### R code from vignette source 'PANTHER.db.Rnw'

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### code chunk number 1: loadPkg
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library(PANTHER.db)


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### code chunk number 2: help (eval = FALSE)
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## help("PANTHER.db")


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### code chunk number 3: show
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PANTHER.db


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### code chunk number 4: availSpecies
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availablePantherSpecies(PANTHER.db)


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### code chunk number 5: setTaxID
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species(PANTHER.db) <- "HUMAN"
PANTHER.db
resetSpecies(PANTHER.db)
PANTHER.db


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### code chunk number 6: columns
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columns(PANTHER.db)


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### code chunk number 7: keytypes
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keytypes(PANTHER.db)


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### code chunk number 8: keys
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go_ids<-head(keys(PANTHER.db,keytype="GOSLIM_ID"))
go_ids


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### code chunk number 9: select
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cols <- c("FAMILY_ID","CLASS_ID")
res <- select(PANTHER.db, keys=go_ids, columns=cols,keytype="GOSLIM_ID")
head(res)


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### code chunk number 10: traverseClassTree
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term<-"PC00209"
select(PANTHER.db,term, "CLASS_TERM","CLASS_ID")

ancestors<-traverseClassTree(PANTHER.db,term,scope="ANCESTOR")
select(PANTHER.db,ancestors, "CLASS_TERM","CLASS_ID")

parents<-traverseClassTree(PANTHER.db,term,scope="PARENT")
select(PANTHER.db,parents, "CLASS_TERM","CLASS_ID")

children<-traverseClassTree(PANTHER.db,term,scope="CHILD")
select(PANTHER.db,children, "CLASS_TERM","CLASS_ID")

offspring<-traverseClassTree(PANTHER.db,term,scope="OFFSPRING")
select(PANTHER.db,offspring, "CLASS_TERM","CLASS_ID")