### R code from vignette source 'pvac.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: install (eval = FALSE) ################################################### ## if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)) ## install.packages("BiocManager") ## BiocManager::install("pvac") ################################################### ### code chunk number 2: steps (eval = FALSE) ################################################### ## library(affy) ## abatch <- ReadAffy(celfile.path="/my/directory/celfiles") ################################################### ### code chunk number 3: steps (eval = FALSE) ################################################### ## myeset <- rma(abatch) ################################################### ### code chunk number 4: steps (eval = FALSE) ################################################### ## library(pvac) ## ft <- pvacFilter(abatch) ## myeset <- eset[ft$aset,] ################################################### ### code chunk number 5: <steps (eval = FALSE) ################################################### ## library(genefilter) ## myres = rowttests(exprs(myeset), as.factor(group)) ################################################### ### code chunk number 6: example ################################################### library(affy) library(pvac) library(ALLMLL) data(MLL.A) myeset <- rma(MLL.A) ft <- pvacFilter(MLL.A) myeset.filtered <- myeset[ft$aset,] ################################################### ### code chunk number 7: plot (eval = FALSE) ################################################### ## plot(density(ft$pvac[ft$nullset]),xlab="PVAC score",main="", ## col="gray",cex.lab=0.5,xlim=c(0,1)) ## lines(density(ft$pvac),col=1) ## abline(v=ft$cutoff,lty=2,col="gray") ################################################### ### code chunk number 8: < ################################################### print(sessionInfo())