaflet (7)
leaflet.extras (3)
leaflet.minicharts (0)
leaflet.providers (3)
leafpop (1)
leaps (5)
LearnBayes (1)
learnr (6)
LedPred (51)
lefser (570)
leiden (24)
leidenAlg (1)
leidenbase (12)
lemon (2)
lemur (68)
les (102)
levi (50)
lfa (292)
lfda (1)
lfe (1)
lgr (2)
lhs (14)
liana (1)
libcoin (4)
libgeos (1)
LiblineaR (12)
libr (1)
libwebp (1)
lifecycle (213)
liger (2)
lightgbm (3)
limma (32383)
limmaGUI (87)
limmia (1)
limpca (20)
limSolve (1)
LINC (11)
LineagePulse (36)
lineagespot (53)
LinkHD (60)
LinMod2 (1)
Linnorm (233)
linprog (1)
LinTInd (55)
lintr (96)
lionessR (57)
lipidr (187)
LiquidAssociation (93)
liquidSVM (0)
lisaClust (139)
listenv (53)
listviewer (1)
littler (1)
lixoftConnectors (0)
lixoftConnectors.1 (0)
lixoftConnectors.2 (0)
lle (0)
lm.beta (1)
lmdme (64)
lme4 (130)
lmerTest (1)
LMGene (21)
LMI (1)
lmodel2 (1)
lmom (14)
lmomco (1)
Lmoments (1)
lmtest (5)
LOBSTAHS (102)
lobstr (3)
locfdr (0)
locfit (85)
loci2path (64)
log4r (5)
logcondens (1)
logger (11)
logging (1)
logicFS (94)
LogicReg (1)
logistf (12)
logitnorm (1)
logitr (1)
logitT (33)
logitt (1)
Logolas (11)
logolas (0)
logr (1)
logrrr (1)
logrx (1)
logspline (1)
lokern (1)
lol (14)
LOLA (298)
longComplexHeatmap (1)
longitudinal (0)
longitudinalData (1)
longmemo (0)
loo (16)
LoomExperiment (619)
lotri (1)
loupeR (1)
LowMACA (19)
LowRankQP (1)
LPE (98)
LPEadj (43)
lpNet (79)
lpridge (1)
lpSolve (15)
lpSolveAPI (1)
lpsymphony (1029)
lqa (0)
lqmm (1)
LRBaseDbi (125)
LRcell (52)
lsa (8)
LSAF (1)
lsei (2)
lsmeans (1)
lubridate (96)
lumi (1202)
Luminescence (1)
lute (21)
lvec (1)
LVSmiRNA (20)
lwgeom (3)
LymphoSeq (72)

M

m03modeldevelopment (1)
M3C (705)
M3D (12)
M3Drop (663)
m6Aboost (47)
maanova (30)
Maaslin2 (1030)
maboost (1)
Macarron (101)
macat (50)
maCorrPlot (63)
MACPET (13)
macrophage (1)
MACSQuantifyR (46)
MACSr (111)
maDB (7)
made4 (272)
maditr (1)
madness (0)
MADSEQ (62)
maftools (2552)
MAGAR (167)
MAGeCKFlute (378)
mageckflute (1)
magic (2)
magick (15)
magpie (53)
magrene (53)
magrittr (20)
MAI (61)
maic (1)
maicChecks (1)
maigesPack (47)
mailR (0)
MAIT (108)
makecdfenv (187)
makePlatformDesign (5)
maketools (1)
MALDIquant (3)
manipulate (1)
manipulateWidget (1)
MANOR (68)
manta (19)
MantelCorr (58)
mantelcorr (0)
maotai (1)
mapbayr (0)
mapdata (1)
MAPFX (24)
mAPKL (17)
mapplots (1)
mapproj (1)
maPredictDSC (67)
maps (12)
mapscape (55)
maptools (20)
maptree (1)
mapview (2)
marginaleffects (1)
margins (1)
mariner (60)
Markdown (0)
markdown (92)
markovchain (1)
marqLevAlg (1)
marr (56)
marray (1932)
martini (61)
maser (133)
maSigPro (263)
maskBAD (69)
MASS (326)
MassArray (59)
massdataset (1)
massiR (66)
MassSpecWavelet (1945)
masstools (1)
MAST (2113)
mastR (160)
matchBox (62)
Matching (3)
MatchIt (4)
matchprobes (4)
MatchThem (1)
mathjaxr (2)
matlib (1)
Matri (1)
Matrix (411)
matrix (1)
Matrix.utils (1)
matrixcalc (1)
MatrixEQTL (1)
MatrixExtra (1)
MatrixGenerics (39945)
MatrixModels (101)
MatrixQCvis (171)
MatrixRider (68)
matrixStats (174)
matrixTests (1)
matter (224)
MaxContrastProjection (11)
maxLik (1)
maxstat (1)
MBA (7)
MBAmethyl (47)
MBASED (62)
MBCB (62)
MBCluster.Seq (1)
MBECS (75)
mbend (1)
MBESS (1)
mbkmeans (427)
mbOmic (9)
mboost (3)
mBPCR (67)
MBQN (60)
mbQTL (51)
MBttest (56)
mc2d (2)
mcaGUI (21)
MCbiclust (60)
mclogit (1)
mclust (16)
mclustcomp (1)
mcmc (1)
mcmcabn (1)
MCMCglmm (1)
MCMCpack (2)
MCMCprecision (1)
MCPcounter (0)
mcr (8)
MCRestimate (21)
mCSEA (111)
mctq (1)
mcv (1)
mda (1)
mdgsa (13)
mdmb (1)
mdp (58)
mdqc (109)
MDTS (53)
MEAL (88)
MeasurementError.cor (61)
measurements (1)
measures (1)
MEAT (52)
MEB (52)
medflex (0)
mediation (1)
MEDIPS (119)
MEDME (63)
megadepth (127)
MEIGOR (62)
Melissa (56)
memes (212)
memisc (1)
memoise (16)
MEMSS (1)
memuse (1)
MendelianRandomization (3)
merDeriv (1)
merge (1)
MergeMaid (24)
Mergeomics (70)
merTools (1)
MeSHDbi (266)
meshes (157)
meshr (148)
MeSHSim (5)
MesKit (78)
MESS (2)
messina (64)
meta (1)
metaArray (22)
metaarray (1)
Metab (71)
metabaser (1)
metabCombiner (73)
metabinR (46)
metaBLUE (1)
metaBMA (1)
MetaboAnalystR (1)
MetaboAnnotation (251)
MetaboCoreUtils (1757)
metabolomics (1)
metabolomicsWorkbenchR (85)
metabomxtr (63)
MetaboReport (1)
MetaboSignal (130)
metaCCA (163)
metacore (1)
MetaCyto (81)
metadat (1)
metafor (5)
metagene (29)
metagene2 (72)
metagenomeFeatures (13)
metagenomeSeq (1696)
MetaGxOvarian (3)
metahdep (64)
metaMA (8)
metaMS (143)
MetaNeighbor (95)
metap (11)
MetaPhOR (65)
metaplot (1)
metaplus (1)
metapod (4889)
metapone (63)
metaSeq (75)
metaseqR (24)
metaseqR2 (71)
MetaSKAT (0)
metatools (1)
MetaUtility (1)
metavizr (16)
MetaVolcanoR (51)
metaX (3)
MetCirc (81)
MethCP (9)
methimpute (67)
methInheritSim (75)
methodical (18)
methods (1)
MethPed (60)
MethReg (68)
methrix (88)
MethTargetedNGS (58)
methVisual (20)
methyAnalysis (26)
MethylAid (99)
methylCC (74)
methylclock (153)
methylclockData (1)
methylGSA (120)
methyLImp2 (21)
methylInheritance (68)
methylKit (642)
MethylMix (100)
methylMnM (81)
methylPipe (136)
methylscaper (83)
MethylSeekR (143)
methylSig (80)
methylumi (1522)
methyvim (11)
MetID (57)
metid (1)
MetNet (58)
metpath (1)
MeTPeak (1)
metR (1)
Metrics (1)
metrumrg (1)
mets (1)
mev (1)
mfa (94)
mFilter (0)
Mfuzz (1270)
mfuzz (0)
mfx (1)
mg14 (0)
mgcv (250)
MGFM (68)
MGFR (72)
mgm (1)
MGnifyR (26)
mgsa (113)
mgvc (1)
mhsmm (1)
mhurdle (1)
mi (0)
mia (1517)
miaSim (88)
miaViz (247)
mice (14)
miceadds (1)
MiChip (63)
MicrobaCommunityProfileReader (1)
microbenchmark (1)
microbiome (1705)
MicrobiomeAnalystR (1)
microbiomeDASim (63)
microbiomeExplorer (84)
microbiomeMarker (397)
MicrobiomeProfiler (123)
MicrobiotaProcess (526)
microeco (1)
micromap (0)
microRNA (164)
microseq (1)
Microsoft365R (1)
microSTASIS (50)
MICSQTL (44)
midasHLA (57)
MIGSA (17)
MIIVsem (0)
miloR (297)
mimager (71)
mime (24)
MIMOSA (29)
mimosa (1)
mina (47)
MineICA (84)
minerva (0)
minet (820)
minfi (2451)
minfiData (1)
MinimumDistance (92)
miniUI (1)
minpack.lm (5)
minqa (110)
MiPP (72)
miQC (111)
MIRA (121)
MiRaGE (76)
mirai (3)
miRBaseConverter (104)
miRcomp (61)
mirIntegrator (73)
MIRit (34)
miRLAB (78)
miRmine (41)
miRNAmeConverter (64)
miRNApath (72)
miRNAtap (162)
miRSM (48)
miRsponge (8)
miRspongeR (43)
Mirsynergy (16)
mirt (10)
mirTarRnaSeq (68)
misc3d (1)
miscTools (1)
missForest (1)
missMDA (1)
missMethyl (1001)
missRanger (1)
missRows (57)
misty (1)
mistyR (90)
mitch (65)
mitml (1)
mitoClone2 (77)
mitoODE (17)
mitools (1)
mix (1)
mixOmics (2697)
mixsqp (21)
mixtools (1)
mixture (1)
MKmisc (1)
mlbench (12)
MLEcens (1)
mlegp (1)
mlfa (1)
mlflow (0)
MLInterfaces (438)
mlm4omics (4)
MLmetrics (1)
mlmm (1)
mlmm.gwas (0)
mlmRev (1)
mlogit (1)
MLP (159)
mlpack (1)
mlr (1)
mlr3 (2)
mlr3cluster (1)
mlr3data (1)
mlr3filters (1)
mlr3fselect (1)
mlr3hyperband (1)
mlr3learners (1)
mlr3measures (1)
mlr3misc (1)
mlr3pipelines (1)
mlr3proba (1)
mlr3spatiotempcv (1)
mlr3tuning (1)
mlr3tuningspaces (1)
mlr3verse (1)
mlr3viz (1)
MLSeq (165)
mlt (1)
mltools (0)
mma (1)
MMAPPR2 (20)
MMDiff (13)
MMDiff2 (58)
mmgmos (3)
mmnet (13)
MmPalateMiRNA (22)
mmrm (40)
MMUPHin (135)
mnem (158)
mnormt (16)
MNP (0)
moanin (175)
mobileRNA (22)
MobilityTransformR (76)
mobster (0)
mockery (3)
mockr (1)
MODA (64)
ModCon (47)
modeest (1)
modelbased (3)
modeldata (15)
modelenv (1)
ModelMetrics (2)
modelObj (1)
modelr (36)
ModelR (1)
modelsummary (1)
modeltests (1)
modeltime (1)
modeltime.ensemble (1)
modeltools (1)
modetest (1)
modEvA (1)
MODIStsp (2)
Modstrings (210)
modules (2)
MOFA (7)
MOFA2 (487)
MOGAMUN (55)
mogsa (206)
moleculaR (1)
MoleculeExperiment (74)
MOMA (60)
moments (3)
Momocs (1)
monaLisa (149)
mondate (1)
mongolite (1)
monkey (1)
monocle (3169)
monocle3 (1)
MonoPhy (1)
Moonlight2R (54)
MoonlightR (86)
MoPS (11)
morpheus (1)
Morpho (1)
mosaic (1)
mosaicCore (31)
mosaicData (1)
mosaics (162)
mosbi (50)
mosdef (20)
MOSim (61)
Motif2Site (52)
motifbreakR (215)
motifcounter (63)
MotifDb (668)
motifmatchr (1358)
motifRG (20)
motifStack (732)
motifTestR (32)
MotIV (35)
mouse4302.db (0)
MouseFM (155)
MouseGastrulationData (1)
MPA (0)
MPAC (4)
mpath (0)
MPFE (51)
MplusAutomation (1)
mpm (1)
mpn.scorecard (1)
mppR (0)
mpra (67)
MPRAnalyze (72)
MPV (1)
MQmetrics (35)
mQTL.NMR (9)
mratios (1)
mrgda (1)
mrggsave (1)
mrgmisc (1)
mrgsolve (1)
mrgvalidate (1)
mrgvalprep (1)
msa (1610)
MSA2dist (128)
msatR (1)
MsBackendMassbank (81)
MsBackendMgf (448)
MsBackendMsp (349)
MsBackendRawFileReader (66)
MsBackendSql (72)
MsCoreUtils (3739)
msdata (1)
MsDataHub (68)
MSEADbi (5)
MsExperiment (1378)
MsFeatures (1697)
msgbsR (69)
MSGFgui (14)
MSGFplus (17)
msigdb (1)
msigdbr (5)
msImpute (167)
mslp (41)
msm (6)
msmsEDA (289)
msmsTests (277)
MSnbase (3351)
msnbase (0)
Msnbase (1)
MSnID (295)
MSPrep (161)
msPurity (82)
msQC (0)
msqrob2 (152)
MsQuality (66)
MSstats (503)
MSstatsBig (41)
MSstatsConvert (467)
MSstatsLiP (82)
MSstatsLOBD (59)
MSstatsPTM (202)
MSstatsQC (84)
MSstatsQCgui (49)
MSstatsSampleSize (18)
MSstatsShiny (109)
MSstatsTMT (295)
MSstatsTMTPTM (5)
MSstatsTMTs (0)
mstate (1)
MSwM (1)
mtbls2 (0)
MTseeker (4)
MuData (62)
muhaz (1)
Mulcom (80)
mulcom (1)
multcomp (100)
multcompView (19)
multgee (1)
MultiAssayExperiment (5911)
MultiBaC (76)
multiClust (93)
multicool (5)
multicrispr (63)
multicross (1)
MultiDataSet (1289)
multidplyr (0)
multiGSEA (141)
multiHiCcompare (169)
MultiMed (61)
multiMiR (235)
MultimodalExperiment (43)
multimode (1)
multinichenetr (0)
multinma (1)
multiOmicsViz (41)
multipanelfigure (1)
MultiRNAflow (62)
multiscan (64)
multiSight (64)
multistateQTL (17)
multiwayvcov (1)
multiWGCNA (69)
multtest (12651)
MuMIn (1)
mumosa (73)
MungeSumstats (1080)
munsell (86)
muscat (495)
muscData (0)
muscle (336)
musicatk (87)
MutationalPatterns (325)
mutationalpatterns (1)
MutationTimeR (0)
mutoss (9)
mutSigExtractor (0)
mvabund (1)
MVCClass (108)
mvGST (7)
mvna (1)
mvnfast (0)
mvnormtest (1)
mvpart (1)
mvtnorm (130)
MWASTools (164)
mwcsr (1)
mycor (1)
mygene (344)
myphd (0)
myvariant (89)
mzID (3209)
mzR (3448)

N

n1qn1 (1)
N2R (1)
nabor (1)
NACHO (1)
NADA (6)
NADfinder (67)
name (1)
namer (1)
naniar (3)
nanoarrow (1)
NanoMethViz (87)
nanonext (2)
nanopipeline (1)
NanoPyx (1)
NanoStringDiff (94)
NanoStringNCTools (405)
NanoStringNorm (1)
NanoStringQCPro (36)
nanostringr (1)
nanotatoR (93)
nanotime (1)
NanoTube (84)
narray (1)
NarrowPeaks (21)
nasapower (1)
nat.util (1)
nat.utils (1)
natserv (1)
naturalsort (1)
NBAMSeq (141)
NbClust (1)
nbpMatching (1)
NBSplice (12)
ncappc (1)
ncar (1)
ncbit (0)
ncdf4 (12)
ncdf4.1 (0)
ncdfFlow (1135)
ncGTW (96)
NCIgraph (120)
ncmeta (1)
NCmisc (1)
ncRNAtools (54)
ncvreg (1)
ndexr (73)
ndjson (0)
neaGUI (9)
nearBynding (54)
Nebulosa (1091)
NeighborNet (22)
nem (26)
NEMO (0)
nempi (62)
neo2R (1)
NEONiso (1)
neonUtilities (1)
nephro (1)
nestcolor (1)
nestedcv (1)
nestedLogit (1)
nestedmodels (1)
NetActivity (49)
netbenchmark (11)
NetBID2 (1)
netbiov (34)
netboost (46)
netboxr (10)
NetCoMi (1)
NetCRG (0)
netDx (47)
nethet (73)
netmeta (1)
netOmics (33)
NetPathMiner (65)
NetPreProc (1)
netprioR (53)
netrankr (1)
netReg (9)
NetRep (1)
netresponse (80)
NetSAM (95)
netSmooth (69)
NetSwan (1)
network (2)
networkBMA (22)
networkD3 (1)
networkDynamic (1)
netZooR (65)
NeuCA (40)
neuralnet (1)
NeuralNetTools (1)
neuRosim (0)
NewWave (122)
nFactors (1)
NGCHM (1)
NGScopy (10)
ngsReports (77)
NHANES (1)
nhanesA (0)
nimble (1)
nipals (1)
nipalsMCIA (45)
NISTunits (1)
NlcOptim (1)
nleqslv (2)
nlme (230)
nlmeODE (1)
nlmixr2 (1)
nlmixr2data (1)
nlmixr2est (1)
nlmixr2extra (1)
nlmixr2lib (1)
nlmixr2plot (1)
nlmixr2rpt (1)
nloptr (41)
NLP (1)
nls2 (1)
NMcalc (1)
NMdata (1)
NMF (13)
NMproject (1)
nmrec (1)
NMsim (1)
nnet (54)
NNgenesets (1)
NNLM (1)
nnls (5)
nnNorm (67)
nnSVG (122)
NNutils (1)
noctua (1)
NoiseFiltersR (0)
NOISeq (602)
nominatimlite (1)
NonCompart (1)
nondetects (62)
nonmem2R (1)
nonmem2rx (1)
nonmemica (1)
nonnest2 (1)
nor1mix (2)
NoRCE (55)
norm (1)
normalize450K (55)
NormalizerDE (1)
NormalyzerDE (173)
NormqPCR (168)
normr (139)
NORMT3 (1)
nortest (1)
notame (1)
Nozzle.R1 (1)
np (0)
NPARC (73)
npde (1)
npGSEA (70)
nphRCT (1)
npsurv (2)
NTW (63)
nucleoSim (61)
nucleR (87)
nuCpos (55)
nudge (15)
nullranges (181)
numbat (9)
numbers (1)
numDeriv (2)
NuPoP (75)
NxtIRFcore (11)
nycflights13 (1)

O

oaqc (1)
occugene (59)
oce (1)
OceanView (0)
OCplus (89)
octad (61)
od (1)
odbc (25)
oddsratio (0)
ODER (9)
odseq (68)
odyproteomicsValidator (0)
officedown (2)
officer (27)
OGRE (59)
OGSA (10)
OHCA (1)
oligo (1695)
oligoClasses (1720)
OLIN (103)
OLINgui (66)
OlinkAnalyze (1)
olsrr (1)
omada (47)
OmaDB (243)
omicade4 (172)
OmicCircos (189)
omicplotR (64)
omicRexposome (65)
omicsbase (0)
OmicsLonDA (17)
OmicsMarkeR (10)
omicsmarker (0)
OMICsPCA (68)
omicsPrint (65)
omicsViewer (53)
Omixer (58)
omnibus (1)
OmnipathR (565)
omopgenerics (1)
ompBAM (110)
ompr (1)
ompr.roi (1)
Onassis (13)
onbrand (1)
OncoBayes2 (1)
oncomarkerbase (1)
oncomix (56)
oncoscanR (57)
OncoScore (71)
OncoSimulR (66)
oneChannelGUI (24)
onechannelgui (0)
oneSENSE (22)
onlineFDR (48)
ontoCAT (14)
ontologyIndex (21)
ontologyPlot (1)
ontoProc (279)
ontoTools (8)
oompaBase (5)
oompaData (5)
opdisDownsampling (1)
openCyto (670)
openeo (1)
OpenMx (1)
openPrimeR (160)
openPrimeRui (65)
openssl (400)
OpenStats (50)
openxlsx (51)
openxlsx2 (1)
OperaMate (4)
operator.tools (1)
oposSOM (92)
oppar (69)
oppti (49)
optextras (1)
OptiLCMS (1)
optimalFlow (64)
optimParallel (1)
optimr (1)
optimx (11)
optmatch (3)
optparse (46)
optpart (1)
optweight (1)
OPWeight (57)
orca (1)
OrderedList (85)
orderedlist (1)
ordinal (3)
ore (1)
ORFhunteR (55)
ORFik (200)
org.Ag.eg.db (1)
org.At.tair.db (1)
org.Bt.eg.db (1)
org.Ce.eg.db (1)
org.Cf.eg.db (1)
org.Dm.eg.db (1)
org.Dr.eg.db (1)
org.Gg.eg.db (1)
org.Hs.eg.db (15)
org.Hs.eg.dB (1)
org.Hs.eg.db.html (0)
org.Mm.eg.db (13)
org.Mmu.eg.db (1)
org.Psativumv2.eg.db (1)
org.Pt.eg.db (1)
org.Rn.eg.db (10)
org.Sc.sgd.db (1)
org.Ss.eg.db (1)
org.Xl.eg.db (1)
Organism.dplyr (434)
OrganismDbi (3216)
oricvis (1)
orientlib (1)
origami (1)
orthogene (333)
Orthology.eg.db (1)
orthopolynom (1)
orthos (45)
OSAT (85)
OSCA (5)
OSCA.advanced (16)
OSCA.basic (19)
OSCA.intro (54)
OSCA.multisample (19)
OSCA.workflows (33)
Oscope (94)
oskeyring (1)
osmdata (10)
osprey (1)
osqo (1)
osqp (2)
OTUbase (72)
OutlierD (23)
outliers (1)
OUTRIDER (212)
OutSplice (50)
overlapping (1)
OVESEG (68)

P

PAA (73)
PACKAGE (1)
packcircles (1)
packer (1)
packFinder (64)
packrat (32)
pacman (1)
padma (58)
PADOG (291)
padr (1)
pagedown (2)
pageRank (57)
pagoda2 (0)
PAIRADISE (89)
paircompviz (68)
PairedData (1)
pairedGSEA (50)
pairkat (78)
pairseqsim (3)
pairwiseComparisons (0)
pak (3)
paletteer (8)
Palimpsest (0)
palmerpenguins (1)
palr (1)
pals (3)
pammtools (1)
pamr (8)
pan (2)
pandaR (132)
pander (3)
pandoc (1)
panelcn.mops (85)
panelr (1)
PAnnBuilder (21)
PanomiR (71)
panp (84)
PANR (63)
PanViz (44)
PanVizGenerator (13)
PAPi (22)
paquet (1)
paradox (1)
parallel (1)
parallelDist (1)
parallelly (171)
parallelMap (1)
parallely (1)
param6 (1)
parameters (12)
ParamHelpers (0)
parathyroidSE (1)
parcats (1)
PARdesign (1)
pareg (55)
parglms (56)
parody (110)
parquetize (1)
parrallely (1)
parsedate (3)
parsnip (16)
partCNV (40)
partitions (1)
party (57)
partykit (4)
pasilla (1)
PAST (51)
pastecs (1)
PASWR (1)
patch (1)
patchwork (66)
Path2PPI (64)
pathfindR.data (1)
pathifier (112)
PathInterpolatR (1)
pathlinkR (28)
PathNet (74)
PathoStat (123)
pathprint (9)
pathRender (74)
pathVar (23)
pathview (4489)
pathwayPCA (79)
pathways (1)
PathwaySplice (9)
PatientGeneSets (3)
PatientProfiles (1)
patientProfilesVis (1)
patrick (1)
paws (15)
paws.analytics (15)
paws.application.integration (15)
paws.common (110)
paws.compute (65)
paws.cost.management (15)
paws.customer.engagement (15)
paws.database (15)
paws.developer.tools (15)
paws.end.user.computing (15)
paws.machine.learning (15)
paws.management (15)
paws.networking (15)
paws.security.identity (15)
paws.storage (106)
paxtoolsr (98)
pbapply (37)
Pbase (14)
pbcmc (7)
pbdZMQ (2)
PBIR (0)
pbivnorm (1)
pbkrest (0)
pbkrtest (49)
pbmcapply (1)
pbmcref.SeuratData (1)
PBSddesolve (1)
PBSmapping (1)
pbv (1)
pcaExplorer (463)
pcaGoPromoter (19)
pcalg (1)
pcaMethods (5371)
PCAmixdata (1)
PCAN (63)
pcaPP (19)
PCAtools (1233)
PCDimension (1)
pch (1)
PCICt (1)
pcot2 (23)
PCpheno (22)
pcse (1)
pctGCdata (0)
pcxn (52)
pd.atdschip.tiling (0)
pd.clariom.s.human (1)
pd.hg.u133.plus.2 (0)
pd.hta.2.0 (1)
pd.mouse430.2 (0)
PDATK (136)
pdfCluster (1)
pdftools (8)
pdInfoBuilder (125)
pdist (1)
pdmclass (18)
pdp (1)
PeacoQC (236)
PeakcoQC (1)
peakPantheR (63)
peakPick (0)
pec (1)
PECA (71)
peco (52)
pedigree (0)
pedigreemm (1)
Pedixplorer (19)
pegas (1)
pegboard (0)
PEIP (1)
penalized (1)
pengls (44)
peperr (0)
PepSetTest (3)
PepsNMR (139)
pepStat (58)
Peptides (1)
pepXMLTab (65)
PERFect (34)
performance (11)
PerformanceAnalytics (1)
periodicDNA (51)
perm (9)
permimp (1)
permute (3)
perturbatr (9)
PFAM.db (12)
pfamAnalyzeR (257)
PFIM (1)
PFP (11)
PGA (14)
pga (0)
pgca (52)
pgirmess (1)
PGSEA (58)
pgUtils (5)
pgxRpi (24)
phangorn (2)
phantasus (201)
phantasusLite (51)
PharmacoGx (273)
pharmaRTF (1)
pharmaversesdtm (1)
pheatmap (1)
phemd (31)
phenoDist (16)
PhenoGeneRanker (43)
phenomis (59)
phenopath (91)
phenoTest (144)
PhenStat (66)
PheWAS (0)
philentropy (2)
philr (180)
PhIPData (102)
phonTools (1)
phosphonormalizer (53)
phosphoricons (7)
PhosR (116)
phyclust (1)
phylobase (1)
phylocanvas (0)
phylogram (0)
phylolm (1)
PhyloProfile (79)
phyloseq (5553)
phylosignal (1)
phylotools (0)
phyr (1)
phytools (6)
Pi (64)
piano (475)
pickgene (59)
PICS (124)
Pigengene (125)
pillar (69)
pim (0)
pimeta (1)
pinfsc50 (1)
PING (82)
pingr (10)
pins (21)
pint (16)
pio (0)
pipebind (1)
pipeComp (59)
pipeFrame (167)
pipeR (1)
PIPETS (22)
Pirat (4)
PIUMA (20)
pivotalPilars (1)
pivotalPillars (1)
pivotalReporters (1)
pixmap (10)
PK (1)
pkgbuild (132)
pkgcache (10)
pkgconfig (3)
pkgdepends (11)
pkgDepTools (30)
pkgdeptools (0)
pkgdown (102)
pkgKitten (1)
pkglite (1)
pkgload (302)
pkgmaker (2)
pkgpub (1)
pkgsearch (1)
PKI (5)
PKNCA (1)
PKPDdatasets (1)
PKPDmodels (1)
PKreport (1)
planet (199)
planttfhunter (72)
plasmut (36)
plateCore (20)
plethy (27)
plgem (121)
plier (124)
plm (1)
PLNmodels (1)
PloGO2 (59)
plogr (2)
plot3D (3)
plot3Drgl (0)
plotfunctions (1)
plotgardener (324)
plotGrouper (53)
plotly (130)
plotlyGeoAssets (1)
plotmm (0)
plotmo (2)
plotrix (13)
plotROC (1)
PLPE (66)
plpe (0)
plrs (17)
pls (3)
PLSDAbatch (35)
plumber (19)
plw (22)
plyinteractions (55)
plyr (147)
plyranges (1278)
PMA (1)
pmartR (1)
PMCMRplus (2)
pmforest (1)
pmm (63)
pmml (1)
pmp (118)
pmparams (1)
pmplots (1)
pmtables (1)
pmxTools (1)
png (44)
PoDCall (49)
podkat (67)
pogos (64)
poibin (1)
poilog (1)
pointblank (1)
PoissonSeq (0)
poLCA (1)
polspline (4)
Polychrome (0)
polyclip (89)
polycor (1)
polyCub (1)
polyester (125)
Polyfit (14)
polynom (4)
PolynomF (1)
polysat (0)
PolySTest (3)
POMA (132)
pool (9)
poolfstat (0)
poorman (1)
PopED (1)
poppr (1)
PossibilityCurves (2)
POST (10)
posterior (13)
PoTRA (9)
PowerExplorer (9)
poweRlaw (8)
powerTCR (357)
PowerTOST (1)
POWSC (65)
powsimR (1)
ppcor (1)
ppcseq (58)
PPInfer (176)
ppiStats (26)
pqsfinder (107)
prabclus (2)
pracma (28)
prada (31)
praise (1)
pram (60)
preAnomalyDetectionCredLife (1)
prebs (79)
PreciseSums (1)
preciseTAD (65)
PrecisionTrialDrawer (9)
precommit (1)
precrec (1)
PREDA (90)
prediction (1)
predictionet (18)
predint (1)
PReMiuM (0)
preproc.iquizoo (1)
preprocessCore (14253)
preprocesscore (0)
PreprocessCore (0)
preprocessorCore (1)
PresenceAbsence (0)
preseqR (1)
presser (1)
presto (1)
prestor (1)
prettycode (1)
prettydoc (1)
prettymapr (1)
prettyunits (178)
priceR (1)
primeviewcdf (2)
primeviewprobe (2)
primirTSS (61)
PrInCE (63)
princurve (1)
printr (1)
prioritylasso (1)
prismatic (4)
PRISMselector (1)
Prize (10)
proActiv (69)
probably (1)
proBAMr (61)
proBatch (25)
pROC (47)
PROcess (98)
processCore (0)
processx (278)
procoil (68)
ProCoNA (16)
procs (1)
proDA (246)
prodlim (43)
productplots (1)
proffer (1)
proFIA (17)
profile (0)
profileModel (1)
profileplyr (227)
profileScoreDist (54)
profmem (1)
profvis (28)
progeny (434)
ProgMan (1)
progress (105)
progressr (44)
proj (0)
PROJ (5)
proj4 (18)
ProjecTILs (0)
projectR (111)
projpred (1)
pRoloc (268)
pRolocdata (10)
pRolocGUI (94)
PROMISE (112)
promise (1)
promises (233)
prompt (1)
prompter (1)
PropCIs (1)
PROPER (93)
properties (1)
propr (1)
PROPS (59)
PROreg (1)
PROscorer (1)
PROscorerTools (1)
Prostar (87)
prostar (0)
prot2D (15)
proteasy (23)
proteinProfiles (58)
ProteoDisco (57)
ProteomicsAnnotationHubData (14)
proteomixr (1)
ProteoMM (84)
proteoQC (13)
protGear (58)
ProtGenerics (11977)
proto (1)
protoarrayr (1)
protolite (1)
protr (11)
protti (1)
protViz (1)
proxy (3)
proxyC (2)
PRROC (6)
pryr (13)
ps (292)
PSCBS (7)
pscl (2)
PSEA (44)
psichomics (79)
PSICQUIC (28)
PSMatch (999)
PsNR (1)
pspearman (1)
pspline (2)
psych (117)
psychometric (6)
psychotools (1)
psychotree (1)
psychTools (1)
psygenet2r (87)
ptairMS (52)
ptw (1)
PubChemR (1)
Publish (1)
PubScore (6)
PullReadAnalysisData (1)
pulsar (1)
pulsedSilac (7)
puma (108)
PupillometryR (1)
PureCN (167)
purr (0)
purrr (130)
purrrlyr (1)
pvac (65)
pvca (251)
pvclust (1)
Pviz (84)
pwalign (1822)
PWMEnrich (203)
pwOmics (162)
pwr (1)
pwrEWAS (24)
PwrGSD (1)
pxr (0)
pyinit (1)
pzfx (1)

Q

qap (13)
qbaDatabase (1)
qcc (1)
qckitfastq (71)
qcmetrics (106)
qcNvs (0)
QCvis (1)
qdapRegex (1)
qdapTools (1)
QDNAseq (378)
QDNAseq.hg19 (1)
QDNAseq.mm10 (1)
QFeatures (2034)
qgam (1)
qgraph (2)
qicharts (1)
qlcMatrix (16)
qmtools (56)
QNB (1)
qpcR (0)
qpcrNorm (75)
qpdf (3)
qpgraph (189)
qPLEXanalyzer (76)
qqconf (10)
qqman (3)
qqplotr (1)
qrcode (1)
qreport (1)
qrng (1)
qrnn (1)
qrqc (29)
qs (9)
QSARdata (1)
qsea (70)
qsmooth (187)
QSutils (98)
qsvaR (167)
qtl (1)
qtl2 (2)
QTLExperiment (43)
Qtlizer (57)
quadprog (2)
QUALIFIER (22)
qualifier (1)
qualityTools (1)
qualpalr (1)
quantable (1)
quanteda (1)
quantiseqr (459)
quantmod (12)
QuantPsyc (1)
quantreg (73)
quantro (360)
quantsmooth (625)
quarto (8)
QuartPAC (67)
QuasR (360)
QuaternaryProd (77)
QUBIC (147)
qubiGenestack (1)
questionr (2)
QuickJSR (5)
qusage (405)
qvalue (17557)
qvcalc (1)
qwraps2 (1)

R

r (1)
r-library-rags-stash (1)
r-limma (1)
R.cache (2)
R.devices (8)
R.filesets (8)
R.huge (7)
R.matlab (1)
R.methodsS3 (6)
R.oo (53)
R.rsp (1)
R.utils (104)
R2admb (1)
r2d2 (1)
r2d3 (1)
R2GUESS (1)
R2HTML (1)
R2jags (1)
R2OpenBUGS (1)
r2rtf (1)
R2wd (1)
R2WinBUGS (1)
R3CPET (61)
r3Cseq (93)
R453Plus1Toolbox (86)
R4RNA (642)
R6 (28)
rAccess (1)
radarchart (1)
radiant (1)
radiant.data (1)
radiant.model (1)
radiator (0)
RadioGx (67)
raer (42)
ragg (215)
RaggedExperiment (922)
RAIDS (44)
rain (98)
rainbow (10)
rama (22)
rAmCharts (1)
RamiGO (15)
ramr (49)
ramwas (131)
randomcoloR (6)
randomcolor (1)
RandomFields (0)
RandomFieldsUtils (0)
randomForest (4)
randomForestSRC (1)
randomizr (1)
randomNames (1)
RandomWalkRestartMH (99)
randPack (65)
randRotation (46)
randtests (1)
randtoolbox (1)
rangeModelMetadata (1)
ranger (14)
RankAggreg (1)
RankProd (296)
rankprod (1)
RANN (3)
rapiclient (1)
RApiDatetime (1)
rapidjsonr (1)
rapidoc (1)
RApiSerialize (8)
rappdirs (4)
rapportools (1)
RAREsim (46)
RareVariantVis (68)
Rariant (21)
rARPACK (6)
Rarr (145)
raster (22)
rasterVis (1)
ratelimitr (1)
RAthena (12)
rattle (1)
rawDiag (24)
rawrr (216)
rayimage (1)
rayrender (1)
rayvertex (1)
RbcBook1 (112)
Rbec (61)
rbenchmark (1)
RBesT (1)
RBGL (9505)
rbgl (1)
rbibutils (45)
rbioapi (4)
RBioFormats (135)
RBioinf (72)
rbioinfcookbook (1)
rBiopaxParser (172)
rbiopaxparser (1)
rBLAST (46)
RBM (65)
rbmi (1)
rbokeh (1)
Rbowtie (515)
Rbowtie2 (301)
rbsurv (79)
Rbwa (104)
Rcade (25)
Rcapture (1)
rcartocolor (1)
RCAS (148)
RCASPAR (58)
RccpTOML (1)
rcdk (11)
RCdk (0)
rcdklibs (12)
rcellminer (77)
rCGH (119)
Rcgmin (1)
rCharts (1)
Rchemcpp (17)
Rchoice (1)
RchyOptimyx (20)
RCircos (0)
RcisTarget (870)
RClickhouse (1)
rclipboard (7)
RCM (67)
rcmdcheck (15)
Rcmdr (1)
RcmdrMisc (1)
Rcollectl (30)
RColorBrewer (16)
rcompanion (1)
rcorpora (1)
Rcpi (121)
Rcpp (320)
rcpp (1)
RcppAlgos (1)
RcppAnnoy (40)
RcppArmadillo (218)
RcppCCTZ (1)
RcppClassic (0)
RcppDate (1)
RcppDE (1)
RcppDist (1)
RcppEigen (159)
RcppEnsmallen (1)
RcppGSL (4)
RcppHNSW (23)
RcppML (7)
RcppNumerical (1)
RcppParallel (22)
RcppProgress (1)
RcppRoll (4)
RcppSimdJson (34)
RcppSpdlog (1)
RcppThread (3)
RcppTOML (18)
RcppZiggurat (7)
Rcsdp (1)
RCSL (47)
RCurl (163)
RCurl.back (0)
Rcwl (108)
RcwlPipelines (106)
RCX (96)
RCy3 (967)
RCyjs (78)
RCytoscape (16)
Rd2roxygen (0)
rda (0)
RDAVIDWebService (37)
Rdbi (8)
RdbiPgSQL (5)
RDCOMClient (1)
rdd (1)
rdflib (1)
rDGIdb (82)
Rdimtools (1)
Rdisop (440)
rdocx (1)
Rdpack (46)
rdrop2 (1)
RDRToolbox (137)
Rdsdp (1)
reactable (3)
reactlog (1)
reactome.db (11)
ReactomeContentService4R (118)
ReactomeGraph4R (49)
ReactomeGSA (230)
ReactomePA (2493)
reactR (27)
readat (10)
readbitmap (1)
reader (1)
readJDX (1)
readODS (1)
ReadqPCR (213)
readr (115)
readstata13 (1)
readxl (73)
rearrr (1)
reb (20)
REBayes (1)
REBET (56)
rebook (141)
receptLoss (47)
recipes (57)
reclin (1)
recommenderlab (2)
reconsi (54)
recosystem (2)
recount (406)
recount3 (300)
recountmethylation (76)
recoup (63)
reda (1)
REddyProc (1)
RedeR (338)
RedisParam (47)
redland (1)
redoc (1)
REDseq (100)
redux (1)
RefFreeEWAS (1)
refinr (1)
RefManageR (1)
RefNet (17)
RefPlus (47)
refund (1)
RegEnrich (107)
reghelper (1)
regionalpcs (59)
RegionalST (53)
regioneR (2017)
regioneReloaded (59)
regionReport (136)
registry (1)
RegParallel (0)
regress (1)
regsplice (58)
regutools (80)
relaimpo (1)
relations (1)
reldist (9)
relimp (1)
relsurv (1)
remaCor (6)
rematch (92)
rematch2 (2)
remotes (145)
REMP (75)
renderthis (1)
rentrez (1)
renv (148)
Repitools (300)
report (2)
reporter (1)
ReporteRs (1)
ReporteRsjars (1)
reporting (1)
ReportingTools (687)
reposTools (2)
repr (4)
reprex (65)
repurrrsive (1)
RepViz (109)
ReQON (47)
reReg (1)
resample (0)
reshape (3)
reshape2 (6)
ResidualMatrix (3630)
RESOLVE (57)
Resourcerer (9)
ResourceSelection (1)
restfulr (9)
restfulSE (144)
reticulate (78)
retrofit (46)
ReUseData (55)
revealgenomics (1)
RevGadgets (1)
review (1)
rex (14)
rexposome (105)
rfaRm (48)
Rfast (17)
Rfast2 (1)
Rfastp (146)
rfcdmin (2)
Rfit (1)
rflowcyt (6)
RFOC (8)
rfPred (63)
rGADEM (310)
RGalaxy (23)
rgbif (1)
RGCCA (0)
rgdal (20)
rGenomeTracks (51)
rgenoud (1)
rgeos (18)
rgexf (1)
Rgin (9)
rgl (3)
Rglpk (1)
rglwidget (1)
RGMQL (54)
rgnparser (1)
RgnTX (49)
RgoogleMaps (6)
rgoslin (82)
rgr (1)
RGraph2js (61)
Rgraphviz (9918)
rgraphviz (2)
rGREAT (665)
RGSEA (74)
rgsepd (55)
rhandsontable (3)
rhdf5 (20040)
Rhdf5 (1)
rhdf5client (158)
rhdf5filters (19397)
Rhdf5lib (24393)
rhino (8)
Rhisat2 (227)
RhpcBLASctl (2)
Rhtslib (25065)
rhtslib (2)
rhub (3)
rHVDM (19)
rhvdm (0)
RiboCrypt (57)
RiboDiPA (55)
RiboProfiling (97)
ribor (53)
riboSeq (0)
riboSeqR (64)
ribosomeProfilingQC (86)
rice (1)
RIdeogram (0)
ridigbio (2)
riem (1)
rifi (50)
rifiComparative (47)
RImmPort (50)
Ringo (285)
RInside (0)
Rintact (3)
rintrojs (3)
rio (13)
RIPAT (26)
RIPSeeker (31)
Risa (146)
RISCA (1)
riskmetric (1)
riskRegression (1)
RITAN (76)
ritis (1)
RItools (1)
RIVER (59)
riverplot (1)
rj (1)
rj.gd (1)
rjags (1)
rJava (104)
RJDBC (1)
RJMCMCNucleosomes (63)
rjson (18)
rjsoncons (1)
RJSONIO (16)
Rlab (0)
Rlabkey (1)
rlang (453)
rlaR (1)
RLassoCox (60)
rle (0)
rlecuyer (1)
rlemon (1)
rlist (1)
rlistings (2)
RLMM (62)
RLRsim (1)
RLSeq (31)
rly (0)
RMAGEML (5)
Rmagic (1)
Rmagpie (76)
RMAPPER (7)
rmapshaper (1)
RMariaDB (18)
rmarkdown (340)
RMassBank (111)
rmassbank (1)
rMAT (18)
rmatio (1)
rmcorr (1)
rmdformats (1)
rmelting (68)
rmeta (1)
rminer (1)
rmint.sdtm (1)
rmio (1)
RmiR (21)
rMisbeta (1)
Rmisc (1)
Rmmquant (61)
Rmpfr (15)
Rmpi (1)
rms (4)
rmsb (1)
rmspc (65)
RMTstat (0)
rmutil (1)
rMVP (1)
RMySQL (4)
RNAAgeCalc (75)
RNAdecay (44)
rnaEditr (62)
RNAi (1)
RNAinteract (86)
RNAither (24)
RNAmodR (118)
RNAmodR.AlkAnilineSeq (67)
RNAmodR.Data (1)
RNAmodR.ML (60)
RNAmodR.RiboMethSeq (69)
RNAprobR (11)
RNAsense (50)
rnaseqcomp (68)
RNAseqCovarImpute (40)
rnaseqGene (1)
RnaSeqGeneEdgeRQL (2)
rnaSeqMap (23)
RNASeqPower (159)
RNAseqQC (1)
RNASeqR (10)
RnaSeqSampleSize (101)
rnaturalearth (2)
rnaturalearthdata (1)
RnBeads (292)
RnBeads.hg19 (6)
RnBeads.hg38 (6)
RnBeads.mm10 (6)
RnBeads.mm9 (6)
RnBeads.rn5 (6)
rncl (1)
RNetCDF (3)
RNeXML (1)
rngtools (2)
rngWELL (1)
RNifti (1)
Rnits (61)
rnoaa (1)
RNOmni (1)
roak (1)
roar (69)
roastgsa (41)
robfilter (2)
RobinCar (1)
RobStatTM (1)
robumeta (1)
robust (17)
robustbase (31)
robustlmm (1)
ROC (1083)
ROCit (1)
ROCpAI (48)
ROCR (2)
RODBC (4)
ROI (1)
ROI.plugin.glpk (1)
ROI.plugin.lpsolve (1)
RolDE (54)
Roleswitch (20)
roleswitch (1)
Rolexa (13)
roll (2)
rols (466)
roma (1)
ROntoTools (218)
Rook (0)
rootSolve (14)
ropls (1240)
roptim (1)
ROracle (1)
ROSE (1)
ROSeq (58)
rosettR (0)
rotl (2)
ROTS (218)
round (1)
roxygen (1)
roxygen2 (160)
RPA (113)
rpact (1)
rpart (69)
rpart.plot (1)
RPEGLMEN (1)
RPEIF (1)
RPESE (1)
rpf (1)
RPMG (8)
RPostgres (77)
RPostgreSQL (3)
RPresto (1)
rprimer (78)
rprintf (1)
rprojroot (160)
rpromis (1)
RProtoBuf (1)
RProtoBufLib (2736)
rpsftm (1)
RpsiXML (27)
RPtests (1)
RPushbullet (1)
rpx (303)
Rqc (268)
rqt (51)
rqubic (91)
rr2 (1)
rrapply (1)
rrBLUP (1)
rrcov (21)
rrcovNA (1)
rRDP (72)
Rredland (3)
rredlist (1)
RRHO (95)
RRPP (1)
rrsq (1)
rrvgo (524)
rsample (22)
Rsamtools (23929)
rsamtools (0)
rsatscan (1)
rsbml (159)
RSclient (1)
rsconnect (40)
rScudo (57)
RSEIS (8)
RSelenium (2)
rsemmed (48)
RSeqAn (99)
Rserve (1)
rSFFreader (13)
RSiena (1)
rslurm (0)
rsm (1)
Rsmlx (1)
Rsmlx.1 (0)
Rsmlx.2 (0)
RSNNS (0)
RSNPper (4)
rsnps (1)
Rsolnp (2)
rsparkling (1)
rsparse (1)
RSpectra (34)
Rspectra (1)
rspm (1)
RSQLite (200)
Rssa (0)
RsSimulx (0)
RsSimulx.1 (0)
rstan (16)
rstanarm (1)
rstanemax (1)
rstantools (13)
rstatix (23)
rstpm2 (1)
rstudio (1)
rstudioapi (152)
Rsubread (2266)
rsvd (9)
rsvg (3)
RSVSim (72)
rSWeeP (54)
Rsymphony (1)
rtables (5)
rTANDEM (22)
RTCA (69)
RTCGA (560)
RTCGAToolbox (557)
rtdists (1)
rtf (1)
rticles (1)
rtkore (1)
RTN (181)
RTNduals (90)
RTNsurvival (66)
RTools4TB (3)
RTopper (69)
Rtpca (67)
rtracklayer (21641)
Rtreemix (72)
rTRM (178)
rTRMui (67)
Rtsne (28)
Rttf2pt1 (2)
rtweet (7)
rubasic (1)
Ruchardet (0)
rugarch (3)
runibic (80)
RUnit (10)
runjags (1)
runner (3)
runonce (0)
Runuran (1)
ruODK (1)
rusinglecell (1)
Ruuid (7)
ruv (1)
RUVcorr (63)
RUVnormalize (76)
RUVSeq (941)
RUVseq (0)
RVAideMemoire (1)
Rvcg (1)
rvcheck (3)
RVenn (0)
RVerbalExpressions (1)
rversions (33)
rvertnet (1)
rvest (143)
rvg (1)
Rvisdiff (42)
Rvmmin (1)
RVS (56)
RVtests (0)
Rwave (7)
RWebServices (7)
RWiener (1)
rWikiPathways (400)
rworldmap (1)
RxODE (1)
rxode2 (1)
rxode2et (1)
rxode2ll (1)
rxode2parse (1)
rxode2random (1)
Ryacas (1)
rzmq (2)

S

s2 (47)
S4Arrays (38743)
S4Vectors (56916)
s4vectors (0)
S4vectors (1)
saemix (1)
safe (654)
safeBinaryRegression (1)
safetyData (1)
safetyexploreR (1)
safetyMarginCalculation (0)
SAGElyzer (4)
sagenhaft (64)
SAGx (27)
SAIGEgds (92)
samExploreR (10)
sampleClassifier (71)
sampleSelection (1)
sampling (1)
samr (6)
SamSPECTRAL (155)
sandwich (11)
sangeranalyseR (185)
sangerseqR (941)
SANTA (56)
santoku (1)
sapFinder (18)
saps (3)
SARC (41)
sarks (49)
sas7bdat (1)
saseR (30)
sasLM (1)
SASmixed (1)
sass (288)
sassy (1)
SASxport (1)
satchel (1)
satellite (3)
satuRn (276)
SAVER (1)
savR (25)
SBGNview (207)
SBGNview.data (1)
sbgr (2)
SBMLR (75)
SC3 (376)
sc3 (0)
scagnostics (1)
Scale4C (68)
ScaledMatrix (12301)
scales (123)
scAlign (16)
scalreg (1)
scam (1)
SCAN.UPC (159)
scanMiR (91)
scanMiRApp (54)
scAnnotatR (178)
SCANVIS (65)
SCArray (86)
SCArray.sat (54)
SCATE (68)
scater (7196)
scatterD3 (1)
scatterHatch (50)
scattermore (18)
scatterpie (28)
scatterplot3d (17)
scBFA (62)
SCBN (91)
scBubbletree (57)
scCB2 (59)
scClassifR (4)
scClassify (79)
scclusteval (0)
sccomp (106)
sccore (1)
sccs (0)
scCustomize (2)
scda (1)
scda.2021 (1)
scda.2022 (1)
scDataviz (82)
scDblFinder (1512)
ScDblFinder (1)
scDC (0)
scDD (139)
scDDboost (54)
scde (363)
scDesign3 (59)
scDotPlot (4)
scds (516)
SCENIC (1)
sceptre (1)
SCFA (48)
scFeatureFilter (55)
scFeatures (67)
scfind (8)
scGate (1)
scGPS (86)
scGSVA (1)
schex (231)
schoolmath (1)
scHOT (67)
scico (1)
scidb (0)
scider (46)
scifer (57)
Scillus (0)
scImpute (1)
ScISI (29)
scistreer (9)
scJonas (1)
scLinear (0)
scMAGeCK (8)
scmap (244)
scMerge (562)
scMET (51)
scmeth (73)
scMitoMut (19)
scMultiSim (19)
SCnorm (110)
scone (115)
Sconify (60)
SCOPE (67)
SCopeLoomR (1)
scoreInvHap (65)
scoringRules (1)
scp (175)
SCP (1)
scPCA (93)
scPipe (140)
scplot (1)
scran (4823)
scReClassify (64)
scRecover (59)
screenCounter (47)
ScreenR (47)
scRepertoire (428)
scrime (6)
scRNAseq (1)
scRNASeq.spatial (0)
scRNAseqApp (68)
scruff (73)
scry (236)
scrypt (5)
scs (1)
scShapes (48)
scsR (18)
scTensor (128)
scTGIF (198)
scTHI (49)
SCtools (1)
sctransform (18)
scTreeViz (54)
sctrnasform (1)
scuttle (9816)
scviewer (0)
scviR (51)
sda (1)
SDAMS (60)
sdmpredictors (1)
SDMTools (1)
sdpR (1)
sdtmchecks (1)
seahtrue (2)
sechm (158)
secretbase (4)
secrets (1)
see (3)
seewave (0)
segmented (25)
segmenter (68)
segmentSeq (82)
selectKSigs (54)
selectr (1)
SELEX (67)
sem (0)
SemDist (56)
semEff (1)
semisup (54)
SemSim (4)
semsim (0)
semTools (1)
sen2r (0)
sendmailR (2)
sensemakr (1)
sensitivity (1)
sensobol (1)
SEPA (8)
SEPIRA (24)
seq.hotSPOT (42)
seq2pathway (170)
seqArchR (84)
seqArchRplus (57)
SeqArray (929)
seqArray (1)
seqbias (74)
seqCAT (69)
seqCNA (43)
seqcombo (60)
SeqGate (55)
SeqGSEA (192)
seqinr (13)
seqLogo (3795)
seqlogo (0)
seqmagick (1)
seqminer (12)
Seqnames (0)
seqPattern (734)
seqplots (18)
seqsetvis (83)
SeqSQC (140)
seqTools (125)
sequenza (1)
SeqVarTools (449)
seriation (24)
SeruatObject (1)
servr (6)
sesame (791)
sesameData (1)
sessioninfo (15)
set (1)
set6 (1)
SEtools (186)
setRNG (1)
sets (1)
settings (1)
seurat (1)
Seurat (53)
SeuratData (1)
SeuratDisk (1)
SeuratObject (40)
SeuratWrapper (1)
SeuratWrappers (1)
sevenbridges (71)
sevenC (57)
sf (43)
sfheaders (21)
sfsmisc (4)
sftime (1)
SGCP (151)
sgeostat (1)
SGP (1)
SGSeq (324)
shadowtext (27)
shape (52)
shapefiles (1)
shapes (1)
shapr (0)
SharedObject (159)
ShatterSeek (0)
SHELF (1)
shinipsum (1)
shiny (285)
shiny.fluent (1)
shiny.gosling (28)
shiny.react (2)
shiny.router (1)
shiny.semantic (1)
shinyAce (1)
shinyalert (11)
shinyauth (1)
shinyauthr (1)
shinyBS (9)
shinybusy (16)
shinycssloaders (4)
shinydashboard (3)
shinydashboardPlus (14)
shinydisconnect (3)
shinyEffects (1)
shinyepico (71)
shinyfeedback (0)
shinyFeedback (1)
shinyFiles (13)
shinyglide (1)
shinyhelper (6)
ShinyItemAnalysis (10)
shinyjqui (1)
shinyjs (6)
shinyloadtest (1)
shinyLP (2)
shinymanager (3)
shinyMatrix (1)
shinyMethyl (119)
shinyMobile (1)
shinypanel (7)
shinyscreenshot (4)
shinySelect (0)
shinystan (1)
shinyTANDEM (17)
shinytest (1)
shinytest2 (17)
shinythemes (2)
shinytoastr (1)
shinyTree (3)
Shinyusagelogr (1)
shinyvalidate (52)
shinyWidgets (105)
ShortRead (6338)
shortread (0)
showimage (1)
showtext (2)
showtextdb (1)
SIAMCAT (126)
SICtools (51)
SID (1)
sidap (0)
sigaR (20)
SigCheck (65)
sigclust (1)
sigFeature (228)
Sigfried (1)
SigFuge (67)
siggenes (3498)
sights (60)
Signac (14)
signac (1)
signal (1)
signature.tools.lib (0)
signature.tools.lib.back (0)
signature.tools.lib.v2.1 (0)
signature.tools.lib.v2.1.2 (0)
signatureSearch (233)
signeR (82)
signet (8)
signifinder (54)
SignifReg (0)
sigPathway (35)
sigpathway (1)
SigsPack (57)
sigsquared (59)
SIM (70)
SIMAT (62)
SimBindProfiles (54)
SimBu (116)
SimComp (1)
SIMD (56)
SimDesign (1)
simex (1)
SimFFPE (50)
similaRpeak (65)
SimInf (1)
SIMLR (249)
simmer (1)
SimMultiCorrData (1)
simona (64)
simpar (1)
simPIC (19)
simpleaffy (104)
simplermarkdown (1)
simpleSeg (71)
simpleSingleCell (0)
simplifyEnrichment (826)
simputation (1)
simr (1)
simresults (1)
SimSeq (0)
simsurv (1)
simul (1)
simulatorAPMS (4)
simulatorZ (13)
sincell (66)
single (45)
SingleCellAlleleExperiment (36)
SingleCellExperiment (15346)
SingleCelLExperiment (0)
SingleCellSignalR (260)
singleCellTK (294)
SingleMoleculeFootprinting (63)
SingleR (4117)
singleR (0)
SingleRBook (2)
singscore (1413)
SiPSiC (51)
sirnakit (1)
SIS (1)
siscreener (1)
SISPA (22)
sitadela (52)
sitePath (60)
sitmo (9)
sizepower (77)
SJava (6)
sjlabelled (1)
sjmisc (1)
sjPlot (1)
sjstats (1)
SKAT (12)
sketchR (34)
SkewHyperbolic (2)
skewr (54)
skewt (1)
skimr (1)
skmeans (1)
slackr (1)
slalom (150)
slam (6)
sleuth (1)
SLGI (26)
slickR (0)
slider (17)
slingshot (1493)
slinky (8)
sloop (1)
slopeR (1)
SLqPCR (72)
sm (1)
smacof (1)
SMAD (54)
SMAP (48)
smartdata (0)
SmartEDA (1)
smartid (32)
smcfcs (1)
smfishHmrf (1)
SMITE (63)
smldesign (1)
smooth (1)
smoothclust (26)
smoother (1)
smoothHR (0)
smotefamily (1)
SMVar (8)
sn (14)
sna (2)
SNAData (2)
SNAGEE (64)
snakecase (22)
SnapATAC (0)
snapCGH (104)
snapcount (61)
snifter (137)
snm (173)
snow (11)
SnowballC (4)
snowfall (1)
snpar (1)
SNPchip (28)
SNPediaR (56)
SNPhood (67)
SNPlocs.Hsapiens.dbSNP151.GRCh38 (0)
snpMatrix (11)
snpmatrix (1)
SNPRelate (1627)
snpStats (2283)
SOAR (0)
sodium (12)
softImpute (1)
soGGi (349)
soilDB (1)
sojourner (13)
solrium (1)
solvebio (1)
som (1)
SomaDataIO (2)
SomatiCA (14)
SomaticSignatures (184)
SomaVarDB (0)
SOMbrero (1)
sommer (1)
SOMNiBUS (61)
sortable (6)
sos (1)
soundecology (0)
SoupX (1)
sourcetools (40)
sp (93)
spacefillr (1)
SpaceMarkers (19)
SpacePAC (105)
spacetime (2)
spacexr (1)
SPACox (0)
spacrt (1)
spade (13)
spam (6)
spam64 (1)
spaMM (1)
Spaniel (82)
sparkline (1)
sparklyr (12)
SPARQL (1)
sparrow (208)
SparseArray (33037)
sparsebn (1)
sparsebnUtils (1)
sparseDOSSA (33)
SparseGrid (1)
SparseM (40)
sparseMatrixStats (15611)
sparsematrixstats (2)
sparsenetgls (52)
sparsepca (1)
SparseSignatures (63)
sparsesvd (18)
spaSim (64)
spatial (36)
SpatialCPie (77)
spatialDE (108)
SpatialDecon (197)
SpatialEpi (1)
SpatialExperiment (2662)
spatialexperiment (1)
SpatialFeatureExperiment (155)
spatialHeatmap (213)
SpatialOmicsOverlay (70)
spatialreg (1)
spatstat (5)
spatstat.core (14)
spatstat.data (28)
spatstat.explore (35)
spatstat.geom (40)
spatstat.linnet (4)
spatstat.model (4)
spatstat.random (39)
spatstat.sparse (24)
spatstat.univar (1)
spatstat.utils (27)
spatsurv (1)
spatzie (49)
spd (1)
spData (11)
spdata (1)
spdep (4)
spec (1)
speckle (183)
specL (66)
SpeCond (79)
spectacles (1)
Spectra (1932)
SpectralTAD (84)
speedglm (1)
SPEI (1)
spelling (3)
SPEM (85)
spgs (1)
SPIA (645)
SPIAT (120)
spicyR (186)
SpidermiR (73)
spikeLI (56)
spiky (48)
spillR (24)
spkTools (64)
splancs (10)
splatter (464)
splicegear (19)
spliceR (19)
spliceSites (19)
SpliceWiz (104)
SplicingFactory (47)
SplicingGraphs (98)
splines (1)
splines2 (1)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (75)
SPLINTER (66)
splitstackshape (1)
splitTools (1)
splots (215)
spls (1)
splus2R (3)
spocc (1)
SPONGE (53)
spoon (21)
SpotClean (92)
SPOTlight (248)
spotSegmentation (18)
SpotSweeper (19)
SPP (1)
spp (1)
spqn (51)
spsComps (0)
SPsimSeq (184)
SQLDataFrame (55)
sqldf (1)
SqlRender (1)
SQUADD (46)
squallms (3)
SQUAREM (2)
sRACIPE (68)
SRAdb (429)
sradb (1)
sRAP (19)
SRGnet (10)
srnadiff (66)
sROC (0)
ssanv (1)
sscore (34)
sscu (55)
SSDM (1)
sSeq (180)
ssh (1)
ssh.utils (0)
ssize (102)
sSNAPPY (156)
SSPA (75)
ssPATHS (49)
ssrch (82)
ssviz (63)
stable (1)
stabledist (1)
StabMap (1)
stabs (1)
stageR (181)
stam (4)
STAN (19)
standR (127)
StanHeaders (18)
staRank (68)
StarBioTrek (46)
stargazer (1)
Starr (21)
stars (7)
starter (1)
startup (5)
startupmsg (1)
StatCharrms (1)
STATegRa (66)
Statial (71)
statip (1)
statmod (3)
statnet (0)
statnet.common (2)
stats (1)
stats4 (1)
statsExpressions (3)
statTarget (101)
STdeconvolve (138)
stdmchecks (1)
stdReg (1)
stepNorm (64)
stepwiseCM (15)
stevedore (0)
sticky (0)
stinepack (3)
stJoincount (64)
stopwords (1)
storr (1)
strandannotate (1)
strandCheckR (58)
strawr (1)
Streamer (72)
strex (1)
string (1)
STRINGdb (1202)
stringdist (21)
stringfish (7)
stringi (344)
stringr (203)
striprtf (1)
STROMA4 (30)
strucchange (1)
struct (154)
Structstrings (161)
structToolbox (113)
StructuralVariantAnnotation (227)
structuralvariantannotation (1)
stxBrain.SeuratData (1)
styler (67)
SubCellBarCode (60)
subplex (1)
subselect (1)
subSeq (73)
SUITOR (45)
SummarizedBenchmark (45)
SummarizedExperiment (39016)
summarizedExperiment (1)
summarytools (1)
Summix (50)
sunburstR (0)
superheat (0)
SuperLearner (1)
superpc (1)
supersigs (99)
SuppDists (1)
supraHex (476)
surfaltr (47)
SurfR (20)
survClust (5)
survcomp (1181)
surveillance (1)
survex (1)
survey (5)
survival (222)
survivalROC (1)
survminer (3)
survMisc (2)
survMS (1)
survPen (1)
survPresmooth (1)
survtmle (1)
survtype (57)
Sushi (60)
susieR (20)
sva (7400)
svaNUMT (63)
SVAPLSseq (9)
svaRetro (62)
svd (1)
svDialogs (1)
svglite (31)
svGUI (1)
SVM2CRM (9)
SVMDO (111)
svMisc (1)
svUnit (1)
swagger (1)
swamp (1)
SWATH2stats (64)
SwathXtend (72)
swfdr (70)
Swiffer (1)
SwimR (14)
swirl (1)
switchBox (123)
switchde (61)
sybil (1)
sybilGUROBI (1)
sybilSBML (1)
sylly (1)
sylly.en (1)
symengine (1)
symphony (1)
synapser (1)
synapsis (45)
synapter (144)
synbreed (1)
synergyfinder (206)
SynExtend (59)
synlet (54)
SynMut (54)
syntenet (128)
Synth (1)
sys (111)
sysfonts (2)
systemfit (1)
systemfonts (284)
systemPipeR (1190)
systempiper (1)
systemPipeRdata (0)
systemPipeShiny (67)
systemPipeTools (61)
syuzhet (1)

T

table1 (2)
tableHTML (1)
tableone (1)
tables (2)
tabulizer (1)
tabulizerjars (1)
tadar (55)
TADCompare (84)
TailRank (5)
tanggle (66)
TAPseq (66)
tarchetypes (6)
target (59)
TargetDecoy (61)
targets (9)
TargetScore (75)
TargetSearch (80)
targetsearch (0)
TarSeqQC (17)
taskscheduleR (1)
TauStar (1)
taxize (1)
taxonomizr (1)
TBSignatureProfiler (72)
TCC (212)
TCCGUI (1)
TCGAbiolinks (3858)
TCGAbiolinksGUI (27)
TCGAbiolinksGUI.data (1)
TCGAplot (1)
TCGAutils (855)
tcltk (1)
tcltk2 (1)
tclust (1)
TCseq (187)
TDARACNE (23)
TDbasedUFE (78)
TDbasedUFEadv (57)
TeachingDemos (2)
teal (1)
teal.builder.modules (1)
teal.code (1)
teal.data (2)
teal.goshawk (1)
teal.logger (1)
teal.modules.clinical (1)
teal.modules.general (1)
teal.modules.sanofi (1)
teal.osprey (1)
teal.reporter (1)
teal.slice (2)
teal.transform (1)
teal.widgets (1)
TEKRABber (154)
templater (1)
tensor (1)
tensorA (11)
tensorflow (19)
TENxIO (55)
TENxPBMCData (1)
tenXplore (51)
TEQC (84)
tergm (0)
tern (2)
tern.gee (2)
tern.mmrm (1)
tern.rbmi (1)
ternarynet (61)
terra (40)
terraTCGAdata (66)
tesseract (1)
tester (1)
testit (1)
testthat (292)
texreg (2)
text2vec (1)
textfeatures (1)
textrecipes (1)
textshape (1)
textshaping (167)
TFARM (55)
tfautograph (1)
TFBSTools (3442)
tfbstools (0)
tfdatasets (1)
TFEA.ChIP (77)
TFHAZ (60)
TFisher (1)
TFMPvalue (8)
tfrmt (1)
tfruns (14)
tfse (1)
TFutils (86)
tgp (1)
tgxWebservices (0)
TH.data (100)
thematic (6)
themeSanofi (1)
themis (1)
this.path (1)
threejs (1)
ThresholdROC (1)
tibbke (1)
tibble (69)
tictoc (9)
tidybayes (1)
tidybulk (277)
tidycensus (19)
tidyclust (1)
tidycmprsk (1)
tidyCoverage (22)
tidydr (1)
tidyFlowCore (5)
tidyfst (1)
tidygraph (35)
tidyHeatmap (1)
tidyjson (0)
tidylog (1)
tidymodels (16)
tidyomics (33)
tidyposterior (1)
tidypredict (1)
tidyproject (1)
tidyproteomics (1)
tidyquant (1)
tidyr (221)
tidyrules (1)
tidyselect (194)
tidySEM (1)
tidyseurat (1)
tidySingleCellExperiment (217)
tidySpatialExperiment (28)
tidySummarizedExperiment (366)
tidytable (1)
tidyterra (2)
tidytext (5)
tidytlg (0)
tidytree (46)
tidyTree (1)
tidyverse (21)
tidyvpc (1)
tidyxl (1)
tiff (4)
tigre (84)
tigris (19)
tikzDevice (1)
tiledb (1)
TileDBArray (62)
tiledbsoma (1)
tilingArray (153)
timechange (161)
timecourse (84)
timeDate (38)
timeOmics (86)
TimeProjection (1)
timereg (1)
TimerQuant (0)
timescape (82)
timeSeries (9)
TimeSeriesExperiment (12)
timetk (2)
TimiRGeN (51)
Timma (1)
TIN (57)
TINC (0)
tinkr (0)
tinysnapshot (1)
tinytable (1)
tinytest (1)
tinytex (360)
tippy (1)
tis (1)
TissueEnrich (212)
TitanCNA (88)
titanic (1)
tkrgl (0)
tkrplot (1)
tkWidgets (1313)
tkwidgets (1)
tldrm (1)
TLMoments (1)
tLOH (50)
tm (4)
tmap (1)
TMB (35)
tmcn (1)
TMixClust (76)
tmle (2)
tmvnsim (1)
tmvtnorm (1)
TNBC.CMS (45)
TNO (1)
TNRS (1)
TnT (36)
TOAST (397)
toastui (1)
tofsims (12)
tokenizers (4)
tokupika (1)
tolerance (1)
tomoda (54)
tomoseqr (49)
tools (1)
toOrdinal (1)
TOP (50)
ToPASeq (12)
topconfects (177)
topdownr (81)
topGO (3032)
topgo (0)
topicmodels (1)
topr (2)
torch (1)
tornado (1)
ToxicoGx (70)
Tplyr (2)
TPP (105)
TPP2D (57)
tpSVG (20)
tracee (1)
tracktables (144)
trackViewer (523)
trackviewer (1)
tradeSeq (515)
tradeseq (1)
traits (1)
TrajectoryGeometry (45)
TrajectoryUtils (1960)
tram (1)
TraMineR (0)
transcriptogramer (69)
transcriptR (77)
transformGamPoi (79)
transformr (1)
transite (67)
translations (1)
tRanslatome (179)
transmogR (21)
transomics2cytoscape (63)
transport (1)
TransView (64)
TraRe (7)
traseR (60)
Travel (4)
traviz (61)
tree (1)
TreeAndLeaf (137)
treeclimbR (21)
treeio (20024)
treekoR (60)
treemap (1)
treemapify (1)
treespace (1)
TreeSummarizedExperiment (1800)
TREG (49)
trena (29)
TReNA (2)
trendeval (1)
Trendy (64)
TRESS (98)
triangle (1)
tricycle (242)
triebeard (4)
triform (22)
trigger (71)
trimcluster (0)
trio (109)
tripack (1)
triplex (73)
tripr (52)
tRNA (146)
tRNAdbImport (121)
tRNAscanImport (78)
TRONCO (79)
trtf (1)
truncdist (1)
truncnorm (5)
truncreg (1)
trust (0)
tryCatchLog (1)
TSAR (37)
TSCAN (657)
tscR (14)
tseries (9)
tseriesChaos (0)
tsfeatures (3)
tsibble (1)
tsibbledata (1)
tsModel (1)
tsna (0)
tsne (2)
tsoutliers (1)
TSP (17)
tspair (24)
TSRchitect (15)
TSSi (20)
tsvio (1)
ttdo (0)
ttgsea (88)
TTMap (61)
TTR (6)
ttservice (1)
tufte (1)
tune (16)
tuneR (0)
tuneRanger (1)
TurboNorm (73)
Turnover.cells.pSILAC.TMT (1)
TVTB (70)
twang (1)
twangContinuous (1)
tweeDEseq (153)
tweedie (1)
tweenr (30)
twilight (117)
twoddpcr (61)
TwoSampleMR (0)
twosamples (1)
txcutr (51)
TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene (6)
TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene (1)
TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.ensGene (0)
TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene (6)
TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene (1)
txdbmaker (1237)
tximeta (1121)
tximport (3421)
tximportDat (1)
tximportData (1)
TxRegInfra (10)
txtq (1)
TypeInfo (61)
tzdb (60)

U

uatools (0)
UCell (1409)
uchardet (1)
ucminf (4)
UCSC.utils (11677)
udunits2 (0)
ufs (1)
Ularcirc (69)
umap (13)
UMI4Cats (64)
unbalanced (0)
uncoverappLib (63)
UNDO (72)
Unicode (1)
unifiedWMWqPCR (48)
unigd (1)
UniProt.ws (426)
uniqueAtomMat (0)
Uniquorn (63)
unitizer (1)
units (49)
universalmotif (621)
unix (1)
unmarked (1)
unrtf (1)
updateObject (47)
UPDhmm (18)
UpSetR (1)
uqot (1)
urca (7)
urlchecker (1)
urltools (1)
uroot (0)
usdm (1)
useful (1)
usethis (154)
usmap (1)
usmapdata (1)
uSORT (64)
UTAR (0)
utf8 (221)
utils (1)
utilsRmd (1)
utilsStuff (1)
uuid (219)
uwot (97)

V

V.PhyloMaker2 (1)
V8 (34)
VAExprs (50)
validate (1)
valr (1)
VAM (1)
VanillaICE (237)
vaplot (1)
vapour (0)
VarCon (49)
variables (1)
variancePartition (952)
VariantAnnotation (12351)
variantannotation (1)
VariantExperiment (51)
VariantFiltering (97)
VariantTools (177)
VariantWarehouseBMS (1)
varImp (1)
vars (1)
vasp (4)
VaSP (62)
vaultr (1)
vbmp (93)
VBsparsePCA (1)
vcd (3)
VCFArray (66)
vcfR (1)
vcr (1)
vctrs (280)
vdbR (0)
vdiffr (3)
VDJdive (54)
Vega (17)
VegaMC (62)
vegan (13)
vegawidget (1)
velociraptor (135)
velocyto.R (1)
veloviz (52)
vembedr (1)
vendormetadatahelpers (1)
venn (10)
VennDetail (251)
VennDiagram (1)
venneuler (0)
VERSO (51)
VGAM (16)
VGAMextra (1)
vhydeg (0)
VIBER (0)
vidger (116)
VIM (1)
vimp (1)
VineCopula (1)
vioplot (0)
vip (1)
viper (718)
vipor (14)
viridis (194)
viridisLite (83)
viridislite (0)
virtualArray (8)
visdat (1)
ViSEAGO (134)
VisiumIO (22)
visNetwork (4)
visR (1)
vissE (100)
vistime (31)
vitae (1)
Voyager (159)
vpc (1)
VplotR (60)
vroom (151)
vscDebugger (1)
vsclust (56)
vsn (5282)
vtpnet (85)
vulcan (71)

W

WA43966.shareR.3043877 (1)
waddR (54)
waffle (1)
waiter (12)
wakefield (1)
waldo (153)
wallace (1)
warp (15)
wateRmelon (802)
wavClusteR (69)
waveslim (1)
waveTiling (22)
wdm (1)
wdman (2)
weaver (71)
webbioc (74)
webchem (1)
webdriver (1)
webfakes (1)
WebGestaltR (1)
webmockr (1)
webp (1)
webshot (30)
webshot2 (3)
websocket (5)
webutils (1)
WeightIt (2)
weights (3)
WeightSVM (0)
weitrix (57)
WES.1KG.WUGSC (0)
wesanderson (1)
WGCNA (13)
WGScan (0)
WGSmapp (1)
whereami (0)
whisker (45)
whitening (1)
whoami (1)
widgetInvoke (4)
widgetTools (1313)
widgettools (1)
wiggleplotr (179)
WikidataQueryServiceR (1)
WikidataR (1)
WikipediR (3)
wikitaxa (1)
wildmeta (1)
winboxr (1)
withr (288)
wk (50)
wmtsa (1)
wordcloud (1)
wordcloud2 (1)
workflowr (1)
workflows (14)
workflowsets (14)
WorldFlora (1)
worrms (2)
wpm (61)
wppi (44)
wrapr (1)
Wrench (1686)
writexl (22)
WriteXLS (3)
wrMisc (1)
WRS2 (2)

X

xairadiffex (1)
xaringan (1)
xaringanExtra (1)
xaringanthemer (1)
xbioc (0)
XBSeq (13)
xCell (1)
XCIR (7)
xcms (1890)
xcore (50)
XDE (82)
xdg-utils (0)
Xeva (118)
xfun (411)
xgboost (103)
xgxr (1)
XIFF (1)
XINA (48)
XLConnect (1)
XLConnectJars (1)
xlsx (1)
xlsxjars (1)
xmapbridge (64)
xmapcore (4)
XML (126)
xml2 (166)
xmlparsedata (1)
XNAString (54)
xopen (22)
xportr (1)
xpose (1)
xpose.nlmixr2 (1)
xpose4 (1)
xps (21)
xrf (1)
xslt (3)
xtable (3)
xts (26)
XVector (49077)
XVectorb (0)

Y

y2hStat (2)
yaImpute (1)
yaml (224)
yamss (67)
YAPSA (92)
yaqcaffy (22)
yardstick (21)
yarn (136)
ylab.utils (1)
ymlthis (0)
yspec (1)
yulab.utils (61)

Z

zCompositions (9)
zeallot (1)
zellkonverter (1238)
zelusutils (1)
zen4R (1)
zenith (141)
zFPKM (112)
zinbwave (947)
zingeR (1)
zip (189)
Ziploc (1)
zitools (2)
zli (1)
zlibbioc (53113)
zoo (33)
ZygosityPredictor (48)