### R code from vignette source 'GenePair.Rnw'

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### code chunk number 1: GenePair.Rnw:127-130 (eval = FALSE)
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## library(GeneGeneInteR)
## data(gene.pair)
## head(gene.pair$Y)


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### code chunk number 2: GenePair.Rnw:137-138 (eval = FALSE)
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## gene.pair$G1


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### code chunk number 3: GenePair.Rnw:148-149 (eval = FALSE)
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## gene.pair$G2


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### code chunk number 4: GenePair.Rnw:213-215 (eval = FALSE)
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## PCA.test(Y=gene.pair$Y, G1=gene.pair$G1, G2=gene.pair$G2,threshold=0.7,
## method="GenFreq")


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### code chunk number 5: GenePair.Rnw:224-226 (eval = FALSE)
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## PCA.test(Y=gene.pair$Y, G1=gene.pair$G1, G2=gene.pair$G2,threshold=0.7, 
## method="Std")


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### code chunk number 6: GenePair.Rnw:256-257 (eval = FALSE)
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## CCA.test(Y=gene.pair$Y, G1=gene.pair$G1, G2=gene.pair$G2,n.boot=500)


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### code chunk number 7: GenePair.Rnw:287-290 (eval = FALSE)
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## set.seed(1234)
## KCCA.test(Y=gene.pair$Y, G1=gene.pair$G1,G2=gene.pair$G2,
## kernel="rbfdot",sigma = 0.05,n.boot=500)


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### code chunk number 8: GenePair.Rnw:300-303 (eval = FALSE)
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## set.seed(1234)
## KCCA.test(Y=gene.pair$Y, G1=gene.pair$G1,G2=gene.pair$G2,
## kernel="polydot",degree = 1, scale = 1, offset = 1)


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### code chunk number 9: GenePair.Rnw:328-330 (eval = FALSE)
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## set.seed(1234)
## PLSPM.test(Y=gene.pair$Y, G1=gene.pair$G1,G2=gene.pair$G2,n.perm=1000)


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### code chunk number 10: GenePair.Rnw:395-397 (eval = FALSE)
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## set.seed(1234)
## CLD.test(Y=gene.pair$Y, G1=gene.pair$G1,G2=gene.pair$G2,n.perm=2000)


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### code chunk number 11: GenePair.Rnw:426-428 (eval = FALSE)
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## set.seed(1234)
## GBIGM.test(Y=gene.pair$Y, G1=gene.pair$G1,G2=gene.pair$G2,n.perm=2000)


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### code chunk number 12: GenePair.Rnw:488-490 (eval = FALSE)
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## set.seed(1234)
## minP.test(Y=gene.pair$Y, G1=gene.pair$G1,G2=gene.pair$G2)


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### code chunk number 13: GenePair.Rnw:515-517 (eval = FALSE)
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## set.seed(1234)
## gates.test(Y=gene.pair$Y, G1=gene.pair$G1,G2=gene.pair$G2,me.est="ChevNy")


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### code chunk number 14: GenePair.Rnw:527-529 (eval = FALSE)
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## set.seed(1234)
## gates.test(Y=gene.pair$Y, G1=gene.pair$G1,G2=gene.pair$G2,alpha=0.05,me.est="Keff")


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### code chunk number 15: GenePair.Rnw:539-541 (eval = FALSE)
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## set.seed(1234)
## gates.test(Y=gene.pair$Y, G1=gene.pair$G1,G2=gene.pair$G2,me.est="LiJi")


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### code chunk number 16: GenePair.Rnw:551-553 (eval = FALSE)
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## set.seed(1234)
## gates.test(Y=gene.pair$Y, G1=gene.pair$G1,G2=gene.pair$G2,me.est="Galwey")


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### code chunk number 17: GenePair.Rnw:583-585 (eval = FALSE)
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## set.seed(1234)
## tTS.test(Y=gene.pair$Y, G1=gene.pair$G1,G2=gene.pair$G2,tau=0.5,n.sim=10000)


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### code chunk number 18: GenePair.Rnw:595-597 (eval = FALSE)
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## set.seed(1234)
## tProd.test(Y=gene.pair$Y, G1=gene.pair$G1,G2=gene.pair$G2,tau=0.05,n.sim=1000)