############################################################################## ############################################################################## ### ### Running command: ### ### /home/biocbuild/R/R/bin/R CMD build --keep-empty-dirs --no-resave-data hmdbQuery ### ############################################################################## ############################################################################## * checking for file ‘hmdbQuery/DESCRIPTION’ ... OK * preparing ‘hmdbQuery’: * checking DESCRIPTION meta-information ... OK * installing the package to build vignettes * creating vignettes ... ERROR --- re-building ‘hmdbQuery.Rmd’ using rmarkdown Quitting from lines 72-78 [lkdis3] (hmdbQuery.Rmd) Error: processing vignette 'hmdbQuery.Rmd' failed with diagnostics: cannot open the connection to 'https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?tool=bioconductor&rettype=xml&retmode=text&db=PubMed&id=17031479' --- failed re-building ‘hmdbQuery.Rmd’ SUMMARY: processing the following file failed: ‘hmdbQuery.Rmd’ Error: Vignette re-building failed. Execution halted