### R code from vignette source 'Annotation.Rnw'

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### code chunk number 1: select
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library(org.Hs.eg.db)
keytypes(org.Hs.eg.db)
columns(org.Hs.eg.db)
egid <- 
    select(org.Hs.eg.db, "BRCA1", "ENTREZID", "SYMBOL")


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### code chunk number 2: select
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library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene)
txdb <- TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
cdsByTx <- cdsBy(txdb, "tx")


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### code chunk number 3: select
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library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19)
library(GenomicFeatures)
extractTranscriptsFromGenome(Hsapiens, cdsByTx)


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### code chunk number 4: biomart
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library(biomaRt)
ensembl <-                      ## discover & use
   useMart("ensembl", dataset="hsapiens_gene_ensembl")
head(listFilters(ensembl), 3)
myFilter <- "chromosome_name"
myValues <- c("21", "22")
myAttributes <- c("ensembl_gene_id","chromosome_name")
res <- getBM(attributes=myAttributes, filters=myFilter,
             values=myValues, mart=ensembl)


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### code chunk number 5: AnnotationHub
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library(AnnotationHub)
hub <- AnnotationHub()
hub        ## 9150 resources


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### code chunk number 6: SummarizedExperiment
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library(GenomicRanges)
?SummarizedExperiment
example(SummarizedExperiment)
sset
dim(assays(sset)[[1]])
colData(sset)
rowData(sset)


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### code chunk number 7: SummarizedExperiment-manip
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sset$Treatment
sset[, sset$Treatment == "ChIP"]
roi <- GRanges("chr1", IRanges(1, 249250621))
sset[sset %over% roi, ]