### R code from vignette source 'geneplast.Rnw'

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### code chunk number 1: style
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BiocStyle::latex()


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### code chunk number 2: loadToy
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library(geneplast)
data(gpdata.gs)


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### code chunk number 3: newOgp
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ogp <- gplast.preprocess(cogdata=cogdata, sspids=sspids, cogids=cogids, verbose=FALSE)


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### code chunk number 4: gplastTest
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ogp <- gplast(ogp, verbose=FALSE)


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### code chunk number 5: gplastRes
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res <- gplast.get(ogp,what="results")
head(res)


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### code chunk number 6: newOgr
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ogr <- groot.preprocess(cogdata=cogdata, phyloTree=phyloTree, spid="9606", 
                        cogids=cogids, verbose=FALSE)


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### code chunk number 7: grootTest
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set.seed(1)
ogr <- groot(ogr, nPermutations=100, verbose=FALSE)


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### code chunk number 8: grootRes
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res <- groot.get(ogr,what="results")
head(res)


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### code chunk number 9: grootRes
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groot.plot(ogr,whichOG="NOG40170")


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### code chunk number 10: grootRes
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groot.plot(ogr,plot.lcas = TRUE)


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### code chunk number 11: sessionInfo
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toLatex(sessionInfo())