### R code from vignette source 'monocle-vignette.Rnw'

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### code chunk number 1: package_loads
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library(Biobase)
library(knitr)
library(reshape2)
library(ggplot2)

knitr::opts_chunk$set(autodep=TRUE, cache=FALSE, warning=FALSE)
set.seed(0)


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### code chunk number 2: init_monocle
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library(HSMMSingleCell)
library(monocle)
data(HSMM_expr_matrix)
data(HSMM_gene_annotation)
data(HSMM_sample_sheet)


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### code chunk number 3: init_treutlein_branch_demo
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lung <- load_lung()

plot_cell_trajectory(lung, color_by="Time")
plot_cell_trajectory(lung, color_by="Pseudotime")


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### code chunk number 4: init_lung_reorder
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plot_cell_trajectory(lung, color_by="State")
lung <- orderCells(lung, root_state=3)
plot_cell_trajectory(lung, color_by="Pseudotime")


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### code chunk number 5: init_lung_facet_state
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plot_cell_trajectory(lung, color_by="State") + facet_wrap(~State)


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### code chunk number 6: init_lung_jitter_state
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lung_genes <- row.names(subset(fData(lung), gene_short_name %in% c("Ccnd2", "Sftpb", "Pdpn")))
plot_genes_jitter(lung[lung_genes,], grouping="State")


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### code chunk number 7: sessi
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sessionInfo()