### R code from vignette source 'synergyfinder.Rnw'
### Encoding: UTF-8

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### code chunk number 1: load.package
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  options(width=60)
  library(synergyfinder)


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### code chunk number 2: loading.data
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data("mathews_screening_data")
head(mathews_screening_data)


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### code chunk number 3: synergyfinder.Rnw:47-49
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dose.response.mat <- ReshapeData(mathews_screening_data,
                                 data.type = "viability")


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### code chunk number 4: synergyfinder.Rnw:60-61
###################################################
str(dose.response.mat)


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### code chunk number 5: synergyfinder.Rnw:65-66
###################################################
  PlotDoseResponse(dose.response.mat)


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### code chunk number 6: synergyfinder.Rnw:69-70
###################################################
  PlotDoseResponse(dose.response.mat, save.file = TRUE)


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### code chunk number 7: synergyfinder.Rnw:96-100
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  synergy.score <- CalculateSynergy(data = dose.response.mat,
                                      method = "ZIP",
                                      correction = TRUE,
                                      Emin = 0, Emax = 100)


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### code chunk number 8: synergyfinder.Rnw:112-113
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  str(synergy.score)


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### code chunk number 9: synergyfinder.Rnw:117-118
###################################################
  PlotSynergy(synergy.score, type = "all", save.file = TRUE)